牛丘疹性口炎病毒的分離、全基因組測序及其生物信息學分析
發(fā)布時間:2022-12-04 02:27
牛丘疹性口炎病(BPS)是牛的一種高度傳染性的、普遍存在的疾病,該病由牛丘疹性口炎病毒引起。它是能引起牛和人的一種急性、接觸性、嗜上皮性傳染病。牛丘疹性口炎病的特點是常在皮膚或嘴唇的粘膜,齒墊,上顎,舌頭,乳房,口角出現丘疹和潰瘍。在牛丘疹性口炎流行地區(qū),發(fā)病率可高達90%以上,死亡率較低,但能使牛哺乳期中斷和產奶量下降,影響牛肉和皮的品質,還會引起續(xù)發(fā)感染。國內外對該病的致病機理還沒有系統(tǒng)的研究和報道,基因組序列的數據稀少,有關基因功能的研究更加稀少,因此我們希望能夠通過我們的研究,為牛丘疹性口炎病的研究提供一定的基礎。主要研究內容如下:1.通過觀察牛病理特征,采集病料做病理切片,病毒接種于細胞分離,病毒形態(tài)電鏡顯示成卵圓形,以及PCR的特異性檢測,基因產物的測序和比對,檢測和分離到了牛丘疹性口炎病毒三歲的安格斯公牛,已有兩個月的慢性肩部感染,頸部、腹部皮膚有突起的結節(jié),尸檢肩部出現膿腫膿液,多個淺表淋巴結腫大。并且在牛前肢兩側末端皮膚有慢性皮膚增殖病和腫脹。四肢皮膚廣泛性病理增生,皮膚潰瘍出血病有灶融合。 組織病理學檢查顯示前肢上皮乳頭狀增生、過度角質化、真皮炎癥浸潤。角化細胞氣球...
【文章頁數】:126 頁
【學位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
常用英文縮略詞匯
第一章 文獻綜述
1. 牛丘疹性口炎病毒的研究進展
1.1 牛丘疹性口炎病毒流行病學特征
1.2 臨床癥狀
1.3 病毒基因組結構
1.4 主要的毒力基因
1.4.1 BPSV-ORF006基因
1.4.2 BPSV-ORF080基因
1.4.3 BPSV-ORF102和BPSV-ORF103基因
1.4.4 BPSV-ORF109和BPSV-ORF110基因
1.4.5 BPSV-ORF112基因
1.4.6 BPSV-ORF117基因
1.4.7 BPSV-ORF127基因
1.5 免疫治療和重組疫苗
2. 痘病毒的免疫防御分子
2.1 細胞外防御蛋白
2.1.1 補體調節(jié)蛋白
2.1.2 干擾素結合蛋白
2.1.3 IL-18結合蛋白(IL-18 BPs)
2.1.4 可溶性腫瘤壞死因子結合蛋白
2.1.5 可溶性IL-1β同源受體
2.1.6 趨化因子抑制劑
2.1.7 其他的細胞因子結合蛋白和其同源物
2.1.8 分泌的自然殺傷細胞抑制劑
2.2 細胞內防御蛋白
2.2.1 細胞模式識別受體的信號通路的抑制劑
2.2.2 NF-κB信號轉導通路抑制劑
2.2.3 腫瘤壞死因子信號通路(IFN)的抑制劑
2.2.4 抑制細胞凋亡的分子
2.2.5 抑制抗原遞呈的分子
第二章 牛丘疹性口炎病毒的分離
1. 材料
1.1 主要試劑
1.2 主要儀器
2. 方法
2.1 流行情況及臨床癥狀
2.2 樣品的采集
2.3 病理組織學切片的制作
2.3.1 固定
2.3.2 脫水
2.3.3 透明
2.3.4 浸蠟
2.3.5 包埋
2.3.6 切片
2.3.7 脫蠟
2.3.8 HE染色
2.4 病毒的初步分離培養(yǎng)
2.5 病毒的電鏡觀察
2.6 PCR檢測目的基因
3. 試驗結果與分析
