本文關(guān)鍵詞：高通量測序H7N9禽流感病毒基因組模板制備方法的優(yōu)化及應(yīng)用

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【摘要】：目的:建立一種較優(yōu)的高通量測序H7N9禽流感病毒基因組模板制備方法,用于H7N9禽流感病毒基因組監(jiān)測。方法:分別以6堿基隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄生成單鏈cDNA,合成雙鏈cDNA;流感病毒通用反轉(zhuǎn)錄引物U12反轉(zhuǎn)錄生成單鏈cDNA,6堿基隨機(jī)引物合成雙鏈cDNA;U12引物反轉(zhuǎn)錄生成單鏈cDNA,通用流感病毒全基因擴(kuò)增引物混合物生成雙鏈cDNA制備高通量測序模板、構(gòu)建測序文庫、測序并分析數(shù)據(jù),比較3種方法對高通量測序效率的影響,并與傳統(tǒng)Sanger測序方法比較其測序的準(zhǔn)確性,選擇其中較優(yōu)的方法用于高通量測序。結(jié)果:以U12引物反轉(zhuǎn)錄cDNA,通用流感病毒全基因擴(kuò)增引物混合物生成雙鏈cDNA制備的高通量測序模板,在測序族生成數(shù)、覆蓋率、單核苷酸多態(tài)性及讀長等方面均優(yōu)于另外兩種方法。結(jié)論:本研究建立的H7N9禽流感病毒基因組模板制備方法用于高通量測序具有準(zhǔn)確性高,周期短,成本相對較低,可同時檢測多個樣本等特點(diǎn),可用于大規(guī)模H7N9禽流感病毒基因組監(jiān)測。
【作者單位】： 江蘇省疾病預(yù)防控制中心衛(wèi)生部腸道病原微生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 禽流感病毒 HN 模板制備 高通量測序
【基金】：國家科技重大專項(xiàng)課題(2012ZX10004401) 江蘇省科教興衛(wèi)工程(ZX201109,RC2011191) 江蘇省科技支撐項(xiàng)目(BE2011796)
【分類號】：R373;S852.65
【正文快照】： 2013年2月開始,一種新的H7N9亞型禽流感病毒感染人引起死亡的病例不斷被報道[1],目前已引起130例感染,35例死亡[2]。散發(fā)的人感染禽流感病毒包括H5、H7及H9亞型,除了高致病性H5N1亞型病毒引起大約60%的病例死亡之外[3],荷蘭曾報道過1例人感染高致病性H7N7禽流感病毒引發(fā)急性

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