豬不同泌乳期乳汁Exosome中microRNA轉(zhuǎn)錄組的鑒定和表達(dá)譜分析
發(fā)布時(shí)間:2021-09-19 11:12
乳汁是哺乳動(dòng)物新生兒最重要的營(yíng)養(yǎng)和被動(dòng)免疫來(lái)源,富含多種免疫成分,能夠滿(mǎn)足嬰幼兒大腦發(fā)育、生長(zhǎng)以及健康免疫系統(tǒng)的各種需求。動(dòng)物體液中的microRNA (miRNA)通常被選擇性地包裹在exosome中。Exosome是由很多種類(lèi)的細(xì)胞所分泌的一種帶膜囊泡,這些exosome中的miRNAs能夠被主動(dòng)地定向輸送到受體細(xì)胞,并調(diào)節(jié)靶基因的表達(dá)和受體細(xì)胞的功能。本研究中,利用原子力顯微鏡(Atomic force microscope, AFM)證實(shí)豬乳汁中大量存在exosome的基礎(chǔ)上,構(gòu)建了約克夏豬整個(gè)泌乳期內(nèi)(從初生到28日齡)6個(gè)不同泌乳階段(出生后0、3、7、14、21和28d)乳汁exosome small RNA文庫(kù),以出生后0d和3d的乳汁作為初乳,其他日齡的乳汁作為常乳進(jìn)行對(duì)比性分析,用高通量測(cè)序的方法分析和注解了初乳(0d和3d)和常乳(7、14、21和28d)exosome中的miRNA表達(dá)譜,篩選與免疫密切相關(guān)的miRNA,分析其在不同環(huán)境下的耐受(穩(wěn)定)性;對(duì)免疫相關(guān)的miRNA在僅初乳和僅常乳喂養(yǎng)的仔豬體內(nèi)的差異表達(dá)進(jìn)行研究,通過(guò)仔豬活體模型研究以評(píng)估其在仔豬生...
【文章來(lái)源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:133 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 Exosome與細(xì)胞外小泡體(EVs)
1.1 EVs的研究進(jìn)展
1.2 人類(lèi)體液中的EVs
1.3 EVs的形成和分泌
1.4 EVs的分離與鑒定
1.5 細(xì)胞釋放的小泡體的分類(lèi)與特性
1.6 EVs的功能
1.7 人類(lèi)醫(yī)學(xué)中EVs的應(yīng)用
1.8 關(guān)于EVs研究存在的問(wèn)題及未來(lái)發(fā)展方向
2 miRNA與免疫調(diào)控
2.1 miRNA概況
2.2 細(xì)胞外miRNA的發(fā)現(xiàn)
2.3 細(xì)胞外miRNA的存在形式
2.4 細(xì)胞釋放miRNA的選擇性
2.5 細(xì)胞外miRNA的生物學(xué)功能
2.6 乳汁中的miRNA與免疫調(diào)節(jié)
3 本研究的目的及意義
第二章 材料與方法
1 實(shí)驗(yàn)豬只和乳汁收集
1.1 實(shí)驗(yàn)豬只的選擇
1.2 乳汁采樣時(shí)間的確定
1.3 乳汁的收集
2 乳汁exosome的AFM檢測(cè)
2.1 乳汁exosome的制備
2.2 乳汁exosome的AFM檢測(cè)
3 乳汁exosome中RNA的抽提和分析
3.1 乳汁exosome中RNA的抽提
3.2 乳汁exosome中RNA的質(zhì)量分析
4 Small RNA測(cè)序及其功能與表達(dá)譜分析
4.1 乳汁樣品的分組和small RNA文庫(kù)的構(gòu)建
4.2 Small RNA測(cè)序
4.3 測(cè)序數(shù)據(jù)處理
4.4 miRNA的預(yù)測(cè)和挖掘
4.5 miRNA的表達(dá)特性和表達(dá)譜分析
5 各泌乳階段特異性高豐度miRNAs表達(dá)水平的q-PCR定量檢測(cè)
5.1 q-PCR的檢測(cè)方法
5.2 miRNA的表達(dá)水平分析
5.3 高豐度miRNAs在不同泌乳期乳汁中的表達(dá)量差異分析
