免疫組學(xué)是研究免疫相關(guān)的全套分子及其作用靶分子的學(xué)科,研究?jī)?nèi)容包括免疫基因組學(xué)、免疫蛋白質(zhì)組學(xué)和免疫信息學(xué)。免疫信息學(xué)主要研究免疫生物學(xué)及疫苗學(xué)與臨床免疫學(xué)中的問(wèn)題,其基本研究方法包括數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建方法、計(jì)算統(tǒng)計(jì)方法和數(shù)學(xué)建模與計(jì)算機(jī)模擬方法。數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建包括數(shù)據(jù)收集和數(shù)據(jù)庫(kù)創(chuàng)建、數(shù)據(jù)庫(kù)管理等技術(shù),這是免疫信息學(xué)研究的基礎(chǔ),通過(guò)免疫實(shí)驗(yàn)獲得的大量數(shù)據(jù)只有有效的存儲(chǔ)起來(lái),才能為后續(xù)工作提供基石。隨著豬全基因組測(cè)序的完成以及免疫組學(xué)的發(fā)展,所有實(shí)驗(yàn)獲得的數(shù)據(jù)都存儲(chǔ)在生物數(shù)據(jù)庫(kù)中,各通用生物信息學(xué)網(wǎng)站的數(shù)據(jù)不斷豐富,若充分整合目前互聯(lián)網(wǎng)上豬免疫相關(guān)的數(shù)據(jù),構(gòu)建專題數(shù)據(jù)庫(kù),將會(huì)給豬免疫相關(guān)工作帶來(lái)極大的便利,因此,本課題構(gòu)建了豬免疫組學(xué)信息平臺(tái),并在該平臺(tái)中搭建生物信息學(xué)分析工具,為廣大研究者提供新的研究平臺(tái)。基于Linux+Apache+MySQL+PHP環(huán)境開(kāi)發(fā)本信息平臺(tái),通過(guò)對(duì)PDB和IEDB相關(guān)數(shù)據(jù)的整合,構(gòu)建抗體分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)庫(kù),抗體輕鏈和重鏈CDR區(qū)序列數(shù)據(jù)庫(kù),MHC分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)庫(kù),B細(xì)胞表位信息和序列數(shù)據(jù)庫(kù),T細(xì)胞表位信息和序列數(shù)據(jù)庫(kù),這14個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中分別包含抗體結(jié)構(gòu)1787...

【文章頁(yè)數(shù)】：83 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
英文縮寫(xiě)說(shuō)明
第一章 引言
    1.1 研究背景
        1.1.1 免疫學(xué)背景
        1.1.2 免疫組學(xué)和免疫信息學(xué)背景
    1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 豬相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)研究現(xiàn)狀
        1.2.2 免疫相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)研究現(xiàn)狀
    1.3 選題依據(jù)和主要研究?jī)?nèi)容
        1.3.1 選題依據(jù)
        1.3.2 主要研究?jī)?nèi)容
第二章 相關(guān)生物信息學(xué)研究技術(shù)理論
    2.1 序列比對(duì)算法
    2.2 同源建模
    2.3 線性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)方法
    2.4 本章小結(jié)
第三章 LAMP開(kāi)發(fā)平臺(tái)概述及搭建
    3.1 LAMP開(kāi)發(fā)平臺(tái)概述
        3.1.1 Linux操作系統(tǒng)
        3.1.2 Web服務(wù)器Apache
        3.1.3 MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)
        3.1.4 PHP后臺(tái)腳本編程語(yǔ)言
    3.2 LAMP開(kāi)發(fā)環(huán)境搭建
        3.2.1 Apache的編譯與安裝
        3.2.2 安裝MySQL
        3.2.3 安裝PHP
    3.3 本章小結(jié)
第四章 豬免疫組學(xué)信息平臺(tái)數(shù)據(jù)整合
    4.1 材料與方法
        4.1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源
        4.1.2 整合抗體分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)
        4.1.3 整合抗體CDR區(qū)序列數(shù)據(jù)
        4.1.4 整合MHC分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)
        4.1.5 整合豬B細(xì)胞表位信息數(shù)據(jù)及構(gòu)建MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)
        4.1.6 整合豬T細(xì)胞表位信息數(shù)據(jù)及構(gòu)建MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)
    4.2 結(jié)果與討論
        4.2.1 抗體分子的結(jié)構(gòu)庫(kù)和序列庫(kù)
        4.2.2 抗體CDR區(qū)的序列庫(kù)
        4.2.3 MHC分子的結(jié)構(gòu)庫(kù)和序列庫(kù)
        4.2.4 豬B細(xì)胞表位的詳細(xì)信息和序列信息數(shù)據(jù)
        4.2.5 豬T細(xì)胞表位的詳細(xì)信息和序列信息數(shù)據(jù)
    4.3 本章小結(jié)
第五章 豬免疫組學(xué)信息平臺(tái)的實(shí)現(xiàn)
    5.1 材料和方法
        5.1.1 安裝本地化BLAST工具并構(gòu)建本地BLAST可用的數(shù)據(jù)庫(kù)
        5.1.2 使用PHP語(yǔ)言調(diào)用Blast命令
        5.1.3 安裝MODELLER程序
        5.1.4 使用PHP語(yǔ)言調(diào)用MODELLER命令
        5.1.5 使用PHP語(yǔ)言調(diào)用線性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)命令
        5.1.6 使用PHP語(yǔ)言與MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)交互進(jìn)行數(shù)據(jù)查詢
    5.2 結(jié)果與討論
        5.2.1 BLAST序列比對(duì)功能與序列比對(duì)網(wǎng)頁(yè)的實(shí)現(xiàn)
        5.2.2 MODELLER同源建模功能與同源建模網(wǎng)頁(yè)的實(shí)現(xiàn)
        5.2.3 豬線性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)網(wǎng)頁(yè)的實(shí)現(xiàn)
        5.2.4 信息查詢功能網(wǎng)頁(yè)的實(shí)現(xiàn)
    5.3 本章小結(jié)
第六章 豬免疫組學(xué)信息平臺(tái)的應(yīng)用實(shí)例
    6.1 材料和方法
        6.1.1 豬免疫球蛋白kappa可變區(qū)序列比對(duì)及同源建模
        6.1.2 中國(guó)荷包豬SLA-1分子序列比對(duì)及同源建模
        6.1.3 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白的線性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)
        6.1.4 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白B細(xì)胞線性表位信息查詢
        6.1.5 豬圓環(huán)病毒相關(guān)T細(xì)胞表位信息查詢
    6.2 結(jié)果與討論
        6.2.1 豬免疫球蛋白kappa可變區(qū)序列的同源建模
        6.2.2 中國(guó)荷包豬SLA-1分子序列比對(duì)及同源建模
        6.2.3 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白的線性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)
        6.2.4 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白B細(xì)胞表位信息查詢
        6.2.5 豬圓環(huán)病毒相關(guān)T細(xì)胞表位信息查詢
    6.3 本章小結(jié)
總結(jié)與展望
    總結(jié)
    展望
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷



本文編號(hào)：3760799