本文關(guān)鍵詞：莫氏巴貝斯蟲(chóng)物理圖譜的繪制及系統(tǒng)發(fā)育分析

  更多相關(guān)文章： 巴貝斯蟲(chóng) 染色體 核型分析 系統(tǒng)發(fā)育分析 物理圖譜

【摘要】：巴貝斯蟲(chóng)病是由巴貝斯蟲(chóng)寄生于動(dòng)物的紅細(xì)胞中經(jīng)蜱傳播而引起的一種血液原蟲(chóng)病,可大范圍的感染牛、羊、馬、犬等動(dòng)物�？稍跓釒�、亞熱帶以及溫帶地區(qū)傳播,傳播范圍廣,患病后動(dòng)物表現(xiàn)出發(fā)熱、黃疸、溶血性貧血和血紅蛋白尿等臨床病癥。一旦受到感染,便很難根除,該病的傳播對(duì)世界養(yǎng)殖業(yè)造成嚴(yán)重的影響。目前在巴貝斯蟲(chóng)的入侵、致病、傳播及診斷、防控技術(shù)方面取得了很大進(jìn)展,但在分子機(jī)制、基因水平上的研究相對(duì)較少,高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn),為該病的研究提供了新的契機(jī)。本研究依在我國(guó)危害范圍大的羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株和莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株為研究對(duì)象,采用蟲(chóng)體體外培養(yǎng),接種方式感染除脾羊進(jìn)行繁殖,采集羊血液中的蟲(chóng)體并進(jìn)行純化處理,獲得處于裂殖子階段的蟲(chóng)體,將獲得的蟲(chóng)體進(jìn)行低熔點(diǎn)瓊脂糖包埋,用蛋白酶K對(duì)包埋塊進(jìn)行消化處理,獲得鑒定蟲(chóng)體完整性的蟲(chóng)體基因組DNA;利用PFGE電泳技術(shù)分析兩種蟲(chóng)體染色體大小及條數(shù);利用Pacbio三代高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行全基因組序列的測(cè)定,并與NCBI公布的部分頂復(fù)門(mén)寄生蟲(chóng)的單拷貝基因進(jìn)行比對(duì),得到兩種巴貝斯蟲(chóng)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù);通過(guò)已有的莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株基因組第三代測(cè)序拼接數(shù)據(jù),選取四條測(cè)序拼接較大的Scaffold,每間隔50kb設(shè)計(jì)一對(duì)引物,共設(shè)計(jì)了221對(duì)引物,利用已建好的莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株的細(xì)菌人工染色體BAC文庫(kù),采用酶切指紋圖譜法進(jìn)行篩選,獲得陽(yáng)性克隆之間的重疊關(guān)系。研究結(jié)果表明:通過(guò)核型分析發(fā)現(xiàn)兩種巴貝斯蟲(chóng)均有4條染色體,莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株基因組大小約為11.1Mb,羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株基因組大小約為7.0Mb,大小差異明顯,且基因大小都小于測(cè)序拼接數(shù)據(jù);通過(guò)與部分頂復(fù)門(mén)原蟲(chóng)的單拷貝基因比對(duì),得到羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株與牛巴貝斯蟲(chóng)的親緣性較近,莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株與雙芽巴貝斯蟲(chóng)的親緣關(guān)系較近;通過(guò)對(duì)莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株BAC文庫(kù)(約1.4萬(wàn)個(gè)PCR)篩選和酶切指紋圖譜驗(yàn)證,獲得了230個(gè)陽(yáng)性克隆,初步完成了總長(zhǎng)度約為11.3Mb的4條Scaffold物理圖譜的搭建工作;通過(guò)陽(yáng)性克隆篩選發(fā)現(xiàn)在已有的拼接數(shù)據(jù)中,3對(duì)引物出現(xiàn)實(shí)際目的片段大小與預(yù)期存在差異;5對(duì)引物沒(méi)有篩選到陽(yáng)性克隆。說(shuō)明測(cè)序結(jié)果數(shù)據(jù)中可能有錯(cuò)誤存在,需進(jìn)一步進(jìn)行驗(yàn)證工作。該研究還初步完成了莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株克隆系G7的基因組物理圖譜繪制及測(cè)序數(shù)據(jù)拼接驗(yàn)證工作,為下一步精細(xì)物理圖譜和序列圖譜的繪制打下了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)性工作。
【關(guān)鍵詞】：巴貝斯蟲(chóng) 染色體 核型分析 系統(tǒng)發(fā)育分析 物理圖譜
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S852.7
【目錄】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-10
• 文獻(xiàn)綜述10-17
• 第一章 巴貝斯蟲(chóng)及基因組圖譜進(jìn)展10-17
• 1.1 巴貝斯蟲(chóng)研究進(jìn)展10-12
• 1.1.1 巴貝斯蟲(chóng)概述10
• 1.1.2 巴貝斯蟲(chóng)病概述10-11
• 1.1.3 巴貝斯蟲(chóng)研究現(xiàn)狀11-12
• 1.1.4 巴貝斯蟲(chóng)基因組相關(guān)研究12
• 1.2 基因組圖譜簡(jiǎn)介12-14
• 1.2.1 基因組圖譜概述12-13
• 1.2.2 遺傳圖譜13
• 1.2.3 物理圖譜13
• 1.2.4 序列圖譜13-14
• 1.3 物理圖譜的構(gòu)建14-16
• 1.3.1 基因文庫(kù)構(gòu)建14-15
• 1.3.2 克隆重疊群構(gòu)建15-16
• 1.4 本研究目的和意義16-17
• 試驗(yàn)研究17-47
• 第二章 兩種羊巴貝斯蟲(chóng)的系統(tǒng)發(fā)育分析17-25
• 2.1 材料和方法17-20
• 2.1.1、試驗(yàn)蟲(chóng)體17
• 2.1.2 主要儀器設(shè)備17-18
• 2.1.3 主要試劑18
• 2.1.4 主要溶液的配制18
• 2.1.5 蟲(chóng)體的純化18
• 2.1.6 高分子量基因組DNA包埋塊的包埋與消化18-19
• 2.1.7 包埋塊中DNA的純化19
• 2.1.8 大片段DNA包埋塊完整性檢測(cè)19
• 2.1.9 核型分析19-20
• 2.1.10 基因家族分析20
• 2.1.11 系統(tǒng)發(fā)育分析20
• 2.2 結(jié)果20-23
• 2.2.1 大片段DNA包埋塊完整性檢測(cè)20-21
• 2.2.2 核型分析21
• 2.2.3 基因家族分析21-23
• 2.2.4 系統(tǒng)發(fā)育分析23
• 2.3 討論23-24
• 2.4 小結(jié)24-25
• 第三章 莫氏巴貝斯蟲(chóng)物理圖譜的繪制25-47
• 3.1 材料和方法25-29
• 3.1.1 主要儀器25
• 3.1.2 主要試劑25
• 3.1.3 主要溶液的配制25-26
• 3.1.4 BAC文庫(kù)26
• 3.1.5 莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株基因組的提取26-27
• 3.1.6 莫氏巴貝斯蟲(chóng)臨潭株BAC文庫(kù)的復(fù)制27
• 3.1.7 BAC文庫(kù)384孔板板池、行庫(kù)、列庫(kù)混合質(zhì)粒的提取27-28
• 3.1.8 BAC文庫(kù)中單克隆質(zhì)粒的提取28
• 3.1.9 文庫(kù)的篩選28-29
• 3.1.10 陽(yáng)性克隆酶切指紋圖譜驗(yàn)證及重疊群搭建29
• 3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果29-46
• 3.2.1 三代測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)果及分析29-30
• 3.2.2 引物設(shè)計(jì)及篩選結(jié)果30-41
• 3.2.3 陽(yáng)性克隆酶切指紋圖譜分析及重疊群搭建41-46
• 3.3 討論46
• 3.4 小結(jié)46-47
• 結(jié)論47-48
• 參考文獻(xiàn)48-55
• 致謝55-56
• 作者簡(jiǎn)介56

