發(fā)布時(shí)間：2020-11-11 02:02

　　 目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析鑒定生物被膜形成能力不同的鮑曼不動(dòng)桿菌株蛋白質(zhì)組學(xué)差異。方法 64株臨床分離的鮑曼不動(dòng)桿菌株按生物被膜形成能力不同分為強(qiáng)組和弱組,收集兩組菌株蛋白質(zhì)樣本進(jìn)行FASP(filter-aided sample preparation)酶解,酶解產(chǎn)物進(jìn)行LC-MS/MS質(zhì)譜分析。使用Maxquant軟件對(duì)LC-MS/MS原始文件進(jìn)行查庫以及iBAQ非標(biāo)定量分析。Maxquant軟件查庫文件使用Perseus軟件分析,通過GO(Gene Ontology)數(shù)據(jù)庫對(duì)鑒定出的差異蛋白及特異蛋白從生物學(xué)過程、細(xì)胞成分和分子功能3方面進(jìn)行功能注釋,通過KAAS(KEGG automatic annotation server)分析差異蛋白涉及的代謝通路。結(jié)果實(shí)驗(yàn)通過LC-MS/MS分析共鑒定到1 120個(gè)肽段,457個(gè)蛋白質(zhì),其中13個(gè)蛋白質(zhì)的表達(dá)在生物被膜形成能力強(qiáng)組和弱組間差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,其中7個(gè)蛋白質(zhì)在弱組顯著性低表達(dá),6個(gè)在強(qiáng)組顯著性低表達(dá)。另外,還鑒定出在生物被膜形成能力弱組(7個(gè))和強(qiáng)組(5個(gè))特異性表達(dá)的蛋白質(zhì),并對(duì)其參與的細(xì)胞過程及信號(hào)通路進(jìn)行了分析。結(jié)論基于iBAQ的非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法鑒定出多種與生物被膜形成能力相關(guān)的蛋白質(zhì),可為分析生物被膜形成的原因、機(jī)制及治療提供參考。
【部分圖文】：

對(duì)培養(yǎng)至第5天的64株鮑曼不動(dòng)桿菌生物被膜形成能力重復(fù)進(jìn)行3次半定量測(cè)定,其中生物被膜形成能力陰性11株,占總數(shù)的17.19%;生物被膜形成能力陽性53株,占總數(shù)的82.81%,其中18株(33.96%)生物被膜形成能力較強(qiáng),35株(66.04%)生物被膜形成能力較弱。分別收集兩組樣本:生物被膜形成能力強(qiáng)者組(3株菌)和弱者組(3株菌)。菌株擴(kuò)增培養(yǎng)后收集總蛋白,進(jìn)行SDS-PAGE。兩組樣品條帶較為均一,蛋白提取效果良好(圖1)。2.2 蛋白質(zhì)鑒定及定量結(jié)果

表4 生物被膜形成能力強(qiáng)組中特異性表達(dá)蛋白及其參與信號(hào)通路Tab.4 A list of the specially expressed proteins and involved KEGG pathways in the strong biofilm-forming group 蛋白質(zhì) KEGG信號(hào)通路 isocitrate lyase Glyoxylate and dicarboxylate metabolism; Nicotinate and nicotinamide metabolism; Propanoate metabolism Polyribonucleotidenucleotidyl transferase decarboxylase Pyrimidine metabolism; Purine metabolism G protein-coupled receptor 34 Thiamine metabolism; Purine metabolism Lysine 6-aminotransferase Esterase/lipase Drug metabolism - other enzymes圖3 特異性表達(dá)蛋白質(zhì)的GO注釋結(jié)果

特異性表達(dá)蛋白質(zhì)的GO注釋結(jié)果
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本文編號(hào)：2878595