3.1 流行情況及臨床癥狀
3.2 組織切片鑒定
3.3 病毒的初步分離培養(yǎng)結果
3.4 病毒粒子電鏡圖
3.5 PCR擴增產物和測序結果
4 討論
5 小結
第三章 牛丘疹性口炎病毒全基因組測序與C5、C15和C1病毒的分離純化
1. 材料
1.1 細胞和病毒
1.2 主要試劑
1.3 主要試劑盒
1.4 主要儀器
2. 方法
2.1 病毒TX09全基因測序
2.1.1 病毒TX09基因的抽提
2.1.2 病毒DNA測序
2.2 C5、C15病毒的純化
2.2.1 引物的設計和酶切位點的選擇
2.2.2 蝕斑篩選
2.2.3 病毒的增殖
2.2.4 病毒DNA檢測
2.2.5 陽性克隆的篩選
2.3 C1病毒的純化
2.3.1 引物的設計
2.3.2 蝕斑篩選
2.3.3 病毒的增殖
2.3.4 樣品DNA的抽提
2.3.5 PCR檢測目的條帶
2.3.6 陽性克隆的篩選
3. 實驗結果和分析
3.1 C5、C15病毒的純化
3.2 C1病毒的純化
4. 討論
5. 小結
第四章 牛丘疹性口炎病毒C15、C5和C1開放閱讀框的標注
1. 材料和方法
1.1 實驗病毒基因序列
1.2 實驗軟件及數據庫
2 實驗方法
3 結果與分析
3.1 C15,C5,C1病毒同源性比對
3.2 C15,C5,C1病毒開放閱讀框的確定
3.3 密碼子偏愛性分析
4. 討論
5. 小結
第五章 牛丘疹性口炎病毒C15、C5和C1差異開放閱讀框的比對
1. 材料
1.1 病毒
1.2 主要使用的軟件
2 方法
3. 結果與分析
4. 討論
5. 小結
第六章 C5、C15和C1病毒動物接種試驗
1. 材料
1.1 細胞、病毒和實驗動物
1.2 主要試劑
1.3 主要試劑盒
1.4 主要儀器
2. 方法
2.1 病毒的增殖
2.2 病毒C5、C15、C1細胞培養(yǎng)物TCID_(50)的測定
2.3 生長曲線的繪制
2.3.1 多步增長特性(MOI=0.1)
2.3.2 一步增長特性(病毒MOI=10)
2.4 動物接種試驗
3. 結果與分析
3.1 病毒C5、C15、C1細胞培養(yǎng)物TCID_(50)的測定
3.2 生長曲線的測定
3.3 動物接種試驗
4 討論
5 小結
第七章 酵母雙雜交初步篩選與C1-ORF118相互作用的蛋白
1. 材料
1.1 載體及菌株
1.2 主要試劑的配制
1.3 主要試劑盒
1.4 主要儀器
2. 方法
2.1 重組質粒的構
2.1.1 ORFV 118基因的擴增
2.1.2 雙酶切酵母載體pGBK7-BD
2.1.3 PCR產物和雙酶切酵母載體pGBK7-BD的純化
2.1.4 ORFV118的連接和轉化
2.1.5 提取質粒DNA
2.1.6 ORFV118重組質粒的鑒定
2.1.7 ORFV118重組質粒的測序
2.2 酵母雙雜交試驗
2.2.1 Y2HGold和Y187酵母感受態(tài)的制備
2.2.2 酵母細胞轉化試驗
2.2.3 pGBK7-118菌株與酵母雙雜交cDNA文庫中篩選相互作用蛋白
2.2.4 陽性克隆的鑒定
2.2.5 酵母細胞質粒的大腸桿菌轉化試驗
2.2.6 提取質粒DNA
3. 陽性質;驕y序
4. 試驗結果與分析
4.1. 病毒ORFV118基因的擴增
4.2 酵母載體酶切
4.3 重組質粒的鑒定
4.4 重組誘餌質粒pGBKT7-118的毒性及自激活檢測
