新城疫（Newcastle disease,ND）是由新城疫病毒（NDV）引起的一種烈性病毒性傳染病,是當(dāng)今全球范圍內(nèi)最嚴(yán)重的家禽傳染病之一,被國(guó)際獸疫局列為必須報(bào)告的疾病,其強(qiáng)毒可引起全身性出血和胃腸道病變,引起家禽的大量死亡,是嚴(yán)重危害養(yǎng)禽業(yè)的烈性傳染病。盡管已有多種新城疫病毒疫苗問(wèn)世,但世界動(dòng)物衛(wèi)生組織（OIE）最新數(shù)據(jù)顯示新城疫病毒在全球的流行并無(wú)減緩趨勢(shì),隨著Class I新城疫病毒的出現(xiàn),新城疫病毒防控面臨著新的挑戰(zhàn)。因此,認(rèn)識(shí)新城疫病毒的復(fù)制機(jī)制以及新城疫病毒與宿主的相互作用對(duì)于新城疫的防控十分重要,研究新城疫病毒與宿主細(xì)胞互作有利于發(fā)現(xiàn)新的抗病毒靶點(diǎn)。在本研究中,我們用新城疫參考強(qiáng)毒Herts/33和弱毒LaSota分別感染了原代雞胚成纖維細(xì)胞,經(jīng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),感染新城疫參考強(qiáng)毒Herts/33后獲得1ncRNA992條,感染新城疫參考弱毒LaSota后獲得1ncRNA572條,其中404條是感染新城疫參考強(qiáng)毒Herts/33和參考弱毒LaSota共有的;,感染新城疫參考強(qiáng)毒Herts/33后獲得mRNA7603條,感染新城疫參考弱毒LaSota后獲得... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】：56 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一部分 引言
    1.1 利用測(cè)序技術(shù)分析病毒-宿主相互作用
        1.1.1 一代、二代和三代測(cè)序技術(shù)原理與比較
        1.1.2 利用轉(zhuǎn)錄組分析病毒-宿主相互作用
    1.2 非編碼RNA與病毒感染
        1.2.1 非編碼RNA
        1.2.2 長(zhǎng)鏈非編碼RNA與病毒感染
        1.2.3 雞的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)和研究
    1.3 新城疫病毒
    1.4 研究目的和意義
第二部分 NDV感染雞胚成纖維細(xì)胞的mRNAs分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 原代雞胚成纖維細(xì)胞和病毒制備
        2.1.2 病毒感染
        2.1.3 RNA提取
        2.1.4 RNA測(cè)序
        2.1.5 生物信息學(xué)分析
        2.1.6 編碼潛能分析
        2.1.7 表達(dá)分析
        2.1.8 GO富集分析和KEGG pathway分析
        2.1.9 ISGs分析
        2.1.10 熒光定量PCR對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的驗(yàn)證
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 新城疫病毒感染CEFs編碼轉(zhuǎn)錄本的鑒定
        2.2.2 新城疫病毒感染引起的轉(zhuǎn)錄本變化
        2.2.3 差異表達(dá)基因的功能分析
        2.2.4 對(duì)感染NDV后CEFs細(xì)胞的ISG分析
        2.2.5 熒光定量PCR對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的驗(yàn)證
    2.3 討論
第三部分 NDV感染雞胚成纖維細(xì)胞的lncRNAs分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 樣品制備與測(cè)序
        3.1.2 lncRNA篩選
        3.1.3 lncRNA定量分析
        3.1.4 用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)lncRNA數(shù)據(jù)的驗(yàn)證
        3.1.5 與病毒復(fù)制有關(guān)的lncRNA的篩選
        3.1.6 針對(duì)lncRNA LNC_000710 RNAi靶點(diǎn)的篩選
        3.1.7 lncRNA LNC_000710與病毒復(fù)制的關(guān)系
        3.1.8 lncRNA LNC_000710在不同感染劑量后的表達(dá)
        3.1.9 獲得lncRNALNC_000710的全長(zhǎng)
        3.1.10 lncRNA LNC_000710的亞細(xì)胞定位
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 新城疫病毒感染CEFs lncRNA的鑒定
        3.2.2 實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)lncRNA測(cè)序數(shù)據(jù)的驗(yàn)證
        3.2.3 篩選與病毒復(fù)制有關(guān)的lncRNA
        3.2.4 針對(duì)lncRNA LNC_000710 RNAi靶點(diǎn)的篩選
        3.2.5 lncRNA LNC_000710與病毒復(fù)制的關(guān)系
        3.2.6 lncRNA LNC_000710在不同感染劑量后的表達(dá)
        3.2.7 lncRNA LNC_000710 RACE結(jié)果
        3.2.8 lncRNA LNC_000710的亞細(xì)胞定位
    3.3 討論
全文總結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝
博士后期間發(fā)表文章及基金資助


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]我國(guó)當(dāng)前新城疫流行概況及防控對(duì)策[J]. 張明富,郎應(yīng)仁.  河南農(nóng)業(yè). 2016(28)
[2]DNA測(cè)序技術(shù)的發(fā)展歷史與最新進(jìn)展[J]. 解增言,林俊華,譚軍,舒坤賢.  生物技術(shù)通報(bào). 2010(08)
[3]全胚連續(xù)消化制備雞胚成纖維細(xì)胞技術(shù)研究[J]. 吳長(zhǎng)新,甘軍紀(jì),劉秀梵,詹愛(ài)軍.  生命科學(xué)研究. 1998(04)



本文編號(hào)：3396474