試驗(yàn)旨在對西藏山羊常染色體的選擇信號進(jìn)行篩選,發(fā)掘重要的種質(zhì)特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群體的Illumina 50K芯片分型數(shù)據(jù),通過過濾等位基因頻率較低和未定位的變異位點(diǎn),得到高質(zhì)量的SNPs標(biāo)記;通過計(jì)算遺傳分化系數(shù)(Fst)來分析群體遺傳結(jié)構(gòu),同時(shí)對群體進(jìn)行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建以確定其群體結(jié)構(gòu);借助Di和XP-EHH兩種不同的方法,以前5%為閾值,通過SNPs注釋得到西藏山羊基因組受選擇基因,并利用相關(guān)的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析庫對候選基因進(jìn)行功能富集分析。結(jié)果顯示,在3個(gè)群體中共鑒定出48 358個(gè)SNPs標(biāo)記,3個(gè)群體有相近的遺傳距離(Fst<0.05),西藏山羊的遺傳分化程度(Fst=0.0376)明顯高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群體已經(jīng)產(chǎn)生一定程度的遺傳分化。通過選擇信號分析,在西藏山羊群體中共篩選到36個(gè)受到較強(qiáng)選擇的位點(diǎn)和211個(gè)候選基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因與高海拔適應(yīng)性相關(guān)。這些基因主要富集在...

【文章頁數(shù)】：10 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)群體
    1.2 方法
        1.2.1 基因分型與質(zhì)量控制
        1.2.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
        1.2.3 選擇信號檢測
        1.2.4 生物信息學(xué)分析
2 結(jié) 果
    2.1 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析
    2.2 選擇信號分析
        2.2.1 Fst的統(tǒng)計(jì)結(jié)果
        2.2.2 Di統(tǒng)計(jì)結(jié)果
        2.2.3 XP-EHH統(tǒng)計(jì)結(jié)果
    2.3 生物信息學(xué)分析
3 討 論
4 結(jié) 論



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