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基于WGCNA方法篩選內蒙古絨山羊不同毛被類型相關基因及其分子機制的研究

發(fā)布時間:2021-10-27 03:02
  內蒙古絨山羊是我國優(yōu)良地方品種,所產(chǎn)山羊絨是毛紡織業(yè)中優(yōu)質的天然纖維紡織原料,素有“纖維寶石”、“軟黃金”等美譽。課題組前期對內蒙古絨山羊(阿爾巴斯型)生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)進行分析,根據(jù)粗毛長度(毛長)將內蒙古絨山羊劃分為長毛型(毛長>22 cm)、短毛型(毛長≤13 cm)和中間型(13 cm<毛長≤22 cm)這三種毛被類型,并發(fā)現(xiàn)毛長對絨毛其他重要經(jīng)濟性狀的間接選擇具有一定參考價值,選擇長毛型個體能夠提高產(chǎn)絨量,增加羊絨長度,降低羊絨細度。本研究在課題組前期研究基礎上,對12個月內蒙古絨山羊長毛型和短毛型個體共72份皮膚組織轉錄組測序數(shù)據(jù)進行加權基因共表達網(wǎng)絡分析(WGCNA),探尋與不同毛被類型相關的共表達模塊,挖掘候選基因,并對關鍵候選基因的相對表達量進行檢測,對蛋白表達進行定位。研究得到以下主要結論:1、對72份轉錄組數(shù)據(jù)進行WGCNA分析,將基因劃分為19個共表達模塊,其中發(fā)現(xiàn)Magenta模塊與毛被類型有較強的相關性。該模塊共有128個基因,包括49個角蛋白相關基因及多個與脂肪代謝相關的基因。GO功能主要富集在細胞組分中,包括中間絲、中間纖維細胞骨架、細胞骨架和角蛋... 

【文章來源】:內蒙古農(nóng)業(yè)大學內蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】:81 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

基于WGCNA方法篩選內蒙古絨山羊不同毛被類型相關基因及其分子機制的研究


圖3內蒙古絨山羊不同毛長分布圖??

山羊,產(chǎn)絨量,毛被


?內蒙古農(nóng)業(yè)大學碩士學位論文?7_??圖4長毛型和短毛型絨山羊??Fig.4?Long?and?short?hair?type?cashmere?goats[19J??注:左側為長毛型絨山羊,右側為短毛型絨山羊。??李學武(2019)?[23,28,29]等進一步研究毛被類型的遺傳規(guī)律,發(fā)現(xiàn)內蒙古絨山羊??長毛型個體的毛長性狀具有較高的表型遺傳多樣性,其中長毛型、中間型和短毛型??毛長的遺傳力分別為0.22、0.16和0.11。并發(fā)現(xiàn)在三種毛被類型中,不同毛被類型??對其他重要經(jīng)濟性狀均有顯著性影響(表1),遺傳評估發(fā)現(xiàn)各性狀遺傳力和遺傳相??關也隨毛長的增加而增加。其中長毛型的毛和絨最細,絨也最長,產(chǎn)絨量的表型值??最高,毛長性狀遺傳力最高,且遺傳進展最快,遺傳相關也最大。說明選擇長毛型??個體能夠提高產(chǎn)絨量,增加羊絨長度,降低羊絨細度。因此通過毛長能對產(chǎn)絨量和??絨細等其他絨毛品質性狀進行間接選擇,可提高選育效率,并加速遺傳進展。??表1不同毛被類型對其他重要經(jīng)濟性狀的方差分析??Table.?1?Variance?analysis?of?important?economic?traits?at?different?types?of?staple?Iength[231??^?性狀?短毛型?中間型?長毛型?—??產(chǎn)絨量?864.11±191.01A?843.34±193.57c?845.55±205.81B ̄??毛細?67.60±6.91A?65.65±7.64B?62.62±6.33c??毛長?9.99±1.89c?17.61±2.44B?24.10±1.84A??絨細?

