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基于Kullback-Leibler距離對(duì)致病位點(diǎn)位置的識(shí)別

發(fā)布時(shí)間:2020-11-19 06:24
   通過(guò)對(duì)KullbackLeibler距離的研究,計(jì)算出基因位點(diǎn)分布之間的KullbackLeibler距離,根據(jù)KullbackLeibler距離值找出某種疾病最有可能的一個(gè)或幾個(gè)致病位點(diǎn)的位置信息,實(shí)現(xiàn)對(duì)致病位點(diǎn)的位置信息的快速識(shí)別,為遺傳學(xué)中發(fā)現(xiàn)遺傳病或性狀的遺傳機(jī)理方法做出參考.
【部分圖文】:

頻數(shù)圖,頻數(shù),取值,縱坐標(biāo)


I,X2,?X3分別是后5Q0個(gè)患者每個(gè)位點(diǎn)的每種堿基組合編碼情況出現(xiàn)的次數(shù),這里把有病??和沒(méi)病的人們相應(yīng)位點(diǎn)出現(xiàn)的頻率作為位點(diǎn)的分布概率,并結(jié)合R.統(tǒng)計(jì)軟件計(jì)算出對(duì)應(yīng)的??KullbackLeibler距離,然后根據(jù)KL值的大小,很快地識(shí)別出疾病最有可能的一個(gè)或幾個(gè)致??病位點(diǎn)的位置信息.最后將這兩組數(shù)據(jù)按照KL距離的公式進(jìn)行處理,我們分析得到當(dāng)兩組??樣本數(shù)據(jù)的KL距離越大的位點(diǎn)信息越是可能導(dǎo)致患病的位點(diǎn)信息.用R軟件來(lái)畫出KL值??的頻數(shù)分布圖和KL值的箱圖,如下圖所示:??圖1的縱坐標(biāo)表示KL值出現(xiàn)的頻數(shù),橫坐標(biāo)表示KL的取值,可以很直觀的看出大部??分位點(diǎn)的KL值都非常小,我們得知只有少數(shù)的一些位點(diǎn)對(duì)該病的影響較大;圖2從下至上??的五條水平線依次表示最小值、第一四分位點(diǎn)、中位數(shù)、第三四分位點(diǎn)、最大值.同時(shí),我們??通過(guò)R,語(yǔ)言中的函數(shù)可以看出具體的數(shù)值.X朽十算得到的KL值,按照其值的大??小進(jìn)行降序排列,以第一四分位點(diǎn)作為閾值來(lái)篩選樣本位點(diǎn).這樣,我們就將原先的雑45個(gè)??位點(diǎn)信息,壓縮到7082個(gè)位點(diǎn),完成了對(duì)樣本信息的降維處理,按照計(jì)算出的KL值的大小??降序排列,僅截取前20個(gè)位點(diǎn)信息結(jié)果如表2.??
【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前4條

1 王日生;R上的保持某些距離值不變的映射[J];南開大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2003年03期

2 張世平;;一種快速識(shí)別離散系統(tǒng)階數(shù)的方法[J];吉林化工學(xué)院學(xué)報(bào);1986年03期

3 周影輝;倪中新;謝琳;;泊松序列中變點(diǎn)的快速識(shí)別方法[J];統(tǒng)計(jì)與決策;2013年11期

4 張偉業(yè);魏翠萍;;基于猶豫模糊語(yǔ)言信息的EDAS決策方法[J];曲阜師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2017年01期



本文編號(hào):2889823

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