【目的】對中華按蚊（Anopheles sinensis）雌、雄蚊的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)分析,獲得兩者間差異表達(dá)基因,對它們進(jìn)行功能富集分析,挖據(jù)這些基因的功能表現(xiàn)和參與的通路。【方法】基于已知中華按蚊雌、雄蚊轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了RNA-Seq數(shù)據(jù)相關(guān)性檢查,利用R語言DESeq包比較雌蚊和雄蚊中基因的差異表達(dá)情況,并用GOseq和KOBAS對篩選出來的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析�！窘Y(jié)果】Pearson相關(guān)系數(shù)的平方（R2）大于0.92,說明樣本在3個生物學(xué)重復(fù)間具有高度相關(guān)性,可用于進(jìn)一步分析;中華按蚊雌、雄蚊差異表達(dá)基因共3 298個,其中1 589個基因在雌蚊中表達(dá)上調(diào),1 709個基因在雌蚊中表達(dá)下調(diào);差異表達(dá)基因明顯富集在酰胺生物合成、有機(jī)酸代謝、肽代謝過程等功能類別上,參與核糖體在真核生物中的生物發(fā)生、RNA轉(zhuǎn)運等KEGG通路�！窘Y(jié)論】上述結(jié)果對深入研究不同性別的中華按蚊基因表達(dá)及差異具有潛在價值。 

【文章來源】：重慶師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2020,37(03)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

樣本生物重復(fù)相關(guān)性檢驗

中華按蚊雄蚊與雌蚊間差異表達(dá)基因的比較

中華按蚊雌、雄蚊的3 298個差異表達(dá)基因中，存在GO注釋的有1 964個，共涉及3個類別：生物過程類、細(xì)胞組成類和分子功能類。差異表達(dá)基因顯著富集在11個亞類，如：酰胺生物合成的過程、細(xì)胞酰胺代謝過程、肽生物合成的過程、羧酸代謝過程等（圖3）。從圖4可知：表達(dá)上調(diào)的1 589個基因中，存在GO注釋的有1 017個。在生物過程一類中，差異表達(dá)基因顯著富集在62個亞類，最顯著富集的亞類有細(xì)胞氮化合物代謝過程、氮化合物代謝過程、肽生物合成的過程等；其中富集到代謝過程、細(xì)胞過程和有機(jī)物代謝過程的基因數(shù)目較其他類別的基因數(shù)目更多，分別有554,525和474個。在細(xì)胞組成一類中，差異表達(dá)基因顯著富集在18個亞類，最顯著富集的亞類有細(xì)胞、細(xì)胞內(nèi)部、核蛋白復(fù)合體等；其中富集到細(xì)胞和細(xì)胞部分的基因數(shù)目均為325個。在分子功能一類中，差異表達(dá)基因顯著富集在45個亞類，最顯著富集的亞類如雜環(huán)化合物結(jié)合、核酸結(jié)合、ATP結(jié)合、RNA結(jié)合等；其中富集到雜環(huán)化合物結(jié)合的基因數(shù)目最多，有349個。而表達(dá)下調(diào)的1 709個基因中，存在GO注釋的有947個，且沒有顯著富集的亞類。圖4 上調(diào)差異表達(dá)基因的GO功能分類

【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]中華按蚊化感組織的轉(zhuǎn)錄組測序及化感基因的表達(dá)譜分析[D]. 張晶晶.重慶師范大學(xué) 2019



本文編號：3621418