目的通過16S rDNA高通量測序技術(shù)比較神經(jīng)發(fā)育正常及神經(jīng)發(fā)育不良的新生兒腸道菌群的特點(diǎn)及差異,進(jìn)一步探討腸道菌群與神經(jīng)發(fā)育的潛在聯(lián)系,發(fā)現(xiàn)特定菌群對神經(jīng)發(fā)育的作用。方法共納入符合標(biāo)準(zhǔn)的94例新生兒,收集94例新生兒入院第1次的糞便樣本。將94份糞便樣本根據(jù)胎齡及神經(jīng)發(fā)育情況分成四組（第1、2、3、4組分別對應(yīng)早產(chǎn)神經(jīng)發(fā)育正常組、早產(chǎn)神經(jīng)發(fā)育不良組、足月神經(jīng)發(fā)育正常組、足月神經(jīng)發(fā)育不良組）,提取糞便樣本總DNA,對目前區(qū)域DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,采用Miseq平臺進(jìn)行雙端測序,分析各組間腸道菌群的組成和多樣性。結(jié)果1、共有新生兒糞便樣本96份送檢,94份樣本DNA測序分析成功,2份樣本擴(kuò)增失敗。94份樣本測序共得到722個OTU,共發(fā)現(xiàn)23個門,45個綱,58個目,111個科,203個屬,200個種。2、早產(chǎn)神經(jīng)發(fā)育正常組Chao指數(shù)、ACE指數(shù)、Shannon指數(shù)分別為47.2（31.6,120.1）,51.5（37.6,151.6）,0.89（0.41,1.51）,早產(chǎn)神經(jīng)發(fā)育不良組Chao指數(shù)、ACE指數(shù)、Shannon指數(shù)分別為45.5（31.8,76.7）,56.2（34.3... 

【文章來源】：南華大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

優(yōu)化序列長度分布圖

第 2 章結(jié)果2.3 腸道菌群多樣性分析2.3.1 曲線分析通過樣本的稀釋曲線（見圖 2.2）可以看出，所有樣本間菌群種類豐富度差異較小，各樣本抽取的序列數(shù)大于 20000 時，隨著序列數(shù)的增加，所代表的 OUT數(shù)目增加緩慢，曲線總體趨于平緩，說明本研究樣本測序數(shù)據(jù)量合理，可基本覆蓋樣本中所含菌群種類，滿足進(jìn)一步分析要求。

圖 2.2 樣本稀釋曲線圖通過樣本的 Shannon-Wiener 曲線（見圖 2.3）可以看出，各樣本的 Shannon曲線不同，說明每個樣本之間的菌群多樣性有區(qū)別，從總體的趨勢來看，當(dāng)測序列數(shù)大于 10000 時，各樣本的 Shannon 指數(shù)基本不變，曲線呈平臺期改變，與樣本稀釋曲線的趨勢相吻合，說明本次研究樣本菌群種類檢出率趨于飽和，再次證明本研究樣本測序數(shù)據(jù)合理且深度足夠，有利于后續(xù)生物信息學(xué)分析。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3287249