出生缺陷病種繁多且多屬罕見病,大量患兒常因致病機制不明而缺乏有效診療�？v觀全球,目前并沒有一個綜合的知識系統(tǒng)專注于出生缺陷研究,這為出生缺陷實施精準醫(yī)療帶來困難。為此,本文收錄了12,687個標準化出生缺陷詞條并為其添加了臨床注釋信息,同時基于Pub Med,本文還為80個罕見出生缺陷整合了5,098個質控嚴格的病例數據,基于此,本文構建了出生缺陷知識庫e Bi DD（http://119.3.41.228:8080/Birth Defect/）。此外,為了驗證e Bi DD在推進分子機制研究上的可靠性,以兩個罕見出生缺陷-成骨不全癥（OI）和Berardinelli-Seip先天性脂肪營養(yǎng)不良（BSCL）為例,本文基于e Bi DD臨床病例,利用基因型-表型關聯探討了其潛在機制,并結合傳統(tǒng)的疾病網絡、通路富集和表型相似性等方法為其預測出潛在致病因子,最后利用文獻調查和小鼠模型討論預測結果的可靠性。通過研究,本文為OI預測出六個潛在致病變異（COL1A1:c.3290G>A（p.Gly1097Asp）,c.3289G>C（p.Gly1097Arg）,c.3289G>A... 

【文章來源】：華東師范大學上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：104 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

本論文總體介紹

華東師范大學碩士學位論文17⑹對前五步匹配后仍未得到標準形式的出生缺陷名稱進行人工審校。若仍無法根據選定的權威數據庫進行標準化，則保留其當前名稱作為最后結果。圖2-1出生缺陷名稱標準化流程通過上述出生缺陷名稱標準化流程后，本研究一共得到12,687個出生缺陷詞條。其中疾病類出生缺陷有9,072個，包含8,008個遺傳并6,341個罕見并5,275個胎兒時期和新生兒時期疾病以及623個染色體結構異常(表2-2)。表2-2eBiDD出生缺陷病種構成出生缺陷類別疾病類出生缺陷缺陷類出生缺陷遺傳病8,0083,615罕見病6,341胎兒時期和新生兒時期疾病5,275染色體結構異常623各類別總計9,072總計12,687

華東師范大學碩士學位論文248,452條表型），25,627對出生缺陷-臨床癥狀信息（涵蓋9,731條臨床癥狀），87,174條基因型信息，9,072條小鼠表型信息，3,879,910條“出生缺陷-表型/癥狀”有效文本和722,347條“出生缺陷-基因”有效文本。圖2-2eBiDD平臺首頁介紹在eBiDD平臺查詢有關出生缺陷時，本研究在“Search”模塊提供兩種查詢模式。第一種是利用出生缺陷名稱進行查詢。由于本研究已經標準化所有出生缺陷詞條的名稱并已完成其與多個數據庫之間的交叉引用結果，因此用戶可以輸入準確的出生缺陷名稱、同義詞或模糊名稱進行搜索；可以切換至OMIM/UMLS/Orphanet模式下，利用出生缺陷名稱在其他數據庫對應的ID進行查詢；也可根據展示的出生缺陷列表點擊進入（圖2-3）。第二種是利用基因名稱進行查詢。在之前的工作中，本研究已經利用NCBI的GeneSymbol對所有收錄的基因名稱進行了標準化映射，因此用戶可以直接輸入已知的基因名稱查詢到與其相關的出生缺陷，或在展示的基因列表中直接點擊進入（圖2-4）。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]成骨不全癥診斷與治療的研究進展[J]. 邢川,李春竹,何冰.  疑難病雜志. 2020(02)
[2]出生缺陷的相關因素及預防現狀分析[J]. 肖小紅.  醫(yī)學理論與實踐. 2020(01)
[3]出生缺陷兒的倫理決策探討[J]. 郤冠楠,黃璐琪,田桑,汪吉梅.  醫(yī)學與哲學. 2020(01)
[4]精準醫(yī)療的概念內涵及其服務應用[J]. 楊玉潔,毛阿燕,喬琛,都恩環(huán),黃佳文,張旭,邱五七.  中國醫(yī)院管理. 2020(01)
[5]重大出生缺陷的精準預防:行在當下[J]. 邊旭明,蔡艾杞,戚慶煒,朱寶生.  中國產前診斷雜志(電子版). 2019(02)
[6]成骨不全癥臨床診療指南[J]. 夏維波,章振林,林華,金小嵐,余衛(wèi),付勤,李梅,張浩,張嘉,趙秀麗.  中華骨質疏松和骨礦鹽疾病雜志. 2019(01)
[7]我國出生缺陷監(jiān)測與干預措施的研究進展[J]. 周宇珍.  華夏醫(yī)學. 2018(06)
[8]基因型-表型關聯分析在孤獨癥譜系障礙早期診斷的研究[J]. 高延,洪琦,吳慧旦,郭輝,蔣滔滔,夏慧蕓,馬曉櫻,丁碧藍,卓秀慧,白婷.  中國兒童保健雜志. 2018(07)
[9]Towards efficiency in rare disease research: what is distinctive and important?[J]. Jinmeng Jia,Tieliu Shi.  Science China（Life Sciences）. 2017(07)
[10]Gene mutations and clinical phenotypes in Chinese children with Blau syndrome[J]. Caifeng Li,Junmei Zhang,Shipeng Li,Tongxin Han,Weiying Kuang,Yifang Zhou,Jianghong Deng,Xiaohua Tan.  Science China（Life Sciences）. 2017(07)

博士論文
[1]大樣本成骨不全癥基因型—表型關系及唑來膦酸對成骨不全癥患兒椎體形態(tài)影響[D]. 李路嬌.北京協(xié)和醫(yī)學院 2019
[2]基于多組學整合與網絡分析的罕見病機制研究[D]. 賈瑾萌.華東師范大學 2019



本文編號：3409876