腹瀉是導(dǎo)致仔豬死亡的常見傳染性腸道疾病,對養(yǎng)豬業(yè)造成了極大的經(jīng)濟損失,已成為阻礙養(yǎng)豬業(yè)健康發(fā)展的絆腳石。C型產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens type C,C.perfringens type C)是引起仔豬細菌性腹瀉的常見病原菌之一,該菌經(jīng)消化道感染仔豬,在其腸道中大量繁殖,所產(chǎn)生的毒素破壞腸道組織并經(jīng)體液循環(huán)系統(tǒng)運輸而損害遠端器官(如脾臟),從而引起仔豬腹瀉及全身性器官的損傷。接種疫苗和使用抗生素可一定程度上減少并控制仔豬C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉的發(fā)生,但無抗和綠色健康養(yǎng)殖成為未來養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展的方向之一,養(yǎng)殖過程中需盡可能減少藥物對環(huán)境的污染以及豬只對疫苗和藥物的依耐性。另外,脾臟lncRNA(long non-coding RNA)、mRNA和miRNA(microRNA)在大腸桿菌和沙門氏菌引起仔豬腹瀉的過程中起重要調(diào)控功能,然而有關(guān)脾臟lncRNA、mRNA和miRNA在仔豬感染C型產(chǎn)氣莢膜梭菌導(dǎo)致腹瀉的調(diào)控機制研究較少。因此,從仔豬腹瀉的調(diào)控機制著手,找出抵抗C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的相關(guān)分子,培育出抵抗C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的豬品系將成為防治仔豬腹瀉的新途徑。本...

【文章頁數(shù)】：138 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Summary
縮略詞表
第一章 文獻綜述
    1 仔豬腹瀉的危害及主要原因
    2 產(chǎn)氣莢膜梭菌簡介
        2.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌的毒素種類及其分型
        2.2 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌
        2.3 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的致病機理
    3 脾臟在產(chǎn)氣莢膜梭菌性疾病中的作用
    4 LncRNA測序概述
        4.1 LncRNA簡介
        4.2 LncRNA的來源
        4.3 LncRNA的分類
        4.4 LncRNA的作用方式
        4.5 LncRNA參與的生物學(xué)過程
        4.6 LncRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究進展
    5 mRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究進展
    6 miRNA測序概述
        6.1 miRNA簡介
        6.2 miRNA的特征
        6.3 miRNA的轉(zhuǎn)錄和加工
            6.3.1 miRNA的轉(zhuǎn)錄
            6.3.2 miRNA的加工
        6.4 miRNA的作用方式
        6.5 miRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究進展
    7 本研究選題背景、研究內(nèi)容及目的意義
        7.1 選題背景
        7.2 研究內(nèi)容
        7.3 目的意義
第二章 脾臟lncRNA和 mRNA測序及功能分析
    1 試驗材料
        1.1 試驗動物
        1.2 實驗儀器設(shè)備與試劑
            1.2.1 主要儀器設(shè)備
            1.2.2 主要試劑
            1.2.3 主要溶液配制
    2 試驗方法
        2.1 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌培養(yǎng)
        2.2 仔豬攻毒試驗
        2.3 樣品采集
        2.4 總RNA提取
        2.5 總RNA質(zhì)量與濃度檢測
            2.5.1 瓊脂糖凝膠電泳檢測
            2.5.2 核酸蛋白檢測儀檢測
            2.5.3 毛細管電泳檢測
        2.6 LncRNA文庫構(gòu)建及測序
            2.6.1 LncRNA文庫構(gòu)建
            2.6.2 LncRNA文庫測序
        2.7 LncRNA測序數(shù)據(jù)處理及生物信息學(xué)分析
            2.7.1 LncRNA測序數(shù)據(jù)質(zhì)量檢測
            2.7.2 基因組比對
            2.7.3 轉(zhuǎn)錄本拼接
            2.7.4 已知mRNA鑒定
            2.7.5 LncRNA鑒定
            2.7.6 新mRNA鑒定和可變剪切分析
            2.7.7 LncRNA和 mRNA表達水平分析
            2.7.8 LncRNA基因組特征分析
            2.7.9 LncRNA靶基因預(yù)測
            2.7.10 GO功能和KEGG信號通路富集分析
            2.7.11 LncRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
            2.7.12 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA篩選
        2.8 RT-qPCR實驗
            2.8.1 測序結(jié)果的RT-qPCR驗證
            2.8.2 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA靶基因信號通路關(guān)鍵基因表達量檢測
            2.8.3 LncRNA組織表達譜構(gòu)建
    3 結(jié)果與分析
        3.1 LncRNA文庫構(gòu)建及測序數(shù)據(jù)處理結(jié)果
            3.1.1 總RNA提取及質(zhì)量檢測結(jié)果
            3.1.2 測序數(shù)據(jù)概述
            3.1.3 測序錯誤率結(jié)果
            3.1.4 基因組比對結(jié)果
            3.1.5 樣品間相關(guān)性分析結(jié)果
