羽色、喙色及蹼色是鴨重要的表型標(biāo)記。為了尋找影響鴨羽、喙、蹼色變異的基因,本研究以課題組建立的雜交鴨F₂代資源群體(1534個(gè)個(gè)體)為研究對(duì)象,先構(gòu)建不同表型個(gè)體DNA池樣本進(jìn)行基因組簡(jiǎn)并測(cè)序(Rad-seq)、后采用不同表型樣本全基因組重測(cè)序的方法,對(duì)影響鴨色素性狀的候選基因進(jìn)行篩選,并對(duì)篩選出的候選基因中的兩個(gè)基因CADPS及PTPRG與鴨羽、喙及蹼色進(jìn)行了關(guān)聯(lián)研究,主要研究結(jié)果如下:1.構(gòu)建不同表型個(gè)體DNA池樣本、采取簡(jiǎn)并基因組測(cè)序法對(duì)F₂代群體鴨兩種極端表型(黑羽黑喙黑蹼及白羽黃喙黃蹼)個(gè)體DNA樣本分別進(jìn)行測(cè)序,然后進(jìn)行序列比對(duì),經(jīng)過(guò)濾共得到72個(gè)分別在黑羽樣本或白羽樣本中純合的SNP位點(diǎn),其中有12個(gè)SNP位點(diǎn)定位于不同功能基因中。對(duì)其中導(dǎo)致酶切位點(diǎn)改變的2個(gè)SNP(g.593704G>A,g.625503T>C)位點(diǎn),利用PCR-RFLP方法對(duì)F₂代資源群體中部分個(gè)體(561個(gè))進(jìn)行基因型鑒定并采用列聯(lián)表獨(dú)立性檢驗(yàn)法對(duì)SNP位點(diǎn)與羽色、喙色及蹼色表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn)這2個(gè)SNP與鴨羽色、...

【文章頁(yè)數(shù)】：67 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
1 前言
    1.1 研究問題的由來(lái)
    1.2 黑色素的合成與轉(zhuǎn)運(yùn)
    1.3 家禽色素性狀研究進(jìn)展
        1.3.1 控制鴨羽色的C/T位點(diǎn)
        1.3.2 雞的脛色
    1.4 本研究涉及的基因
        1.4.1 CADPS基因
        1.4.2 PTPRG基因
    1.5 篩選色素性狀相關(guān)基因的研究方法
        1.5.1 高通量測(cè)序
        1.5.2 高通量測(cè)序在畜禽研究中的應(yīng)用
    1.6 研究目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.1.2 F₂代群體表型判定標(biāo)準(zhǔn)
        2.1.3 主要儀器設(shè)備
        2.1.4 主要試劑
        2.1.5 常用溶液及其配制
        2.1.6 主要分子生物學(xué)軟件和分子生物學(xué)網(wǎng)站
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 RNA的提取與質(zhì)量檢測(cè)
        2.2.2 總RNA去基因組DNA污染
        2.2.3 RNA反轉(zhuǎn)錄
        2.2.4 DNA的提取與質(zhì)量檢測(cè)
        2.2.5 PCR-RFLP酶切分型
        2.2.6 引物設(shè)計(jì)
        2.2.7 RT-PCR檢測(cè)鴨CADPS、PTPRG基因的表達(dá)量
        2.2.8 鴨基因組重測(cè)序
    2.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與性狀關(guān)聯(lián)分析
        2.3.1 基因型頻率和等位基因頻率
        2.3.2 遺傳多態(tài)性分析
        2.3.3 基因型與性狀關(guān)聯(lián)分析
3 結(jié)果
    3.1 基因組簡(jiǎn)并測(cè)序(Rad-seq)
        3.1.1 SNP的獲得與篩選
        3.1.2 候選SNP與目標(biāo)性狀的關(guān)聯(lián)
    3.2 不同表型樣本重測(cè)序
        3.2.1 測(cè)序質(zhì)量
        3.2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果
        3.2.3 SNP篩選結(jié)果
        3.2.4 SNP的分布
        3.2.5 候選基因的GO注釋
    3.3 鴨CADPS基因與目標(biāo)性狀的關(guān)聯(lián)
        3.3.1 鴨CADPS基因中檢測(cè)到的SNP及部分位點(diǎn)多態(tài)性檢測(cè)
        3.3.2 鴨CADPS基因SNP篩選及與羽色、蹼色、喙色的關(guān)聯(lián)分析
        3.3.3 CADPS基因在鴨羽毛毛球中的表達(dá)
    3.4 鴨PTPRG基因與目標(biāo)性狀的關(guān)聯(lián)
        3.4.1 鴨PTPRG基因中檢測(cè)到的SNP及部分位點(diǎn)多態(tài)性檢測(cè)
        3.4.2 鴨PTPRG基因與羽色、蹼色、喙色的關(guān)聯(lián)分析
        3.4.3 PTPRG基因在鴨羽毛毛球中的表達(dá)
4 討論
    4.1 鴨的顏色性狀遺傳控制復(fù)雜
    4.2 鴨CADPS基因多態(tài)性與色素性狀相關(guān)
    4.3 鴨PTPRG基因多態(tài)性與色素性狀相關(guān)
    4.4 兩種測(cè)序方法的比較
5 總結(jié)
    5.1 研究小結(jié)
    5.2 本研究的不足之處與下一步研究設(shè)想
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號(hào)：3961978