多種山羊流行病的發(fā)生一直困擾著海南黑山羊產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。本研究首先對海南黑山羊6種疫病進(jìn)行血清學(xué)調(diào)查,包括:副結(jié)核、羊口瘡、布魯氏菌病、魏氏梭菌病、傳染性胸膜肺炎和巴氏桿菌病。研究方法主要應(yīng)用ELISA檢測。結(jié)果表明,在海南黑山羊中存在副結(jié)核、羊口瘡、魏氏梭菌病、傳染性胸膜肺炎和巴氏桿菌病,但未檢測出布魯氏菌病存在。本研究根據(jù)臨床癥狀,利用分離培養(yǎng)、生化鑒定和分子生物學(xué)方法,成功分離并鑒定出D型多殺性巴氏桿菌和類鼻疽伯克霍爾德氏菌海南株。本研究對多殺性巴氏桿菌菌株進(jìn)行藥敏實(shí)驗(yàn),發(fā)現(xiàn)其對甲氧芐啶一磺胺甲惡唑、左氧氟沙星、四環(huán)素、慶大霉素和阿莫西林敏感,對頭孢他啶、紅霉素中度敏感,對氟苯尼考耐藥。最后,基于類鼻疽伯克霍爾德氏菌的致病性強(qiáng)及對大多數(shù)抗菌藥物耐藥特點(diǎn),本研究提取了該菌的全基因組,利用Illumina Hiseq 4000平臺結(jié)合Pacbio RSII平臺的測序手段,成功獲得羊源類鼻疽伯克霍爾德氏菌海南株的細(xì)菌全基因組,并對基因組進(jìn)行功能注釋、抗性基因分析及毒力基因分析,這為國內(nèi)類鼻疽伯克霍爾德氏菌標(biāo)準(zhǔn)菌株的建立、早日研發(fā)有效的疫苗提供基因組信息支持。

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１各種測序平臺的讀長（Ｌｅｖｙ?ａｎｄ?Ｍｙｅｒｓ?２０１６）??Ｆｉｇ．ｌ?Ｒｅａｄｉｎｇ?ｌｅｎｇｔｈ?ｆｏｒ?ｍｕｌｔｉｐｌｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｐｌａｔｆｏｒｍｓ（Ｌｅｖｙ?ａｎｄ?Ｍｙｅｒｓ?２０１６）??

器運(yùn)行時間，預(yù)測樣品制備時間，樣品制備成本以及平臺偏差或錯誤模式）的不??同，需要大量的思考和研宄。目前，兩個最基礎(chǔ)、最常用的指標(biāo)是在儀器運(yùn)行中??產(chǎn)生的讀長的數(shù)量和這些讀長的長度（圖１）?（Ｌｅｖｙ?ｅｔａｌ．，?２０１６）。??７??

圖１分離菌株的革蘭氏染色??Ｆｉｇ．ｌ?Ｇｒａｍ?ｓｔａｉｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｉｓｏｌａｔｅｄ?ｓｔｒａｉｎ??

２．１分離菌株的革蘭氏染色結(jié)果??在顯微鏡下（１０００Ｘ）觀察菌株形態(tài)，分離菌株為革蘭氏陰性菌，呈球桿狀，??見圖１。??２２??

圖３多殺性巴氏桿菌分型結(jié)果??Ｍｌ：ＤＮＡＭａｒｋｅｒＤ２０００；ｌ：Ａ、Ｂ、Ｄ、Ｅ、Ｆ?分型引物，但未加模板擴(kuò)增結(jié)果；２：Ａ、Ｂ、Ｄ、Ｅ、??

２．４多殺性巴氏桿菌分型及毒力基因檢測結(jié)果??對分離得到的多殺性巴氏桿菌菌株進(jìn)行分型鑒定，其結(jié)果顯示：??分離得到的菌株屬于Ｄ型（圖３）。??ｂｐ?．Ｍｌ?１?２?３??■??２０００??１０００?：ｔｉ??７５０?１?Ｉ??２５０?Ｔ??圖３多殺性巴氏桿菌分型結(jié)果??Ｍｌ：ＤＮ....

圖２?１６ｓ?ｒＲＮＡ擴(kuò)增結(jié)果??Ｍｌ：ＤＮＡＭａｒｋｅｒＤ２０００；ｌ：１６ＳｒＲＮＡ?擴(kuò)增產(chǎn)物??

２．３細(xì)菌１６ＳｒＲＮＡ鑒定結(jié)果??提取分離的菌株的全基因組，利用１６ＳｒＲＮＡ通用引物，進(jìn)行特異性基因序??列的擴(kuò)增，得到１，４６５?ｂｐ大小的ＰＣＲ產(chǎn)物（圖２），經(jīng)測序后，將其序列結(jié)果進(jìn)??行ＢＬＡＳＴ發(fā)現(xiàn)，該菌株屬于多殺性巴氏桿菌。??２３??

本文編號：3914604