脂肪沉積（Fat deposition）是豬生產(chǎn)及育種中最為重要的經(jīng)濟性狀指標之一，豬皮下脂肪的含量，如背膘厚度和腹脂重，主要決定胴體品質(zhì)；而肌內(nèi)脂肪含量（IMF）主要影響豬肉質(zhì)品質(zhì)，如嫩度、多汁性及加工后的風味。本研究旨在鑒別影響豬脂肪沉積性狀的數(shù)量性狀位點（QTL），并對X染色體上主效QTL的位置候選基因IRS4進行研究，以期從分子水平解析豬脂肪沉積性狀的遺傳機理。本研究第一部分利用白色杜洛克×二花臉資源家系（926頭F2代個體）、蘇太豬（杜洛克和二花臉雜交的培育品種，408頭）、純種二花臉豬（317頭）、純種萊蕪豬（316頭）和杜長大三元雜交商品豬（610頭）共5個實驗群體的Illumina60K SNP基因型數(shù)據(jù)，針對腹脂重和胸部膘厚表型，開展單個群體的全基因組關聯(lián)分析（GWAS），并合并相同屠宰日齡的F2群體和蘇太豬群體進行薈萃GWAS分析（Meta-analysis），獲得了以下結(jié)果：1、只在F2群體中鑒別到2個與腹脂重表型顯著關聯(lián)位點（SNPs），且都分布在7號染色體上，其余群體未檢測出顯著關聯(lián)信號。2、在F2群體中鑒別到246個與胸部膘厚表型顯著相關的SNPs，分布于4... 

【文章來源】：江西農(nóng)業(yè)大學江西省

【文章頁數(shù)】：52 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1 引言
    2 脂肪的形成機理
    3 研究豬胴體脂肪沉積在豬育種中的意義
    4 全基因組關聯(lián)分析簡介
        4.1 全基因組關聯(lián)分析概述
        4.2 GWAS 的深度分析策略
    5 高通量基因表達譜（gene expression profile）
        5.1 數(shù)字基因表達譜概述
        5.2 高通量數(shù)字基因表達譜原理
    6 數(shù)量性狀轉(zhuǎn)錄本（quantitative trait transcript，QTT）定位
    7 脂肪沉積性狀在 X 染色體上 QTL 定位進展
    8 X 染色體上脂肪沉積候選基因 IRS4 的研究進展
        8.1 IRS4 基因介紹
        8.2 候選基因 IRS4 的研究進展
    9 本研究的目的和意義
第二章 研究正文
    第一部分：豬脂肪沉積性狀的全基因組關聯(lián)分析研究
        1 前言
        2 實驗材料與方法
            2.1 實驗動物
            2.2 樣本采集與表型測定
            2.3 DNA 樣本制備
            2.4 RNA 樣品提取
            2.5 全基因組 60K SNP 芯片分型及質(zhì)控
            2.6 GWAS 分析
            2.7 QTT 分析
        3 實驗結(jié)果
            3.1 各實驗群體表型值簡單統(tǒng)計
            3.2 GWAS 分析結(jié)果
                3.2.1 腹脂重 GWAS 結(jié)果
                3.2.2 胸部膘厚 GWAS 分析結(jié)果
                3.2.3 QTT 分析結(jié)果
        4 分析與討論
            4.1 位置候選基因的分析
            4.2 GWAS 與 QTT 定位結(jié)果的比較
            4.3 同一性狀在不同群體信號異同
    第二部分：豬脂肪沉積性狀候選基因 IRS4 的相關研究
        1 前言
        2 實驗材料與方法
            2.1 實驗動物
            2.2 樣本采集與表型測定
            2.3 SNPS 的搜尋
            2.4 SNPS 的基因型檢測
            2.5 關聯(lián)分析統(tǒng)計方法
            2.6 生物信息學分析
        3 實驗結(jié)果
            3.1 表型數(shù)據(jù)信息分析
            3.2 多態(tài)位點鑒定
            3.3 多態(tài)位點的基因檢測
                3.3.1 多態(tài)位點基因型判定標準
                3.3.2 多態(tài)位點基因型判定結(jié)果分析
            3.4 關聯(lián)性分析結(jié)果
                3.4.1 SNP 位點關聯(lián)分析結(jié)果
                3.4.2 單倍型關聯(lián)分析結(jié)果
            3.5 生物信息學分析
                3.5.1 IRS4 蛋白質(zhì)的原子組成
                3.5.2 IRS4 蛋白質(zhì)氨基酸組成及其理化性質(zhì)
                3.5.3 二硫鍵、信號肽特殊結(jié)構(gòu)預測
                3.5.4 糖基化和磷酸化位點預測
                3.5.5 蛋白質(zhì)序列空間結(jié)構(gòu)預測
                3.5.6 預測錯義突變對氨基酸序列功能造成的影響
        4 分析與討論
    第三部分：結(jié)論
        1 關于豬脂肪沉積性狀的全基因組關聯(lián)分析
        2 關于候選基因 IRS4 的相關研究
參考文獻
附表一
附表二
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]A new approach to dissecting complex traits by combining quantitative trait transcript （QTT） mapping and diallel cross analysis[J]. YANG DaiGang 1,YE ChengYin 2,MA XiongFeng 1,ZHU ZhiHong 2,ZHOU XiaoJian 1,WANG HaiFeng 1,MENG QingQin 1,PEI XiaoYu 1,YU ShuXun 1 & ZHU Jun 2 1 Cotton Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,State Key Laboratory of Cotton Biology,Anyang 455000,China;2 Department of Agronomy,Zhejiang University,Hangzhou 310058,China.  Chinese Science Bulletin. 2012(21)
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[5]脂肪型和瘦肉型豬肌肉生長和脂肪沉積相關基因的差異表達分析和調(diào)控網(wǎng)絡構(gòu)建[J]. 李明洲,李學偉,朱礪,滕曉坤,肖華勝,帥素容,陳磊,李強,郭玉姣.  自然科學進展. 2008(02)
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博士論文
[1]綿羊肉用性狀全基因組關聯(lián)分析[D]. 張莉.中國農(nóng)業(yè)科學院 2013
[2]基于營養(yǎng)目標的我國肉類供需分析[D]. 司智陟.中國農(nóng)業(yè)科學院 2012



本文編號：3550507