1株鴿源基因Ⅶ型新城疫強(qiáng)毒株的分離鑒定及全基因組分析
發(fā)布時間:2024-04-18 06:12
為進(jìn)一步了解新城疫病毒(NDV)的遺傳進(jìn)化規(guī)律,從疑似NDV感染的鴿群中通過雞胚接種分離出1株新城疫強(qiáng)毒株,將其命名為Pigeon/China/SHJD13/2017,經(jīng)噬斑純化后測定其雞胚平均死亡時間(MDT)為57.2 h,1日齡雛雞腦內(nèi)致病指數(shù)(ICPI)為2,毒力指標(biāo)屬于強(qiáng)毒NDV。參考GenBank公布的NDV全基因組序列,共設(shè)計了11對引物,對其進(jìn)行全基因組測序,序列測定結(jié)果顯示:分離株屬于基因Ⅶ型NDV,其基因組全長15 192 bp,登錄號為MK937786,F基因共包含553個aa,裂解位點(diǎn)的氨基酸殘基為112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV強(qiáng)毒株的分子特征。通過序列同源性比對分析,該分離株與雞源強(qiáng)毒株Chicken/China/SDWF07/2011親緣關(guān)系較近,表明該鴿源分離毒株可能來自于感染的雞群。
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本文編號:3957536
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圖1NDVPigeon/China/SHJD13/2017分離株全基因RT-PCR結(jié)果
用瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證PCR產(chǎn)物,如圖1所示,結(jié)果所設(shè)計的11對引物均能擴(kuò)增出清晰的目的條帶,且條帶大小與預(yù)期結(jié)果相符。2.4NDVPigeon/China/SHJD13/2017分離株全基因組結(jié)果分析
圖240株NDV毒株全基因編碼核苷酸序列的遺傳進(jìn)化樹
HN基因遺傳進(jìn)化分析結(jié)果顯示,分離株HN共編碼571aa,符合NDV強(qiáng)毒的特征,該分離株含有13個半胱氨酸殘基,6個潛在的糖基化位點(diǎn),且高度保守。與當(dāng)前分離出的鴿源Ⅶ毒株相比,其HN基因僅在36、49、102、120等位點(diǎn)上表現(xiàn)出一定的特異性。3討論
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