發(fā)布時間：2025-02-08 15:59

　　逆轉錄病毒是一類僅感染脊椎動物的單鏈RNA病毒,在人類和動物中可以引發(fā)多種疾病。逆轉錄病毒的復制需要將單鏈RNA逆轉錄成DNA然后整合到宿主基因組中。逆轉錄病毒通常感染宿主體細胞,但偶爾也會感染宿主生殖細胞。當逆轉錄病毒感染宿主生殖細胞時,整合到宿主基因組中的逆轉錄病毒(即內源性逆轉錄病毒)便會作為宿主基因組的一部分開始從親代到子代的垂直遺傳。內源性逆轉錄病毒記錄了過去發(fā)生的逆轉錄病毒感染,為研究逆轉錄病毒的遠古史提供了重要的“分子化石”。以往研究主要集中在哺乳動物和鳥類基因組中的內源性逆轉錄病毒,而目前對其他脊椎動物基因組中內源逆轉錄病毒的多樣性所知甚少。本研究使用一種基于同源序列識別結合系統(tǒng)發(fā)生分析的方法在92種低等脊椎動物(72種魚類、4種兩棲類和16種爬行類)基因組中系統(tǒng)地挖掘內源性逆轉錄病毒。本研究共發(fā)現8075條內源性逆轉錄病毒序列,并重建出452條內源性逆轉錄病毒全基因組或部分基因組序列。本研究通過對新發(fā)現的內源性逆轉錄病毒以及其它具有代表性的逆轉錄病毒進行系統(tǒng)發(fā)生分析發(fā)現逆轉錄病毒可分為五大支系,為逆轉錄病毒的分類和宿主范圍提供了新的視角。為了研究跨宿主傳播和與宿主共進化...

【文章頁數】：77 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１逆轉錄病毒復制過程??Ｆｉｇｌ．ｌ?Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ??

于膜的內外表面，參與物質運輸等活動。較大的亞基通過接，被稱為表面（ｓｕｒｆａｃｅ，ＳＵ）蛋白。表面蛋白在識別［８］。??病毒可以編碼一些附屬基因。附屬基因通常編碼一些小史中發(fā)揮了重要的功能，比如調控病毒蛋白表達和對抗宿白是宿主的一種重要的限制性因子（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ?ｆａｃ....

圖１．２逆轉錄病毒分類示意圖［３２］??Ｆｉｇ?１．２?Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ?ａｎｄ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?［３２］??

第１章緒論??逆轉錄病毒在調控宿主基因表達過程中也發(fā)揮了重要的作用。逆轉有很多順勢作用元件，因此內源性逆轉錄病毒插入到基因的調控區(qū)的表達模式。Ｃｈｕｏｎｇ等人發(fā)現內源性逆轉錄病毒參與到了干擾素化，并在多種哺乳動物中獨立地成為很多干擾素誘導基因的增強子內特定位置內源性逆轉錄病毒的同....

圖２．１本研宄設計的內源性逆轉錄病毒挖掘的基本路線??

挖掘方法可能會低估內源性逆轉錄病毒的多樣性［２２］。為了克服基于首先識別ＬＴＲ的??內源性逆轉錄病毒挖掘方法的缺陷，本研宄開發(fā)了一種基于同源序列識別結合系統(tǒng)發(fā)??生分析的內源性逆轉錄病毒挖掘方法。本研究開發(fā)的新方法基本思路如圖２．１所示，??可以分為三個主要步驟：??（１）

圖３．１內源性逆轉錄病毒系統(tǒng)發(fā)生分析??Ｆｉｇ３．１?Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ?ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ?ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ?ａｎａｌｙｓｉｓ??

２．１逆轉錄病毒系統(tǒng)發(fā)生分析??本研宄對低等脊椎動物內源性逆轉錄病毒以及其它具有代表性的內源性和外源??性逆轉錄病毒進行系統(tǒng)發(fā)生分析（圖３．１、圖３．２）。系統(tǒng)發(fā)生分析將逆轉錄病毒分為??五個大的支系，每一簇均有很高的置信度支持（＞９５％）。我們將這五個支系分別命??名為“金、木....

本文編號：4031611