目的不動(dòng)桿菌屬（Acinetobacter）是一類無(wú)芽胞,不能運(yùn)動(dòng)的革蘭陰性桿菌。近年來(lái),因該類細(xì)菌在醫(yī)院感染中越來(lái)越多見(jiàn),且多重耐藥（MDR）菌株的比例迅速增加,從而引起公眾的關(guān)注。規(guī)律成簇間隔的短回文重復(fù)序列（CRISPR）是廣泛存在于古生菌和細(xì)菌基因組中的、針對(duì)外來(lái)入侵元件的適應(yīng)性免疫系統(tǒng)。細(xì)菌一方面為了物種的穩(wěn)定進(jìn)化出CRISPR系統(tǒng)等機(jī)制以抵御外來(lái)基因的干擾,另一方面在生存壓力下而需要通過(guò)水平基因轉(zhuǎn)移（HGT）從外界獲得新的基因以適應(yīng)新的環(huán)境。本文旨在通過(guò)對(duì)不動(dòng)桿菌CRISPR系統(tǒng)基因結(jié)構(gòu)的分析,以深入理解細(xì)菌如何協(xié)調(diào)二者的矛盾。方法本文將從兩個(gè)不同角度（NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)已公布的菌株以及我們收集獲得的臨床分離株）分析不動(dòng)桿菌CRISPR系統(tǒng)的基因結(jié)構(gòu)并初步探討其與耐藥之間的關(guān)系,并且對(duì)兩部分結(jié)果進(jìn)行對(duì)比分析。不動(dòng)桿菌各菌株CRISPR陣列等相關(guān)序列信息收集自CRISPRdb數(shù)據(jù)庫(kù),基因序列下載自NCBI的Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)。使用Meg Align軟件對(duì)其重復(fù)序列（Repeat Sequence）進(jìn)行比較歸類,將最終分類結(jié)果輸入到CRISPRmap軟件中進(jìn)行分析,預(yù)測(cè)并比... 

【文章來(lái)源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：64 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

CRISPR-Cas系統(tǒng)的基因結(jié)構(gòu)示意圖

在內(nèi)的更多的抗生素敏感。D 類酶又稱為 OXA 水解酶（主要水解苯唑西林）。不動(dòng)桿菌作為醫(yī)院感染中重要的條件病原菌，目前對(duì)該菌基因組中 CRISPR-Cas系統(tǒng)的研究尚較少，尤其是該系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)與細(xì)菌耐藥性的關(guān)系的研究更是未見(jiàn)報(bào)道。CRISPR-Cas 系統(tǒng)已經(jīng)證明能夠提供對(duì)噬菌體的抗性，但是在不動(dòng)桿菌中 CRISPR 系統(tǒng)是否可以發(fā)揮適應(yīng)性免疫仍然是一個(gè)需要研究的問(wèn)題。眾所周知，系統(tǒng)地分析細(xì)菌的基因結(jié)構(gòu)對(duì)于我們探索該細(xì)菌更多潛在的功能具有重要意義。因此，本研究旨在全面分析和了解不動(dòng)桿菌的 CRISPR-Cas 系統(tǒng)。首先，我們利用基因庫(kù)中收集到的不動(dòng)桿菌基因組信息來(lái)探索 CRISPR 的組織結(jié)構(gòu)和多樣性，利用生物信息學(xué)分析了CRISPR（重復(fù)序列，間隔序列，前導(dǎo)序列和 cas 序列）的結(jié)構(gòu)特征及其可能的功能；然后，我們比較分析了間隔序列與外侵遺傳元件之間的同源性，以評(píng)估系統(tǒng)是否具有抵抗外來(lái)入侵元素的免疫活性；此外，我們比較分析了不動(dòng)桿菌的 CRISPR 分型和MLST 分型，以探索二者潛在的聯(lián)系；最后，對(duì) CRISPR 系統(tǒng)存在與否和不動(dòng)桿菌耐藥基因的檢出率進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，以評(píng)估 CRISPR 系統(tǒng)是否可以限制抗生素耐藥基因的獲得和傳播。

圖 1.1 5 組 motif 分類中的重復(fù)序列 RNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及其自由能tif 結(jié)構(gòu)分類中，左圖顯示由 CRISPRmap 數(shù)據(jù)庫(kù)中包含的重復(fù)序列的共享序列的 motif 序右圖則為在 CRISPRmap 數(shù)據(jù)庫(kù)已有序列的基礎(chǔ)上加入了我們提供的序列后所形成的 R下方數(shù)值為其自由能。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]CRISPR-Cas系統(tǒng)在生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 康峰,盧勝明,張海峰.  實(shí)驗(yàn)動(dòng)物科學(xué). 2014(04)
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本文編號(hào)：3449882