        3.2 LncRNA篩選及其基因組特征分析結(jié)果
            3.2.1 LncRNA篩選結(jié)果
            3.2.2 LncRNA基因組特征分析結(jié)果
        3.3 LncRNA和 mRNA差異表達分析結(jié)果
            3.3.1 差異表達lncRNA和 mRNA數(shù)量統(tǒng)計結(jié)果
            3.3.2 差異表達lncRNA和 mRNA聚類結(jié)果
            3.3.3 差異表達lncRNA和 mRNA染色體分布結(jié)果
        3.4 差異表達lncRNA和 mRNA功能分析結(jié)果
            3.4.1 差異表達lncRNA功能分析結(jié)果
            3.4.2 差異表達mRNA功能分析結(jié)果
        3.5 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA篩選結(jié)果
            3.5.1 潛在腹瀉抗性相關(guān)lncRNA信息
            3.5.2 潛在腹瀉抗性相關(guān)lncRNA二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果
            3.5.3 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA的逐步篩選結(jié)果
        3.6 測序結(jié)果的RT-qPCR驗證結(jié)果
        3.7 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA靶基因信號通路關(guān)鍵基因表達量檢測結(jié)果
        3.8 LncRNA組織表達譜結(jié)果
    4 討論
        4.1 測序質(zhì)量評估
        4.2 LncRNA篩選及其基因組特征
        4.3 LncRNA組織表達譜
        4.4 LncRNA二級結(jié)構(gòu)
        4.5 脾臟組織lncRNA和 mRNA功能富集
        4.6 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉抗性相關(guān)lncRNA
    5 小結(jié)
第三章 脾臟miRNA測序及功能分析
    1 試驗材料
    2 試驗方法
        2.1 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌培養(yǎng)
        2.2 仔豬攻毒試驗
        2.3 樣品采集
        2.4 總RNA提取
        2.5 總RNA質(zhì)量與濃度檢測
        2.6 miRNA文庫構(gòu)建及測序
            2.6.1 miRNA文庫構(gòu)建
            2.6.2 miRNA文庫測序
        2.7 miRNA測序數(shù)據(jù)處理及生物信息學(xué)分析
            2.7.1 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢測
            2.7.2 參考序列比對獲取已知miRNA和新miRNA
            2.7.3 small RNA分類注釋
            2.7.4 miRNA家族分析
            2.7.5 miRNA表達水平及差異分析
            2.7.6 miRNA靶基因預(yù)測
            2.7.7 miRNA靶基因GO功能和KEGG信號通路富集分析
            2.7.8 腹瀉抗性相關(guān)miRNA篩選
        2.8 miRNA的 RT-qPCR驗證及靶基因表達量檢測
            2.8.1 miRNA的 RT-qPCR驗證
            2.8.2 miRNA靶基因表達量檢測
    3 結(jié)果與分析
        3.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制及長度分析結(jié)果
            3.1.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制結(jié)果
            3.1.2 small RNA長度分析結(jié)果
        3.2 small RNA基因組定位及分類注釋結(jié)果
            3.2.1 small RNA基因組定位結(jié)果
            3.2.2 small RNA分類注釋結(jié)果
        3.3 已知miRNA和新miRNA首位堿基及各位堿基偏好性分布結(jié)果
        3.4 miRNA家族分析結(jié)果
        3.5 miRNA差異表達分析結(jié)果
            3.5.1 miRNA表達水平分析結(jié)果
            3.5.2 樣品間相關(guān)性分析結(jié)果
            3.5.3 差異表達miRNA統(tǒng)計結(jié)果
            3.5.4 差異表達miRNA聚類結(jié)果
        3.6 miRNA靶基因預(yù)測及富集分析結(jié)果
            3.6.1 miRNA靶基因預(yù)測結(jié)果
            3.6.2 miRNA靶基因GO功能富集分析結(jié)果
            3.6.3 miRNA靶基因KEGG信號通路富集分析結(jié)果
        3.7 腹瀉抗性相關(guān)miRNA篩選結(jié)果
            3.7.1 潛在腹瀉抗性相關(guān)miRNA的信息結(jié)果
            3.7.2 腹瀉抗性相關(guān)miRNA的逐步篩選結(jié)果
        3.8 miRNA的 RT-qPCR驗證及其靶基因表達量檢測結(jié)果
            3.8.1 miRNA的 RT-qPCR驗證結(jié)果
            3.8.2 miRNA靶基因表達量檢測結(jié)果
    4 討論
        4.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控及small RNA長度
        4.2 豬脾臟miRNA
        4.3 豬脾臟miRNA靶基因預(yù)測
        4.4 脾臟組織miRNA功能富集
        4.5 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉抗性相關(guān)miRNA
    5 小結(jié)
第四章 全文結(jié)論
第五章 創(chuàng)新點及展望
    1 創(chuàng)新點
    2 展望
參考文獻
致謝
作者簡介
導(dǎo)師簡介



本文編號：3776196