本文關鍵詞：基于Mimox工具分析幽門螺桿菌Lpp20蛋白模擬表位

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【摘要】：目的利用Mimox軟件分析幽門螺桿菌Lpp20蛋白模擬表位的性質(zhì)。方法將源于噬菌體隨機肽庫篩選技術獲得的6個Lpp20模擬表位輸入Mimox網(wǎng)站,參數(shù)設為默認值,進行模擬表位的比對,尋找其共同序列并分析其性質(zhì)。結果從ClustalW界面比對結果看,氨基酸D、A、S、G、L在模擬表位中出現(xiàn)的頻率較高。通過統(tǒng)計學的方法推導出的共同序列為-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出現(xiàn)頻率較高。通過JalView界面推導出的共同序列為-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比較高;特異性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比較高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比較高。結論結合噬菌體篩選技術和生物信息學Mimox工具對抗原模擬表位進行分析并獲得較全面的表位信息,為進一步確定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基礎。
【作者單位】： 南方醫(yī)科大學生物技術學院生物治療研究所;
【基金】：國家自然科學基金(31070119) 廣東省自然科學基金(S2011010006070) 國家創(chuàng)業(yè)訓練項目(201212121100) 廣東省大學生創(chuàng)新項目(1212111040)
【分類號】：R392
【正文快照】： 噬菌體隨機肽庫技術現(xiàn)已成為表位研究的一個操作簡便、高通量和低成本的實用性平臺。以單克隆抗體為靶標,通常能獲得大量模擬表位(mimotope),通過比對模擬表位與抗原原始序列及其結構,往往能預測并確定相應的表位或得到一些有價值的信息[1-3]。盡管手工可以完成模擬表位與抗原

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本文編號：1144149