4.5. 誘餌質粒pGBKT7-118和文庫酵母雙雜交篩選
5. 討論
6. 小結
全文總結
本論文的創(chuàng)新點
參考文獻
致謝
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文
【參考文獻】:
期刊論文
[1]疑似牛傳染性口炎的診治[J]. 藍澤清. 福建畜牧獸醫(yī). 2014(02)
[2]水牛丘疹性口炎的診斷[J]. 陳錫全,劉萬鈞,楊曉梅,敖學成,姚梓才,向淑華,徐華,黨聯銀. 四川畜牧獸醫(yī). 1986(03)
本文編號:3707434
【文章頁數】:126 頁
【學位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
常用英文縮略詞匯
第一章 文獻綜述
1. 牛丘疹性口炎病毒的研究進展
1.1 牛丘疹性口炎病毒流行病學特征
1.2 臨床癥狀
1.3 病毒基因組結構
1.4 主要的毒力基因
1.4.1 BPSV-ORF006基因
1.4.2 BPSV-ORF080基因
1.4.3 BPSV-ORF102和BPSV-ORF103基因
1.4.4 BPSV-ORF109和BPSV-ORF110基因
1.4.5 BPSV-ORF112基因
1.4.6 BPSV-ORF117基因
1.4.7 BPSV-ORF127基因
1.5 免疫治療和重組疫苗
2. 痘病毒的免疫防御分子
2.1 細胞外防御蛋白
2.1.1 補體調節(jié)蛋白
2.1.2 干擾素結合蛋白
2.1.3 IL-18結合蛋白(IL-18 BPs)
2.1.4 可溶性腫瘤壞死因子結合蛋白
2.1.5 可溶性IL-1β同源受體
2.1.6 趨化因子抑制劑
2.1.7 其他的細胞因子結合蛋白和其同源物
2.1.8 分泌的自然殺傷細胞抑制劑
2.2 細胞內防御蛋白
2.2.1 細胞模式識別受體的信號通路的抑制劑
2.2.2 NF-κB信號轉導通路抑制劑
2.2.3 腫瘤壞死因子信號通路(IFN)的抑制劑
2.2.4 抑制細胞凋亡的分子
2.2.5 抑制抗原遞呈的分子
第二章 牛丘疹性口炎病毒的分離
1. 材料
1.1 主要試劑
1.2 主要儀器
2. 方法
2.1 流行情況及臨床癥狀
2.2 樣品的采集
2.3 病理組織學切片的制作
2.3.1 固定
2.3.2 脫水
2.3.3 透明
2.3.4 浸蠟
2.3.5 包埋
2.3.6 切片
2.3.7 脫蠟
2.3.8 HE染色
2.4 病毒的初步分離培養(yǎng)
2.5 病毒的電鏡觀察
2.6 PCR檢測目的基因
3. 試驗結果與分析
3.1 流行情況及臨床癥狀
3.2 組織切片鑒定
3.3 病毒的初步分離培養(yǎng)結果
3.4 病毒粒子電鏡圖
3.5 PCR擴增產物和測序結果
4 討論
5 小結
第三章 牛丘疹性口炎病毒全基因組測序與C5、C15和C1病毒的分離純化
1. 材料
1.1 細胞和病毒
1.2 主要試劑
1.3 主要試劑盒
1.4 主要儀器
2. 方法
2.1 病毒TX09全基因測序
2.1.1 病毒TX09基因的抽提
2.1.2 病毒DNA測序
2.2 C5、C15病毒的純化
2.2.1 引物的設計和酶切位點的選擇
2.2.2 蝕斑篩選
2.2.3 病毒的增殖
2.2.4 病毒DNA檢測
2.2.5 陽性克隆的篩選
2.3 C1病毒的純化
2.3.1 引物的設計