6 豬乳汁exosome中miRNAs的穩(wěn)定性分析
6.1 極端環(huán)境條件處理
6.2 miRNA表達(dá)水平的q-PCR定量檢測(cè)
6.3 統(tǒng)計(jì)分析和顯著性檢驗(yàn)
7 飼喂初乳和常乳對(duì)仔豬的影響
7.1 實(shí)驗(yàn)仔豬的選擇
7.2 飼養(yǎng)實(shí)驗(yàn)
7.3 血液代謝指標(biāo)和miRNA表達(dá)量分析
7.4 統(tǒng)計(jì)分析和顯著性檢驗(yàn)
第三章 結(jié)果與分析
1 豬乳汁中exosome的分離和檢測(cè)
1.1 乳汁exosome的制備
1.2 乳汁exosome的AFM檢測(cè)
1.3 乳汁exosome的形態(tài)測(cè)定
2 豬乳汁exosome中RNA的抽提和分析
2.1 豬乳汁exosome中RNA的抽提
2.2 豬乳汁exosome中的RNA分析
3 豬乳汁exosome中miRNAs的分析鑒定
3.1 豬乳汁exosome中small RNA文庫(kù)的構(gòu)建
3.2 豬乳汁exosome中small RNA測(cè)序原始讀數(shù)讀取
3.3 豬乳汁exosome small RNA文庫(kù)的可定位讀數(shù)的獲取
3.4 豬乳汁exosome中miRNA的鑒定和預(yù)測(cè)
3.5 豬乳汁exosome中miRNA的同源性分析
3.6 豬乳汁exosome中泌乳相關(guān)miRNA的表達(dá)譜和功能分析
4 Exosome中免疫相關(guān)miRNA在初乳和常乳間的表達(dá)差異
5 乳汁exosome來(lái)源miRNAs的抗降解能力和穩(wěn)定性分析
6 免疫相關(guān)miRNAs在僅喂初乳和僅喂常乳仔豬血液中的表達(dá)差異
6.1 飼喂初乳對(duì)仔豬血液代謝指標(biāo)的影響
6.2 飼喂初乳對(duì)仔豬血液中免疫相關(guān)miRNAs表達(dá)量的影響
第四章 討論
1 關(guān)于豬乳汁exosome
2 關(guān)于miRNA和豬乳汁exosome miRNAs
3 相對(duì)基因芯片和q-PCR技術(shù),高通量測(cè)序技術(shù)在mi RNAs挖掘研究中的前景與局限性
4 關(guān)于exosome miRNA直接通過(guò)乳汁經(jīng)消化道由母體傳遞給仔豬
5 豬具有作為理想動(dòng)物模型的優(yōu)勢(shì)
6 關(guān)于miR-148a功能的相關(guān)研究
7 乳汁中miRNA的篩選及其功能研究
第五章 結(jié)論
論文創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
本文編號(hào):3401508
【文章來(lái)源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:133 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 Exosome與細(xì)胞外小泡體(EVs)
1.1 EVs的研究進(jìn)展
1.2 人類(lèi)體液中的EVs
1.3 EVs的形成和分泌
1.4 EVs的分離與鑒定
1.5 細(xì)胞釋放的小泡體的分類(lèi)與特性
1.6 EVs的功能
1.7 人類(lèi)醫(yī)學(xué)中EVs的應(yīng)用
1.8 關(guān)于EVs研究存在的問(wèn)題及未來(lái)發(fā)展方向
2 miRNA與免疫調(diào)控
2.1 miRNA概況
2.2 細(xì)胞外miRNA的發(fā)現(xiàn)
2.3 細(xì)胞外miRNA的存在形式
2.4 細(xì)胞釋放miRNA的選擇性
2.5 細(xì)胞外miRNA的生物學(xué)功能
2.6 乳汁中的miRNA與免疫調(diào)節(jié)
3 本研究的目的及意義
第二章 材料與方法
1 實(shí)驗(yàn)豬只和乳汁收集
