反芻動物是現(xiàn)存哺乳動物中唯一具有以骨質(zhì)為核心的角的類群。角作為反芻動物關(guān)鍵形態(tài)特征是其進(jìn)化過程中的一個器官創(chuàng)新。反芻動物角在長期的自然選擇過程中演化出了不同的形態(tài)特點:如�？坪筒娼橇缈蒲莼鼋琴|(zhì)鞘,鹿科鹿茸的快速生長及周期性脫落和再生特性。牛、羊的角不利于畜牧生產(chǎn)管理,但其進(jìn)化起源以及關(guān)鍵調(diào)控基因仍有待研究。此外鹿茸作為特種經(jīng)濟(jì)動物產(chǎn)品是哺乳動物中具有完全再生能力的器官,并擁有極快的生長速度,其細(xì)胞分裂增殖速度甚至超過了癌細(xì)胞,由此推測鹿科物種低的癌癥發(fā)生率是其適應(yīng)細(xì)胞快速分裂增殖的進(jìn)化副產(chǎn)物。為此本研究通過比較基因組的方法對以上生物學(xué)問題進(jìn)行解析。本研究組裝一個鹿科獐亞科物種和兩個麝科物種基因組,并結(jié)合反芻動物基因組項目收集到1個鼷鹿科物種,1個叉角羚科物種,2個長頸鹿科物種,8個鹿科物種,1個麝科物種以及38個牛科物種共計54種涵蓋所有現(xiàn)存反芻動物科的反芻動物基因組數(shù)據(jù)。此外,測序20個狍子轉(zhuǎn)錄組,20個梅花鹿轉(zhuǎn)錄組,68個山羊轉(zhuǎn)錄組,以及113個綿羊轉(zhuǎn)錄組,并下載了49個已發(fā)表的綿羊組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),共計270個涵蓋16種不同組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。通過比較上述基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)并結(jié)合細(xì)...

【文章頁數(shù)】：162 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 引言
    1.2 反芻動物角的概述
        1.2.1 反芻動物角形態(tài)特征
        1.2.2 反芻動物角進(jìn)化起源探討
    1.3 角遺傳變異解析
        1.3.1 牛角相關(guān)變異研究
        1.3.2 羊角相關(guān)變異研究
        1.3.3 牛科角變異基因總結(jié)
    1.4 鹿茸再生的組織生理研究
        1.4.1 鹿茸的組織學(xué)特征
        1.4.2 鹿茸再生
        1.4.3 鹿茸的快速生長
    1.5 抗癌物種的進(jìn)化研究
        1.5.1 抗癌能力的進(jìn)化
        1.5.2 物種進(jìn)化抗癌機(jī)制
    1.6 比較基因組學(xué)分析方法及研究進(jìn)展
        1.6.1 比較基因組學(xué)的研究方法
        1.6.2 比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展
        1.6.3 比較基因組研究展望
    1.7 本研究的目的和意義
第二章 無角反芻動物獐子和兩個麝科物種基因組組裝
    2.1 材料與方法
        2.1.1 試驗材料
        2.1.2 試驗方法
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 獐子基因組
        2.2.2 兩個麝科物種基因組
        2.2.3 獐子和麝科物種基因組假基因的鑒定
    2.3 討論
    2.4 小結(jié)
第三章 反芻動物�？贫唇桥c鹿科鹿茸基因表達(dá)基礎(chǔ)
    3.1 材料與方法
        3.1.1 試驗材料
        3.1.2 試驗方法
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 牛科洞角特異的高表達(dá)基因
        3.2.2 鹿茸特異的高表達(dá)基因
        3.2.3 比較分析兩種反芻動物角特異高表達(dá)基因
        3.2.4 綿羊胚胎期角芽組織與臨近頭部皮膚組織差異基因
    3.3 討論
        3.3.1 �？贫唇呛吐箍坡谷椎钠鹪刺接�
        3.3.2 角作為反芻動物第二性征的進(jìn)化
        3.3.3 神經(jīng)組織在角發(fā)育過程中扮演重要角色
    3.4 小結(jié)
第四章 比較基因組解析反芻動物角的遺傳基礎(chǔ)
    4.1 材料與方法
        4.1.1 試驗材料
        4.1.2 試驗方法
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 有角反芻動物正選擇基因解析角的進(jìn)化
        4.2.2 有角反芻動物特異保守元件
        4.2.3 角變異相關(guān)基因座位的比較基因組研究
        4.2.4 整合分析反芻動物角起源的細(xì)胞基礎(chǔ)
    4.3 討論
    4.4 小結(jié)
第五章 比較基因組分析鹿科鹿茸快速再生遺傳基礎(chǔ)
    5.1 材料與方法
        5.1.1 試驗材料
        5.1.2 試驗方法
    5.2 結(jié)果與分析
        5.2.1 鹿科正選擇基因
        5.2.2 鹿科加速進(jìn)化元件
        5.2.3 神經(jīng)組織對鹿茸的調(diào)控
        5.2.4 鹿茸快速生長與癌癥
        5.2.5 鹿科特異正選擇PML基因抑癌作用
    5.3 討論
    5.4 小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
個人簡歷



本文編號：3874388