技術路線圖,毛被,基因,蛋白


的FPKM值|亞?|測序個體表型??\???I??I??加權基因共表達網(wǎng)絡分析(WGCNA)??篩選共表達模塊??,?1?,??基因表達模式分析j?|?GO富集分析1?[KEGG通路分析1?[基因共表達網(wǎng)絡1?[蛋白互作網(wǎng)絡??fS(??篩選與不同毛被類型相關的候選基因??,?1?,??候選基因相對表達量驗證?免疫組化技術??(qRT-PCR)?定位候選基因蛋白表達位點??V?^?^???J??解析內蒙古絨山羊不同毛被類型相關基因及其分子機制??圖5技術路線圖??Fig.?5?The?technology?roadmap??

【參考文獻】:
期刊論文
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[5]蘇博美利奴羊毛囊發(fā)育相關lncRNA與mRNA共表達網(wǎng)絡的構建[J]. 陳華峰,田可川,黃錫霞,阿布來提·蘇來曼,何軍敏,田月珍,徐新明,付雪峰,趙冰茹,朱樺,哈尼克孜·吐拉甫.  中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(19)
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博士論文
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[4]通過權重基因共表達網(wǎng)絡鑒定與膀胱癌病理特征及臨床預后相關的分子標志物[D]. 舒博.武漢大學 2018
[5]成纖維細胞生長因子20對毛囊生長、周期轉換及再生作用機制的研究[D]. 徐學剛.中國醫(yī)科大學 2018
[6]多組學研究揭示山羊高海拔適應性及產(chǎn)絨性狀分子機制[D]. 宋伸.中國農(nóng)業(yè)大學 2017
[7]內蒙古絨山羊胎兒期毛囊發(fā)生發(fā)育相關基因的篩選與鑒定[D]. 王樂樂.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2016
[8]內蒙古絨山羊絨毛品質性狀早期選擇原理與方法的研究[D]. 王志英.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2016
[9]新吉細毛羊和小尾寒羊的毛品質性狀及皮膚轉錄組學研究[D]. 孫福亮.延邊大學 2016
[10]基于轉錄組學灘羊卷曲被毛形成的分子機制研究[D]. 康曉龍.中國農(nóng)業(yè)大學 2013

碩士論文
[1]褪黑激素對內蒙古絨山羊毛囊生長周期及Wnt10b、β-catenin基因表達的影響[D]. 穆卿.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2018
[2]長毛兔候選基因5’調控區(qū)多態(tài)性及其與產(chǎn)毛性狀的關聯(lián)分析[D]. 張露.山東農(nóng)業(yè)大學 2018
[3]基于RNA-seq分析褪黑素對內蒙古絨山羊毛囊發(fā)育相關基因表達的影響[D]. 王巖.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2017
[4]KRT2基因在不同毛色羊駝皮膚中的表達及其對黑色素生成影響的研究[D]. 崔玉琮.山西農(nóng)業(yè)大學 2017
[5]阿勒泰羊毛絨品質性狀及KRT36基因遺傳效應分析[D]. 張敏.新疆農(nóng)業(yè)大學 2016
[6]陸川豬皮膚組織轉錄組測序及毛色決定分子機制初步分析[D]. 許鐘峯.廣西大學 2016
[7]中國美利奴羊(新疆型)KRT85、Notch2和ADAM9基因對毛性狀的遺傳效應研究[D]. 迪麗娜熱·阿布都熱合曼.新疆農(nóng)業(yè)大學 2016
[8]內蒙古絨山羊不同毛被類型遺傳規(guī)律及其對重要經(jīng)濟性狀影響的研究[D]. 娜清.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2016
[9]利用CRISPR-Cas9技術構建FGF21基因敲除小鼠及其對毛發(fā)生長的作用研究[D]. 張平.內蒙古大學 2016
[10]Wnt5a和FGF4基因對鵝毛囊及羽毛發(fā)育影響的研究[D]. 李瑤.吉林農(nóng)業(yè)大學 2014



本文編號:3460737

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