利用全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒別影響豬小腸長度的基因位點(diǎn)
發(fā)布時(shí)間:2022-01-14 08:52
小腸是動(dòng)物重要的消化器官,其長度與機(jī)體生長、脂肪沉積及飼料報(bào)酬等重要經(jīng)濟(jì)性狀顯著相關(guān)。定位影響小腸長度的基因位點(diǎn),有助于理解小腸生長發(fā)育分子調(diào)控機(jī)制。在此前的研究中,本實(shí)驗(yàn)室分析了來自杜洛克×二花臉豬F2雜交群體的1034個(gè)個(gè)體和蘇太群體276個(gè)個(gè)體的小腸長度表型和60K基因型數(shù)據(jù)。結(jié)果在4、7號等染色體上發(fā)現(xiàn)了顯著影響小腸長度的遺傳變異位點(diǎn)。為了深入研究小腸長度變異的分子遺傳機(jī)理,本研究進(jìn)一步測定了157頭蘇太豬的小腸長度表型。此外還測定了來自杜長大三元雜交商品豬、純種萊蕪豬和純種二花臉豬等3個(gè)獨(dú)立群體的1259頭豬小腸長度。我們比較了不同群體小腸長度的差異,并發(fā)現(xiàn)中國地方豬小腸平均長度比商品雜交豬短3.6-5.9米,在飼養(yǎng)條件和屠宰日齡相同的情況下,萊蕪豬的小腸長度要顯著長于二花臉豬的小腸長度。此外,此前的研究和本研究均發(fā)現(xiàn)小腸長度和日增重、脂肪沉積等生長性狀的相關(guān)性。因此我們推測:品種之間,特別是中國地方品種豬和西方商品豬之間存在的小腸長度的顯著差異,可能是由于受到不同的自然和人工選擇壓力造成的。結(jié)合60K SNP基因型數(shù)據(jù),本研究計(jì)算了5個(gè)群體的遺傳力,其值在0.3-0.64之...
【文章來源】:江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省
【文章頁數(shù)】:36 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 引言
2 豬小腸簡介
2.1 消化系統(tǒng)的構(gòu)成
2.2 小腸的形態(tài)結(jié)構(gòu)
2.3 飼料在小腸的消化吸收
2.4 腸道的神經(jīng)系統(tǒng)和血液循環(huán)系統(tǒng)
2.5 豬小腸長度表型
2.6 影響小腸長度的因素
2.7 豬小腸長度的遺傳研究進(jìn)展
3 全基因組關(guān)聯(lián)分析
3.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析的原理
3.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析的歷史及應(yīng)用
3.3 豬基因芯片的發(fā)展
4 單倍型分析
5 數(shù)量性狀的遺傳力
6 實(shí)驗(yàn)群體之萊蕪豬、二花臉豬介紹
6.1 二花臉豬
6.2 萊蕪豬
7 本研究的目的、意義
第二章 研究正文
1 前言
2 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)群體介紹(來源、飼養(yǎng)、屠宰處理)
2.2 表型測定與樣品采集(生長性狀測定、小腸長度測定)
2.3 DNA 提取
2.4 60K 芯片實(shí)驗(yàn)
2.4.1 試劑、平臺(tái)介紹
2.4.2 實(shí)驗(yàn)過程與步驟
2.5 60K 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
2.6 GWAS 分析
2.7 最強(qiáng)相關(guān) SNP 解釋表型變異值計(jì)算
2.8 本實(shí)驗(yàn)的分析軟件
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 各實(shí)驗(yàn)群體小腸長度分布情況
3.2 豬小腸長度與部分生長性狀的相關(guān)性
3.3 豬小腸長度的遺傳力估計(jì)
3.4 豬小腸長度的全基因組關(guān)聯(lián)分析
3.5 最強(qiáng)相關(guān) SNP 解釋表型變異
4 討論
4.1 中國地方品種與西方豬種小腸長度的比較分析
4.2 豬小腸長度與生長性狀的相關(guān)性分析
4.3 小腸長度的遺傳力
