第一章 通城豬顯性白基因座分析及兩頭烏毛色遺傳規(guī)律研究毛色是豬的一種重要的表型性狀。目前,對(duì)豬毛色基因的研究主要集中在西方品種中,并已鑒別出兩個(gè)重要的毛色基因座：顯性白基因座（Inhibition, I）及擴(kuò)展基因座（Extension, E）。其中,豬6號(hào)染色體上的MC1R基因?yàn)閿U(kuò)展基因座的主效基因,該基因控制黑色素細(xì)胞中真黑色素或褐黑色素的合成,因此也被稱作毛色“開(kāi)關(guān)基因”；顯性白基因座由豬8號(hào)染色體上的KIT基因控制。如今,KIT基因上至少發(fā)現(xiàn)了4種不同的拷貝數(shù)變異（DUP1-4）及1種剪切突變。這些突變位點(diǎn)的相互作用,從不同程度上抑制了成黑色素細(xì)胞在胚胎時(shí)期的正常遷移,形成了大白豬及長(zhǎng)白豬的全白毛色、皮特蘭豬的斑點(diǎn)毛色及漢普夏豬的白色肩帶毛色。然而,中國(guó)地方豬毛色類型豐富,但研究相對(duì)較少,其遺傳機(jī)理尚不明確。通城豬作為華中地區(qū)的代表品種,其毛色為典型的兩頭烏特征。本研究通過(guò)構(gòu)建杜洛克豬×通城豬回交群體,及大白豬×通城豬F2群體,進(jìn)行子代毛色分離的種類及數(shù)量統(tǒng)計(jì),分析兩頭烏毛色的一般遺傳規(guī)律。另外,對(duì)通城豬中KIT基因的拷貝數(shù)變異及剪切突變進(jìn)行檢測(cè),并利用其多態(tài)位點(diǎn)在兩個(gè)資源群體... 

【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
縮略詞表(Abbreviation)
摘要
ABSTRACT
第一章 通城豬顯性白基因座分析及兩頭烏毛色遺傳規(guī)律研究
    1 前言
        1.1 研究問(wèn)題的由來(lái)
        1.2 文獻(xiàn)綜述
            1.2.1 黑色素細(xì)胞的早期發(fā)育
            1.2.2 國(guó)外豬品種毛色研究進(jìn)展
            1.2.3 中國(guó)地方豬毛色研究進(jìn)展
        1.3 研究的目的與意義
    2 材料方法
        2.1 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
        2.2 兩個(gè)毛色分離群體的構(gòu)建
            2.2.1 杜洛克豬與通城豬回交群體的構(gòu)建
            2.2.2 大白豬與通城豬F2群體的構(gòu)建
            2.2.3 后代毛色性狀記錄及表型分型
        2.3 DNA及RNA提取
            2.3.1 基因組DNA提取
            2.3.2 通城豬皮膚組織總RNA提取
        2.4 兩頭烏毛色與顯性白基因座關(guān)系分析
            2.4.1 通城豬中KIT基因分子克隆
            2.4.2 通城豬中KIT基因4種拷貝數(shù)變異檢測(cè)
            2.4.3 毛色性狀與KIT基因連鎖分析
    3 結(jié)果
        3.1 兩頭烏毛色是一種多個(gè)基因控制的隱性性狀
        3.2 通城豬在KIT基因上為非顯性白色等位基因
        3.3 顯性白基因座對(duì)兩頭烏毛色具有上位作用
    4 討論
        4.1 關(guān)于本研究的思路
        4.2 中國(guó)地方豬白色毛色遺傳規(guī)律
        4.3 基因互作與毛色類型
第二章 利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)通城豬基因組選擇區(qū)域分析
    1 前言
        1.1 研究問(wèn)題的由來(lái)
        1.2 文獻(xiàn)綜述
            1.2.1 家豬馴化及遷移歷程
            1.2.2 第二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
            1.2.3 第二代測(cè)序在功能基因組研究上的應(yīng)用
            1.2.4 第二代測(cè)序在轉(zhuǎn)錄組上的應(yīng)用
            1.2.5 第二代測(cè)序技術(shù)的其他應(yīng)用
        1.3 研究目的與意義
    2 材料方法
        2.1 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
        2.2 通城豬全基因組重測(cè)序
            2.2.1 通城豬DNA樣品制備
            2.2.2 DNA文庫(kù)的構(gòu)建與測(cè)序
        2.3 測(cè)序數(shù)據(jù)的處理
            2.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量統(tǒng)計(jì)
            2.3.2 豬個(gè)體重測(cè)序數(shù)據(jù)下載
            2.3.3 測(cè)序reads的定位
            2.3.4 比對(duì)文件的下游處理
