本研究旨在利用Illumina MiSeq高通量測序技術(shù)、熒光定量PCR技術(shù)、PCR-DGGE技術(shù)研究正常肉雞盲腸微生物組成以及地衣芽孢桿菌對患?jí)乃佬阅c炎肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用。共240只1日齡體重相似的肉雞被隨機(jī)分為四組。四個(gè)組的設(shè)計(jì)為:空白組飼喂基礎(chǔ)日糧;造模組飼喂高魚粉型日糧,并使用產(chǎn)氣莢膜梭菌與球蟲進(jìn)行攻毒;消除組飼喂高魚粉型日糧,灌胃球蟲;預(yù)防組全程飼喂地衣芽孢桿菌,其余處理與造模組相同。22日齡時(shí),每組隨機(jī)選取15只肉雞,采集盲腸樣品進(jìn)行高通量測序、熒光定量PCR以及PCR-DGGE檢測。14日齡與28日齡時(shí),每組隨機(jī)選取5只肉雞,采集盲腸樣品進(jìn)行熒光定量PCR與PCR-DGGE檢測。檢測結(jié)果及分析如下:健康肉雞盲腸菌群的高通量分析結(jié)果表明:稀釋曲線進(jìn)入平臺(tái)期,此次高通量測序深度滿足分析要求;只有少數(shù)樣品與其他樣品的Beta多樣性差異較大;物種注釋分析結(jié)果顯示,健康肉雞盲腸菌群主要由擬桿菌門Bacteroidetes、厚壁菌門Firmicutes、變形菌門Proteobacteria、柔膜菌門Tenericutes組成,這四個(gè)菌門總共占到總體群落的98.8%;KEGG數(shù)據(jù)庫...

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
符號(hào)說明
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 肉雞壞死性腸炎的研究概述
        1.1.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌
        1.1.2 壞死性腸炎的特征及危害
    1.2 肉雞壞死性腸炎的防治措施
        1.2.1 傳統(tǒng)治療方式
        1.2.2 新型治療方式
        1.2.3 益生菌對肉雞壞死性腸炎的防治研究
    1.3 腸道菌群研究方法概述
        1.3.1 PCR-DGGE技術(shù)
        1.3.2 熒光定量PCR技術(shù)
        1.3.3 二代測序技術(shù)
    1.4 本研究目的及意義
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 試驗(yàn)菌株
        2.1.2 試驗(yàn)動(dòng)物及日糧
        2.1.3 主要試劑與儀器
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 動(dòng)物試驗(yàn)設(shè)計(jì)
        2.2.2 樣品采集與處理
        2.2.3 IlluminaMiSeq測序分析流程
        2.2.4 熒光定量PCR分析盲腸內(nèi)容物特定菌群
        2.2.5 PCR-DGGE分析盲腸菌群結(jié)構(gòu)
3 結(jié)果與分析
    3.1 健康肉雞盲腸菌群的高通量測序分析
    3.2 造模組22日齡肉雞盲腸菌群的特征以及地衣芽孢桿菌對肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用
        3.2.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌及誘導(dǎo)因素對肉雞盲腸菌群的影響
        3.2.2 地衣芽孢桿菌對22日齡肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用
    3.3 不同日齡肉雞盲腸菌群分析
        3.3.1 熒光定量PCR對不同日齡肉雞盲腸特定菌群的分析
        3.3.2 PCR-DGGE對不同日齡肉雞盲腸菌群結(jié)構(gòu)的分析
4 討論
    4.1 健康肉雞盲腸菌群的高通量測序分析
    4.2 造模組肉雞盲腸菌群的特征
    4.3 地衣芽孢桿菌對肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用
    4.4 通過熒光定量PCR與PCR-DGGE對不同日齡肉雞盲腸菌群的分析
        4.4.1 熒光定量PCR對不同日齡肉雞盲腸特定菌群的分析
        4.4.2 PCR-DGGE對不同日齡肉雞盲腸菌群結(jié)構(gòu)的分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
簡歷



本文編號(hào)：3933285