4.4 小腸長度的全基因組關(guān)聯(lián)分析
4.4.1 強(qiáng)相關(guān)位點(diǎn)分析
4.4.2 強(qiáng)相關(guān)位點(diǎn)區(qū)候選基因分析
4.5 最強(qiáng)相關(guān)位點(diǎn)解釋的表型變異
5 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]陸川豬屠宰性能的測定[J]. 張家富,何若鋼,覃小榮,江永強(qiáng),李萬呈,何國青. 豬業(yè)科學(xué). 2013(04)
[2]利用大規(guī)模F2及F3群體研究豬小腸長度及其生長發(fā)育性狀的相關(guān)性[J]. 周利華,任冬仁,李琳,陳蓉蓉,郭源梅,肖石軍,高軍. 畜牧與獸醫(yī). 2010(03)
[3]日糧碳水化合物/蛋白質(zhì)水平對240日齡不同品種豬肌內(nèi)脂肪含量和胃腸道重量、長度及消化酶活性的影響[J]. 劉宏偉,王康寧. 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2009(04)
[4]基因芯片技術(shù)在動(dòng)物研究中的應(yīng)用[J]. 栗艷,董常生,李鵬. 上海畜牧獸醫(yī)通訊. 2008(01)
[5]國家級畜禽遺傳資源保護(hù)名錄[J]. 劉剛. 四川農(nóng)業(yè)科技. 2007(05)
[6]哺乳動(dòng)物消化系統(tǒng)胚胎發(fā)生[J]. 衛(wèi)紅麗,王平利,梁宏德,王巖,丁利. 上海畜牧獸醫(yī)通訊. 2007(02)
[7]胎兒宮內(nèi)發(fā)育遲緩對新生仔豬小腸組織發(fā)育的影響[J]. 周根來,王恬,霍永久,陳才勇,石現(xiàn)瑞,李建農(nóng). 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2006(01)
[8]大豆對不同豬種有關(guān)器官形態(tài)的影響[J]. 秦貴信,徐良梅,A F B vander Poel,M W Bosch,M W A Verstegen. 中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2001(04)
[9]皖南花豬消化系統(tǒng)生長發(fā)育研究[J]. 陳宏權(quán),蔣模有,趙瑞蓮,凌榮春. 安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 1998(02)
[10]堿性成纖維細(xì)胞生長因子和谷氨酰胺對小腸上皮細(xì)胞生長的促進(jìn)作用[J]. 伍烽,金先慶,吳仕孝,李鏡,王珊,許嘉陵,李欣. 腸外與腸內(nèi)營養(yǎng). 1997(01)
碩士論文
[1]在蘇太豬群體中利用全基因組關(guān)聯(lián)性分析鑒別影響豬小腸長度的QTL[D]. 黃菲.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號:3588203
【文章來源】:江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省
【文章頁數(shù)】:36 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 引言
2 豬小腸簡介
2.1 消化系統(tǒng)的構(gòu)成
2.2 小腸的形態(tài)結(jié)構(gòu)
2.3 飼料在小腸的消化吸收
2.4 腸道的神經(jīng)系統(tǒng)和血液循環(huán)系統(tǒng)
2.5 豬小腸長度表型
2.6 影響小腸長度的因素
2.7 豬小腸長度的遺傳研究進(jìn)展
3 全基因組關(guān)聯(lián)分析
3.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析的原理
3.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析的歷史及應(yīng)用
3.3 豬基因芯片的發(fā)展
4 單倍型分析
5 數(shù)量性狀的遺傳力
6 實(shí)驗(yàn)群體之萊蕪豬、二花臉豬介紹
6.1 二花臉豬
6.2 萊蕪豬
7 本研究的目的、意義
第二章 研究正文
1 前言
2 材料與方法