            2.3.5 通城豬與中國(guó)野豬SNP數(shù)據(jù)獲取及分析
        2.4 選擇區(qū)域分析
            2.4.1 移動(dòng)窗口的大小確定
            2.4.2 選擇區(qū)域分析
        2.5 個(gè)體測(cè)序數(shù)據(jù)分析
            2.5.1 利用個(gè)體重測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
            2.5.2 利用個(gè)體重測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行單倍型一致性分析
            2.5.3 利用個(gè)體重測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)特定區(qū)域進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行構(gòu)建
            2.5.4 中國(guó)地方豬SNP芯片數(shù)據(jù)的處理及分析
        2.6 MITF基因不同轉(zhuǎn)錄本在皮膚組織中的表達(dá)量
            2.6.1 黑色皮膚組織樣品的采集及總RNA提取
            2.6.2 定量引物設(shè)計(jì)及定量PCR檢測(cè)
    3 結(jié)果
        3.1 通城豬全基因組測(cè)序分析結(jié)果
            3.1.1 通城豬DNA質(zhì)量與濃度
            3.1.2 通城豬全基因組測(cè)序reads質(zhì)量統(tǒng)計(jì)
            3.1.3 比對(duì)文件校正后的質(zhì)量檢驗(yàn)及統(tǒng)計(jì)
        3.2 通城豬與其他品種間進(jìn)化關(guān)系
        3.3 通城豬基因組重測(cè)序SNP功能分析
            3.3.1 通城豬重測(cè)序數(shù)據(jù)驗(yàn)證
            3.3.2 通城豬中候選終止突變
            3.3.3 通城豬與中國(guó)野豬分化位點(diǎn)
        3.4 通城豬全基因組選擇區(qū)域
            3.4.1 移動(dòng)窗口大小的確定
            3.4.2 通城豬中常染色體上選擇區(qū)域
            3.4.3 通城豬中X染色體上選擇區(qū)域
            3.4.4 通城豬選擇區(qū)域內(nèi)基因注釋及功能聚類
        3.5 MITF及EDNRB基因?qū)χ袊?guó)地方豬毛色的影響
            3.5.1 通城豬中兩個(gè)與毛色相關(guān)選擇區(qū)域
            3.5.2 MITF及EDNRB基因在中國(guó)不同花豬品種中選擇信號(hào)
            3.5.3 MITF區(qū)域內(nèi)候選突變的初步篩選
        3.6 通城豬4個(gè)繁殖相關(guān)選擇區(qū)域
            3.6.1 通城豬ESR1選擇位點(diǎn)
            3.6.2 通城豬中3個(gè)與繁殖相關(guān)的選擇位點(diǎn)
            3.6.3 3個(gè)繁殖相關(guān)位點(diǎn)相似性及進(jìn)化分析
    4 討論
        4.1 中西方家豬連鎖不平衡片段長(zhǎng)度與分析策略
        4.2 EDNRB與MITF基因?qū)χ袊?guó)地方豬毛色的影響
        4.3 中國(guó)地方豬中選擇區(qū)域與繁殖性狀分析
        4.4 通城豬選擇位點(diǎn)中脂肪沉積相關(guān)基因
全文小結(jié)
    1.1 本研究的主要結(jié)果與討論
    1.2 本研究的創(chuàng)新點(diǎn)與特色
    1.3 本研究不足之處與進(jìn)一步工作的建議
研究生期間發(fā)表論文題錄
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]通城豬抗豬高致病性藍(lán)耳病遺傳基礎(chǔ)研究[J]. 周平,張慶德,劉榜.  豬業(yè)科學(xué). 2012(03)
[2]通城豬肉質(zhì)性狀分析[J]. 邱海芳,劉榜,董心潔,張慶德.  華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2008(03)
[3]通城豬的生長(zhǎng)、胴體及肉質(zhì)性狀相關(guān)分析[J]. 徐三平,唐中林,杜亞球,劉榜,徐圣海,樊斌,李奎.  中國(guó)畜牧雜志. 2006(03)
[4]白色基因座（I）在中國(guó)地方豬種毛色遺傳中的作用研究[J]. 師科榮,王愛(ài)國(guó),李寧,鄧學(xué)梅.  遺傳學(xué)報(bào). 2005(03)
[5]通城豬及其雜種豬若干免疫性狀的研究[J]. 劉榜,張慶德,唐中林,郭艷平,馬云鶴,余梅,樊斌,朱猛進(jìn),彭中鎮(zhèn),李奎.  華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2003(05)



本文編號(hào)：3520892