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1 高德才;郭續(xù);;一例犬吉氏巴貝斯蟲(chóng)的診治與臨床分析[J];中國(guó)動(dòng)物保健;2012年10期

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3 羅建勛;殷宏;劉光遠(yuǎn);關(guān)貴全;劉志杰;劉愛(ài)紅;黨志勝;馬米玲;魯炳義;孫彩琴;白啟;呂文順;陳溥言;;我國(guó)牛的巴貝斯蟲(chóng)分子分類(lèi)學(xué)研究[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜寄生蟲(chóng)學(xué)分會(huì)第五次代表大會(huì)暨第八次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2004年

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6 謝俊仁;劉光遠(yuǎn);田占成;羅金;沈輝;;用反向線性印跡方法檢測(cè)和區(qū)分馬泰勒蟲(chóng)和駑巴貝斯蟲(chóng)的研究[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜寄生蟲(chóng)學(xué)分會(huì)第六次代表大會(huì)暨第十一次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

7 羅建勛;殷宏;劉光遠(yuǎn);關(guān)貴全;劉志杰;劉愛(ài)紅;黨志勝;馬米玲;魯炳義;孫彩琴;白啟;呂文順;陳溥言;;牛的巴貝斯蟲(chóng)未定種在小亞璃眼蜱飽血雌蟲(chóng)體內(nèi)的發(fā)育形態(tài)觀察[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜寄生蟲(chóng)學(xué)分會(huì)第五次代表大會(huì)暨第八次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2004年

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9 羅金;劉光遠(yuǎn);謝俊仁;田占成;沈輝;;18S rRNA序列差異在馬梨形蟲(chóng)分類(lèi)學(xué)中的應(yīng)用[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜寄生蟲(chóng)學(xué)分會(huì)第六次代表大會(huì)暨第十一次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

10 張慶麗;胡敏;周艷琴;趙俊龍;;東方巴貝斯入侵相關(guān)的牛紅細(xì)胞糖蛋白受體基因的克隆及功能研究[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜寄生蟲(chóng)學(xué)分會(huì)第六次代表大會(huì)暨第十一次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

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6 本報(bào)記者　　劉波;墨西哥外長(zhǎng)德?tīng)栘愃梗褐心茉磪f(xié)議討論中[N];21世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道;2006年

7 貝斯印;貝斯印的平臺(tái)式結(jié)構(gòu):將省錢(qián)進(jìn)行到底[N];中國(guó)包裝報(bào);2009年

8 本報(bào)記者 姜洪軍;老鼠曾經(jīng)絆大象 “性感”世通毀于造假丑聞[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2011年

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10 深圳特區(qū)報(bào)記者 梁婷　實(shí)習(xí)生 王艷春;五彩膠帶組合出大千世界[N];深圳特區(qū)報(bào);2011年

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本文編號(hào)：731953