利用基因組DNA混合池?cái)U(kuò)增產(chǎn)物直接測(cè)序的方法對(duì)55頭牦牛DQA2基因的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)進(jìn)行分析,并利用生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)分析了SNP位點(diǎn)對(duì)DQA2基因mRNA和蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響。結(jié)果顯示:牦牛DQA2基因多態(tài)性較高,共檢測(cè)到14個(gè)SNP位點(diǎn),僅有1個(gè)SNP位點(diǎn)位于內(nèi)含子1上,其余13個(gè)均位于外顯子區(qū)域,其中,9個(gè)SNP位點(diǎn)為錯(cuò)義突變,導(dǎo)致相應(yīng)氨基酸發(fā)生改變。二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果表明:8個(gè)SNP位點(diǎn)增大了mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,4個(gè)位點(diǎn)降低了mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。錯(cuò)義突變SNP位點(diǎn)均改變了牦牛DQA2蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu),突變前后二級(jí)結(jié)構(gòu)各組分中無(wú)規(guī)則卷曲所占比例最高,其次為延伸鏈,β-轉(zhuǎn)角的比例最低。研究結(jié)果為探究牦牛主要組織相容性復(fù)合體(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病機(jī)制和免疫機(jī)制提供了有利條件,也為篩選牦�？共》肿訕�(biāo)記提供了理論基礎(chǔ)。

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 引物設(shè)計(jì)
    1.3 基因組DNA混合池的構(gòu)建和聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)擴(kuò)增
    1.4 DQA2基因擴(kuò)增序列測(cè)定與分析
    1.5 等位基因頻率估算
    1.6 mRNA和蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
2 結(jié)果與分析
    2.1 牦牛DQA2基因擴(kuò)增結(jié)果
    2.2 牦牛DQA2基因SNP位點(diǎn)篩選和等位基因頻率估算
    2.3 牦牛DQA2基因mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
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