目的應(yīng)用多位點(diǎn)可變串聯(lián)重復(fù)序列分析技術(shù)（MLVA）對(duì)貴州省結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行基因分型分析,為貴州省結(jié)核病防控提供科學(xué)依據(jù)。方法選取貴州省150株臨床分離株結(jié)核分枝桿菌,采用水煮法提取基因組DNA,PCR擴(kuò)增15個(gè)VNTR位點(diǎn),統(tǒng)計(jì)菌株各VNTR位點(diǎn)的重復(fù)數(shù)目,通過(guò)遺傳差異值（h）及Hunter-Gaston指數(shù)對(duì)VNTR位點(diǎn)進(jìn)行遺傳多態(tài)性及分辨力評(píng)價(jià),采用BioNumerics 5.0軟件對(duì)各菌株進(jìn)行聚類(lèi)關(guān)系和最小間距圖（minimum spanning tree,MST）分析。結(jié)果 PCR檢測(cè)結(jié)核菌株VNTR各位點(diǎn)呈明顯多態(tài)性,以Mtub21和MIRU26多態(tài)性尤為顯著,以h值分別為0.559和0.505;MIRU10和ETRB顯示較低基因多態(tài)性,h值分別為0.052和0.090。聚類(lèi)分析顯示,150株菌株分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4個(gè)基因群,其中Ⅰ群占10.67%（16/150）,Ⅱ群占30.67%（46/150）,Ⅲ群占40.00%（60/150）,Ⅳ群占18.67%（28/150）。4個(gè)基因群呈現(xiàn)明顯地域分布,畢節(jié)市以Ⅰ、Ⅱ群為主要流行菌株,安順市以Ⅲ群菌株為主要流行菌株,遵義市以Ⅳ群菌... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)病原生物學(xué)雜志. 2020,15(01)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

部分標(biāo)本VNTR位點(diǎn)PCR產(chǎn)物電泳圖

按照15個(gè)VNTR位點(diǎn)重復(fù)數(shù)完全相同定義為一個(gè)MLVA 基因型劃分,150株結(jié)核分枝桿菌被分為125個(gè)MLVA型別,菌株間無(wú)明顯的優(yōu)勢(shì)MLVA型。聚類(lèi)分析顯示150株結(jié)核分枝桿菌被分為4個(gè)基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ群),其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv與Ⅱ群關(guān)系較近(圖2)。4個(gè)基因群呈現(xiàn)明顯地域分布,貴州省畢節(jié)市以Ⅰ、Ⅱ群菌株為主要流行菌株,安順市以Ⅲ群菌株為主要流行菌株,遵義市以Ⅳ群菌株為主要流行菌株。北京型菌株與非北京型菌株無(wú)明顯聚類(lèi)關(guān)系。對(duì)150株菌株進(jìn)行MLVA最小間距圖(Minimum spanning tree)分析,結(jié)果見(jiàn)圖3。150株菌株形成3個(gè)克隆群(Clonal complexes, CCs)和59個(gè)單體(singleton),其中遵義菌株主要分布于CC-1, 安順菌株主要分布于CC-2,畢節(jié)菌株主要分布于CC-3,菌株的遺傳關(guān)系呈現(xiàn)明顯的地域分布特點(diǎn)。圖3 150株結(jié)核分枝桿菌最小間距圖

150株結(jié)核分枝桿菌最小間距圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3429202