2.3.2 蝕斑篩選
2.3.3 病毒的增殖
2.3.4 樣品DNA的抽提
2.3.5 PCR檢測目的條帶
2.3.6 陽性克隆的篩選
3. 實驗結果和分析
3.1 C5、C15病毒的純化
3.2 C1病毒的純化
4. 討論
5. 小結
第四章 牛丘疹性口炎病毒C15、C5和C1開放閱讀框的標注
1. 材料和方法
1.1 實驗病毒基因序列
1.2 實驗軟件及數據庫
2 實驗方法
3 結果與分析
3.1 C15,C5,C1病毒同源性比對
3.2 C15,C5,C1病毒開放閱讀框的確定
3.3 密碼子偏愛性分析
4. 討論
5. 小結
第五章 牛丘疹性口炎病毒C15、C5和C1差異開放閱讀框的比對
1. 材料
1.1 病毒
1.2 主要使用的軟件
2 方法
3. 結果與分析
4. 討論
5. 小結
第六章 C5、C15和C1病毒動物接種試驗
1. 材料
1.1 細胞、病毒和實驗動物
1.2 主要試劑
1.3 主要試劑盒
1.4 主要儀器
2. 方法
2.1 病毒的增殖
2.2 病毒C5、C15、C1細胞培養(yǎng)物TCID_(50)的測定
2.3 生長曲線的繪制
2.3.1 多步增長特性(MOI=0.1)
2.3.2 一步增長特性(病毒MOI=10)
2.4 動物接種試驗
3. 結果與分析
3.1 病毒C5、C15、C1細胞培養(yǎng)物TCID_(50)的測定
3.2 生長曲線的測定
3.3 動物接種試驗
4 討論
5 小結
第七章 酵母雙雜交初步篩選與C1-ORF118相互作用的蛋白
1. 材料
1.1 載體及菌株
1.2 主要試劑的配制
1.3 主要試劑盒
1.4 主要儀器
2. 方法
2.1 重組質粒的構
2.1.1 ORFV 118基因的擴增
2.1.2 雙酶切酵母載體pGBK7-BD
2.1.3 PCR產物和雙酶切酵母載體pGBK7-BD的純化
2.1.4 ORFV118的連接和轉化
2.1.5 提取質粒DNA
2.1.6 ORFV118重組質粒的鑒定
2.1.7 ORFV118重組質粒的測序
2.2 酵母雙雜交試驗
2.2.1 Y2HGold和Y187酵母感受態(tài)的制備
2.2.2 酵母細胞轉化試驗
2.2.3 pGBK7-118菌株與酵母雙雜交cDNA文庫中篩選相互作用蛋白
2.2.4 陽性克隆的鑒定
2.2.5 酵母細胞質粒的大腸桿菌轉化試驗
2.2.6 提取質粒DNA
3. 陽性質;驕y序
4. 試驗結果與分析
4.1. 病毒ORFV118基因的擴增
4.2 酵母載體酶切
4.3 重組質粒的鑒定
4.4 重組誘餌質粒pGBKT7-118的毒性及自激活檢測
4.5. 誘餌質粒pGBKT7-118和文庫酵母雙雜交篩選
5. 討論
6. 小結
全文總結
本論文的創(chuàng)新點
參考文獻
致謝
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文
【參考文獻】:
期刊論文
[1]疑似牛傳染性口炎的診治[J]. 藍澤清. 福建畜牧獸醫(yī). 2014(02)
[2]水牛丘疹性口炎的診斷[J]. 陳錫全,劉萬鈞,楊曉梅,敖學成,姚梓才,向淑華,徐華,黨聯銀. 四川畜牧獸醫(yī). 1986(03)
本文編號:3707434
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