2.1 實(shí)驗(yàn)群體介紹(來源、飼養(yǎng)、屠宰處理)
2.2 表型測定與樣品采集(生長性狀測定、小腸長度測定)
2.3 DNA 提取
2.4 60K 芯片實(shí)驗(yàn)
2.4.1 試劑、平臺(tái)介紹
2.4.2 實(shí)驗(yàn)過程與步驟
2.5 60K 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
2.6 GWAS 分析
2.7 最強(qiáng)相關(guān) SNP 解釋表型變異值計(jì)算
2.8 本實(shí)驗(yàn)的分析軟件
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 各實(shí)驗(yàn)群體小腸長度分布情況
3.2 豬小腸長度與部分生長性狀的相關(guān)性
3.3 豬小腸長度的遺傳力估計(jì)
3.4 豬小腸長度的全基因組關(guān)聯(lián)分析
3.5 最強(qiáng)相關(guān) SNP 解釋表型變異
4 討論
4.1 中國地方品種與西方豬種小腸長度的比較分析
4.2 豬小腸長度與生長性狀的相關(guān)性分析
4.3 小腸長度的遺傳力
4.4 小腸長度的全基因組關(guān)聯(lián)分析
4.4.1 強(qiáng)相關(guān)位點(diǎn)分析
4.4.2 強(qiáng)相關(guān)位點(diǎn)區(qū)候選基因分析
4.5 最強(qiáng)相關(guān)位點(diǎn)解釋的表型變異
5 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]陸川豬屠宰性能的測定[J]. 張家富,何若鋼,覃小榮,江永強(qiáng),李萬呈,何國青. 豬業(yè)科學(xué). 2013(04)
[2]利用大規(guī)模F2及F3群體研究豬小腸長度及其生長發(fā)育性狀的相關(guān)性[J]. 周利華,任冬仁,李琳,陳蓉蓉,郭源梅,肖石軍,高軍. 畜牧與獸醫(yī). 2010(03)
[3]日糧碳水化合物/蛋白質(zhì)水平對240日齡不同品種豬肌內(nèi)脂肪含量和胃腸道重量、長度及消化酶活性的影響[J]. 劉宏偉,王康寧. 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2009(04)
[4]基因芯片技術(shù)在動(dòng)物研究中的應(yīng)用[J]. 栗艷,董常生,李鵬. 上海畜牧獸醫(yī)通訊. 2008(01)
[5]國家級畜禽遺傳資源保護(hù)名錄[J]. 劉剛. 四川農(nóng)業(yè)科技. 2007(05)
[6]哺乳動(dòng)物消化系統(tǒng)胚胎發(fā)生[J]. 衛(wèi)紅麗,王平利,梁宏德,王巖,丁利. 上海畜牧獸醫(yī)通訊. 2007(02)
[7]胎兒宮內(nèi)發(fā)育遲緩對新生仔豬小腸組織發(fā)育的影響[J]. 周根來,王恬,霍永久,陳才勇,石現(xiàn)瑞,李建農(nóng). 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2006(01)
[8]大豆對不同豬種有關(guān)器官形態(tài)的影響[J]. 秦貴信,徐良梅,A F B vander Poel,M W Bosch,M W A Verstegen. 中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2001(04)
[9]皖南花豬消化系統(tǒng)生長發(fā)育研究[J]. 陳宏權(quán),蔣模有,趙瑞蓮,凌榮春. 安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 1998(02)
[10]堿性成纖維細(xì)胞生長因子和谷氨酰胺對小腸上皮細(xì)胞生長的促進(jìn)作用[J]. 伍烽,金先慶,吳仕孝,李鏡,王珊,許嘉陵,李欣. 腸外與腸內(nèi)營養(yǎng). 1997(01)
碩士論文
[1]在蘇太豬群體中利用全基因組關(guān)聯(lián)性分析鑒別影響豬小腸長度的QTL[D]. 黃菲.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號:3588203
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