目的:通過16Sr DNA測序分析肥胖兒童和正常體重兒童腸道菌群組成結(jié)構(gòu)及差異性,為解決兒童肥胖的治療及預防問題打下了一定的基礎。方法:選取安徽醫(yī)科大學第二附屬醫(yī)院門診的肥胖兒童30名和安徽省某小學正常體重兒童29名,收集糞便,采用16Sr DNA的檢測方法,進行DNA的提取與檢測,PCR的擴增、產(chǎn)物純化、文庫制備與庫檢,在機器上對Ion S5 TMXL進行測序,并通過單端測序構(gòu)建小片段文庫用于末端測序,通過切割和過濾讀數(shù),OUTs聚類,最后進行物種注釋,豐度分析,多樣性分析,以了解腸道微生物的組成和腸道菌群之間的差異。結(jié)果:在OUT注釋中肥胖兒童和正常體重兒童clean reads平均數(shù)目分別為79963.3和80860.7,表明肥胖兒童中最終用于后續(xù)分析的序列較正常體重組少。在Alpha Diversity中Chaol和ACE兩個指數(shù)不存在顯著性差異,表明肥胖組和正常體重組兒童物種豐富度是一致的。Shannon和Simpson兩個指數(shù)間也不存在顯著性差異,表明肥胖組和正常體重組兒童物種的多樣性是一致的。肥胖組兒童和正常體重組兒童在門、綱、目、科、屬水平上物種豐度排名前十的物種組成基... 

【文章來源】：安徽醫(yī)科大學安徽省

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

OUT分布venn圖

是一種非常適用的方法,用來幫助分析樣品的構(gòu)成部分以及推斷樣品的物性，所以在進行生物群落及其豐富度的研究時，常常被研究者用來進行樣生物群落的多樣性的分析。本研究中當樣本數(shù)量達到 42 時，箱型圖的位置緩，說明樣本的數(shù)量是充分的， 使用 R 軟件（Version 2.15.3）繪制稀釋曲果表明，當測序深度達 50000reads 時，見圖 3，稀釋曲線漸漸變得平坦，測序所需求的數(shù)據(jù)量也隨之變的越來越好，即使再增加數(shù)據(jù)量也很難出現(xiàn)種。由圖 4 可知，59 個樣品的文庫覆蓋率（good-coverage）均在 0.99 以明測序深度可以滿足后續(xù)分析要求。由圖 5、6 對兩組兒童的 ACE 、 Chao指數(shù)進行差異顯著性分析 P 值分別 ０.316、0.224 ，均大于 0.05 ，說明數(shù)間不存在顯著性差異，表明兩組兒童腸道微生物的豐富度是一致的。由圖兩組兒童的 Shannon 和 Simpson 進行差異顯著性分析，P 值分別為０.44493 也大于 0.05 ，所以兩個指數(shù)間差異無統(tǒng)計學意義，表明兩組兒童腸道群多樣性沒有差異。

是一種非常適用的方法,用來幫助分析樣品的構(gòu)成部分以及推斷樣品的物性，所以在進行生物群落及其豐富度的研究時，常常被研究者用來進行樣生物群落的多樣性的分析。本研究中當樣本數(shù)量達到 42 時，箱型圖的位置緩，說明樣本的數(shù)量是充分的， 使用 R 軟件（Version 2.15.3）繪制稀釋曲果表明，當測序深度達 50000reads 時，見圖 3，稀釋曲線漸漸變得平坦，測序所需求的數(shù)據(jù)量也隨之變的越來越好，即使再增加數(shù)據(jù)量也很難出現(xiàn)種。由圖 4 可知，59 個樣品的文庫覆蓋率（good-coverage）均在 0.99 以明測序深度可以滿足后續(xù)分析要求。由圖 5、6 對兩組兒童的 ACE 、 Chao指數(shù)進行差異顯著性分析 P 值分別 ０.316、0.224 ，均大于 0.05 ，說明數(shù)間不存在顯著性差異，表明兩組兒童腸道微生物的豐富度是一致的。由圖兩組兒童的 Shannon 和 Simpson 進行差異顯著性分析，P 值分別為０.44493 也大于 0.05 ，所以兩個指數(shù)間差異無統(tǒng)計學意義，表明兩組兒童腸道群多樣性沒有差異。

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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[3]積雪草醇提物對ZDF大鼠胰島的保護功能及其機制研究[D]. 斯琴.北京中醫(yī)藥大學 2016
[4]魚油飲食對肥胖模型大鼠血糖、血脂、胰島素敏感性的影響及其影響機制的實驗研究[D]. 趙飛.山東大學 2005

碩士論文
[1]輪作和生物制劑對甜瓜連作障礙土壤的修復作用研究[D]. 馬慧.沈陽農(nóng)業(yè)大學 2018



本文編號：2947195