1.1 實(shí)驗(yàn)豬只的選擇
1.2 乳汁采樣時(shí)間的確定
1.3 乳汁的收集
2 乳汁exosome的AFM檢測(cè)
2.1 乳汁exosome的制備
2.2 乳汁exosome的AFM檢測(cè)
3 乳汁exosome中RNA的抽提和分析
3.1 乳汁exosome中RNA的抽提
3.2 乳汁exosome中RNA的質(zhì)量分析
4 Small RNA測(cè)序及其功能與表達(dá)譜分析
4.1 乳汁樣品的分組和small RNA文庫(kù)的構(gòu)建
4.2 Small RNA測(cè)序
4.3 測(cè)序數(shù)據(jù)處理
4.4 miRNA的預(yù)測(cè)和挖掘
4.5 miRNA的表達(dá)特性和表達(dá)譜分析
5 各泌乳階段特異性高豐度miRNAs表達(dá)水平的q-PCR定量檢測(cè)
5.1 q-PCR的檢測(cè)方法
5.2 miRNA的表達(dá)水平分析
5.3 高豐度miRNAs在不同泌乳期乳汁中的表達(dá)量差異分析
6 豬乳汁exosome中miRNAs的穩(wěn)定性分析
6.1 極端環(huán)境條件處理
6.2 miRNA表達(dá)水平的q-PCR定量檢測(cè)
6.3 統(tǒng)計(jì)分析和顯著性檢驗(yàn)
7 飼喂初乳和常乳對(duì)仔豬的影響
7.1 實(shí)驗(yàn)仔豬的選擇
7.2 飼養(yǎng)實(shí)驗(yàn)
7.3 血液代謝指標(biāo)和miRNA表達(dá)量分析
7.4 統(tǒng)計(jì)分析和顯著性檢驗(yàn)
第三章 結(jié)果與分析
1 豬乳汁中exosome的分離和檢測(cè)
1.1 乳汁exosome的制備
1.2 乳汁exosome的AFM檢測(cè)
1.3 乳汁exosome的形態(tài)測(cè)定
2 豬乳汁exosome中RNA的抽提和分析
2.1 豬乳汁exosome中RNA的抽提
2.2 豬乳汁exosome中的RNA分析
3 豬乳汁exosome中miRNAs的分析鑒定
3.1 豬乳汁exosome中small RNA文庫(kù)的構(gòu)建
3.2 豬乳汁exosome中small RNA測(cè)序原始讀數(shù)讀取
3.3 豬乳汁exosome small RNA文庫(kù)的可定位讀數(shù)的獲取
3.4 豬乳汁exosome中miRNA的鑒定和預(yù)測(cè)
3.5 豬乳汁exosome中miRNA的同源性分析
3.6 豬乳汁exosome中泌乳相關(guān)miRNA的表達(dá)譜和功能分析
4 Exosome中免疫相關(guān)miRNA在初乳和常乳間的表達(dá)差異
5 乳汁exosome來(lái)源miRNAs的抗降解能力和穩(wěn)定性分析
6 免疫相關(guān)miRNAs在僅喂初乳和僅喂常乳仔豬血液中的表達(dá)差異
6.1 飼喂初乳對(duì)仔豬血液代謝指標(biāo)的影響
6.2 飼喂初乳對(duì)仔豬血液中免疫相關(guān)miRNAs表達(dá)量的影響
第四章 討論
1 關(guān)于豬乳汁exosome
2 關(guān)于miRNA和豬乳汁exosome miRNAs
3 相對(duì)基因芯片和q-PCR技術(shù),高通量測(cè)序技術(shù)在mi RNAs挖掘研究中的前景與局限性
4 關(guān)于exosome miRNA直接通過(guò)乳汁經(jīng)消化道由母體傳遞給仔豬
5 豬具有作為理想動(dòng)物模型的優(yōu)勢(shì)
6 關(guān)于miR-148a功能的相關(guān)研究
7 乳汁中miRNA的篩選及其功能研究
第五章 結(jié)論
論文創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
本文編號(hào):3401508
本文鏈接:http://www.sikaile.net/yixuelunwen/dongwuyixue/3401508.html
最近更新
教材專(zhuān)著