目的運用生物信息學技術(shù)分析膽道閉鎖發(fā)生、發(fā)展的潛在生物學過程和關(guān)鍵基因。方法從公共數(shù)據(jù)庫平臺（GEO）下載膽道閉鎖相關(guān)的基因芯片數(shù)據(jù),運用R語言分析與膽道閉鎖高度相關(guān)的差異基因;對差異基因進行KEGG分析后,闡述其主要參與的信號通路。對差異基因構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡,從中篩選出主要的信息模塊。同時,運用GSEA篩選出膽道閉鎖中差異較顯著的兩條信號通路,富集出Core Enrichment Gene與主要模塊中的基因做交集,檢測不同基因?qū)δ懙篱]鎖診斷的準確度。結(jié)果一共篩選出了146個與膽道閉鎖緊密相關(guān)的差異基因,KEGG分析指出其主要與細胞外基質(zhì)-受體相互作用及黏附等信號通路相關(guān)。構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡后,從中篩選出含有21個差異基因的模塊。GSEA篩選結(jié)果指出,在膽道閉鎖中差異較顯著的兩條信號通路為細胞外基質(zhì)-受體相互作用及黏附。富集出79個Core Enrichment Gene與21個差異基因做交集后得到11個差異基因,其中JUN聯(lián)合LAMC2在肝組織中的表達診斷膽道閉鎖的準確度為96.4%。結(jié)論生物信息學分析表明,細胞外基質(zhì)-受體相互作用及黏附可能與膽道閉鎖的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān),... 

【文章來源】：國際消化病雜志. 2020,40(02)

【文章頁數(shù)】：5 頁

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BA的DEG篩選 A BA肝組織與NC相比DEG的表達 B DC與NC相比DEG的表達 C DEG中表達上調(diào)的基因 D DEG中表達下調(diào)的基因

圖1 BA的DEG篩選 A BA肝組織與NC相比DEG的表達 B DC與NC相比DEG的表達 C DEG中表達上調(diào)的基因 D DEG中表達下調(diào)的基因圖3 GSEA篩選BA的信號通路 A ECM-receptor interaction通路 B Focal adhesion通路 C PPI網(wǎng)絡分析出的差異基因與GSEA富集出的Core Enrichment Gene做交集

GSEA篩選BA的信號通路 A ECM-receptor interaction通路 B Focal adhesion通路 C PPI網(wǎng)絡分析出的差異基因與GSEA富集出的Core Enrichment Gene做交集

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Cellular and molecular mechanisms in the pathogenesis of liver fibrosis:An update[J]. Gülsüm ?zlem Elpek.  World Journal of Gastroenterology. 2014(23)



本文編號：3326551