目的探討線粒體源外泌體基因參與肝細胞癌(HCC)病理過程的可能分子機制。方法通過RNA-seq和生物信息學手段,分析HCC中差異表達的線粒體源外泌體基因(DEMEs)及其生物學功能。結果 HCC組織中共鑒定出93個DEMEs,其中74個表達下調(diào),19個表達上調(diào)。表達下調(diào)的DEMEs經(jīng)功能富集,共富集到4個生物學過程(biological process,BP)、4個細胞組分(cellular component,CC)、2個分子活性(molecular function,MF)、1個信號通路(KEGG pathway,KG)和4個蛋白位點序列特征(UP_SEQ_FEATURE,US)。它們參與了氧化還原、脂質代謝等過程,且大量DEMEs還具有線粒體轉運肽功能。而上調(diào)表達的DEMEs,除了富集到1個CC,即線粒體組分,還發(fā)現(xiàn)其中一些參與了跨膜轉運、對過氧化氫和對機械刺激的反應過程,有些還具有轉移酶活性和ATP結合能力,并參與癌癥的發(fā)生和轉移等病理過程。結論線粒體源外泌體基因在HCC腫瘤組織與非腫瘤組織存在差異性表達,生物信息學分析顯示這種差異性表達的基因涉及多個生物學過程,提示它們可能通過多種途徑影響HCC的發(fā)生。
【部分圖文】：

HCC中DEMEs編碼蛋白的互作關系

對篩選出的DEMEs通過DAVID 6.8軟件進行了功能富集。其中,在HCC中下調(diào)表達的74個DEMEs共富集到4個BP、4個CC、2個MF、1個KG和4個US(圖1)。從BP可以看出,24個基因參與了氧化還原過程,16個基因參與了脂類代謝過程等。從MF可以看出,這些分子具有氧化還原酶活性和催化活性等。且表達下調(diào)的這74個DEMEs中,73個屬于線粒體組分,且其中31個具有線粒體轉運肽功能。而表達上調(diào)的DEMEs,僅富集到了1個CC,即線粒體組分(見圖1)。另外,上調(diào)表達的DEMEs中,SFXN3、SLC25A24和SLC25A4 三個基因參與了跨膜轉運;SRC和MMP2兩個基因參與了對過氧化氫及對機械刺激的反應;RIPK3、ALDH18A1、OXCT1、PDSS1、AGPS和SRC等6個基因還具有轉移酶活性;RIPK3、SPATA5、ALDH18A1、RAD51、SRC等5個基因具有ATP結合能力。DEMEs編碼蛋白的互作關系見圖2。圖2 HCC中DEMEs編碼蛋白的互作關系
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