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雄性布氏田鼠Stra8基因啟動(dòng)區(qū)DNA甲基化特征分析

發(fā)布時(shí)間:2022-10-08 11:03
  布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)是我國(guó)北方典型草原上的有害鼠種,具有季節(jié)性繁殖的特點(diǎn)。Stra8(stimulated by retinoic acid)基因是減數(shù)分裂起始的標(biāo)志基因,在布氏田鼠睪丸組織中特異表達(dá),而且呈現(xiàn)季節(jié)性表達(dá)的特征。DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾,有研究發(fā)現(xiàn)DNA甲基化可能承載了環(huán)境變化對(duì)物種基因組影響的信息。本研究分析了布氏田鼠Stra8基因啟動(dòng)區(qū)在不同季節(jié)的DNA甲基化特征,從DNA甲基化的角度探索表觀修飾在布氏田鼠Stra8基因季節(jié)性表達(dá)調(diào)控中的作用。 本研究克隆得到布氏田鼠Stra8基因部分cDNA序列,在此基礎(chǔ)上通過(guò)5’-RACE獲得了布氏田鼠Stra8基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn);然后通過(guò)染色體步移的方法得到該基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游序列。通過(guò)分析我們發(fā)現(xiàn)在布氏田鼠Stra8基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近存在多個(gè)重要轉(zhuǎn)錄因子,如SP1、NF1等的結(jié)合位點(diǎn),且存在多個(gè)視黃酸受體結(jié)合位點(diǎn)。在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近還有一個(gè)CpG島。我們選取了4月、6月及8月的野外雄性布氏田鼠,對(duì)其睪丸組織中Stra8基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近的DNA序列進(jìn)行甲基化狀態(tài)分析,我... 

【文章頁(yè)數(shù)】:58 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 布氏田鼠的分布和繁殖生物學(xué)特征
    1.2 Stra8 簡(jiǎn)介
        1.2.1 Stra8 基因
        1.2.2 布氏田鼠 Stra8 基因季節(jié)性表達(dá)特征
    1.3 DNA 甲基化——表觀遺傳修飾的主要形式
        1.3.1 表觀遺傳及其主要形式
        1.3.2 DNA 甲基化
    1.4 研究目的與意義
第二章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.1.2 分子生物學(xué)試劑盒
        2.1.3 主要試劑的配制
        2.1.4 序列分析軟件和網(wǎng)站
        2.1.5 主要儀器設(shè)備
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 布氏田鼠 Stra8 基因 cDNA 序列的克隆
        2.2.2 5’–RACE 克隆布氏田鼠 Stra8 基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)
        2.2.3 Genome-Walking 克隆布氏田鼠 Stra8 基因啟動(dòng)區(qū)序列
        2.2.4 重亞硫酸鹽測(cè)序(Bisulfite-sequencing)法測(cè)定 Stra8 基因啟動(dòng)區(qū)甲基化程度
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 Stra8 基因 cDNA 序列的獲得
        3.1.1 提取總 RNA 的質(zhì)量
        3.1.2 目的片段的獲得
    3.2 Stra8 基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的獲得
        3.2.1 提取總 RNA 的質(zhì)量
        3.2.2 5’-RACE 克隆 Stra8 基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)
    3.3 Stra8 基因上游序列的獲得
        3.3.1 提取基因組 DNA 的質(zhì)量
        3.3.2 DNA 步移
    3.4 雄性布氏田鼠 Stra8 基因啟動(dòng)子、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)以及 CpG 島預(yù)測(cè)
    3.5 Stra8 基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游及附近序列的 DNA 甲基化分析
    3.6 布氏田鼠睪丸組織 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 區(qū)域內(nèi)各 CpG 位點(diǎn)在不同季節(jié)的甲基化百分比的差異顯著性分析
    3.7 布氏田鼠 Stra8 基因啟動(dòng)區(qū)在 4 月、6 月、8 月之間具有顯著性差異的 CpG 位點(diǎn)的甲基化百分比與 Stra8 基因表達(dá)量的相關(guān)性分析
第四章 討論
參考文獻(xiàn)
附錄
    附表 1 所獲布氏田鼠 Stra8 基因 cDNA 序列
    附表 2 5’-RACE 確定布氏田鼠 Stra8 基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)所獲 cDNA 序列
    附表 3 染色體步移布氏田鼠 Stra8 基因所獲上游序列
    附表 4 布氏田鼠 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 區(qū)域內(nèi)不同組織不同季節(jié)的 CpG 位點(diǎn)的甲基化百分比統(tǒng)計(jì)
    附表 5 布氏田鼠睪丸組織 Stra8 基因-1952bp 至+137bp 區(qū)域內(nèi)各 CpG 位點(diǎn)在不同季節(jié)的甲基化百分比的差異差異顯著性分析
致謝
作者簡(jiǎn)歷


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號(hào):3687600

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