蘇尼特羊不同時期肌肉組織IncRNA的鑒定及功能預測
發(fā)布時間：2021-08-08 18:06
本研究利用RNA-Seq技術,對蘇尼特羊120天胎兒和5月齡羔羊的骨骼肌組織進行了比較分析,篩選出差異表達lncRNA及其靶基因,并對預測的靶基因進行了GO和KEGG分析,同時對隨機篩選的差異表達lncRNA進行了 qRT-PCR驗證。通過對蘇尼特羊骨骼肌相關lncRNA的研究,為進一步了解肌肉生長發(fā)育的遺傳調控機制提供重要的理論基礎,也為綿羊分子輔助育種提供新的途徑。主要研究結果如下:（1）對比分析lncRNA與mRNA,發(fā)現(xiàn)與mRNA相比,lncRNA長度區(qū)間在200bp-3000bp的lncRNA數(shù)占lncRNA總數(shù)的80.0%。包含兩個和三個外顯子的lncRNA數(shù)占所有l(wèi)ncRNA的87.3%（971個）。mRNA的ORF長度明顯大于lncRNA,對比lncRNA和mRNA的表達量,發(fā)現(xiàn)lncRNA的整體表達量明顯低于mRNA（P<0.05）。（2）共發(fā)現(xiàn)了 1112個lncRNA,其中包括586個已知lncRNA和526個新lncRNA,其中肌肉不同發(fā)育時期差異表達的lncRNA數(shù)為626個,共靶向1273個mRNA編碼基因。（3）通過對lncRNA在不同樣本中的FPK...
【文章來源】：內蒙古農(nóng)業(yè)大學內蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】：49 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖１實驗研究技術路線??Ｆｉｇ．?１?Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ?ｒｅｓｅａｒｃｈ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ??
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【參考文獻】：
期刊論文
[1]F17大腸桿菌在湖羊羔羊個體脾臟中LncRNA表達譜變化[J]. 黃賽男,金澄艷,鮑建軍,王悅,陳煒昊,吳天弋,王利宏,呂曉陽,高雯,王步忠,朱國強,戴國俊,孫偉. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(07)
[2]蘇博美利奴羊毛囊發(fā)育不同時期皮膚組織LncRNAs及其靶基因的差異表達[J]. 朱樺,黃錫霞,田可川,何軍敏,付雪峰,趙冰茹,徐新明,田月珍,阿布來提·蘇來曼,陳華峰. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2018(12)
[3]腺苷酸活化蛋白激酶與膿毒癥心功能不全的研究進展[J]. 李亞敏,喬建峰,張雯瑄,彭振宇. 中南大學學報(醫(yī)學版). 2018(12)
博士論文
[1]Lnc-SEMT促進綿羊肌肉分化生成的功能研究[D]. 吳明明.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]利用條件性敲除小鼠模型對mTOR在肌肉和脂肪發(fā)育中的功能研究[D]. 張朋朋.華中農(nóng)業(yè)大學 2015
碩士論文
[1]綿羊骨骼肌lncRNA的表達分析及l(fā)ncRNA-MRLN蛋白編碼能力的分析[D]. 劉芝瑾.石河子大學 2019
[2]蘇尼特羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因與多胎性狀關聯(lián)性分析及BMP15基因突變檢測[D]. 楊艷影.內蒙古大學 2017
[3]綿羊GV期和MⅡ期卵母細胞差異mRNA和lncRNA的篩選[D]. 牛夢涵.安徽農(nóng)業(yè)大學 2017
[4]肉用綿羊IncRNA特征分析及細胞水平功能驗證[D]. 劉瑞鑿.中國農(nóng)業(yè)科學院 2015
[5]鴨MyoD1和Myf5基因CDS區(qū)克隆及其在肌肉組織中發(fā)育差異性表達研究[D]. 魏園丁.四川農(nóng)業(yè)大學 2009
[6]骨骼肌在興奮收縮偶聯(lián)過程中超微結構形態(tài)變化實時研究[D]. 李霆.第二軍醫(yī)大學 2004
本文編號：3330426
【文章來源】：內蒙古農(nóng)業(yè)大學內蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】：49 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
圖１實驗研究技術路線??Ｆｉｇ．?１?Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ?ｒｅｓｅａｒｃｈ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ??
?０．４??Ｔｏｔａｌ?２０．０??ＰＣＲ反應程序：９５°Ｃ反應３ｍｉｎ?；?９５°Ｃ反應５ｓ，；?６０°Ｃ反應３０ｓ，共４０個循環(huán)，??９５°Ｃ反應１５ｍｉｎ，放于４°Ｃ保存。羔羊ＩｎｃＲＮＡ的相對表達量用２３＆ｅｔ法計算，并和??轉錄組測序結果進行比對驗證。??３．?３結累與分析??３．?３．?１肌肉組織總ＲＮＡ提取檢測結果??利用ＮａｎｏＤｒｏｐ２０００紫外分光光度計檢測肌肉組織樣本的總ＲＮＡ，ＯＤ２６０／２８０??值均在１．８－２．０之間，用１％瓊脂糖凝膠電泳檢測，如圖２所示，２８ｓ、ＩＳｓ條帶清晰完??整性良好，證明無蛋白和有機試劑污染，可以進行后續(xù)實驗。???多?２８ｓ??Ｋ￣＞?１８ｓ??ｓｓ??圖２肌肉組織總ＲＮＡ瓊脂糖凝膠電泳檢測結果??Ｆｉｇｕｒｅ．２?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｉｎ?ｍｕｓｃｌｅ?ｔｉｓｓｕｅ??３．３．２測序質量和序列比對??過濾分析測序得到的原始數(shù)據(jù)（Ｒａｗｒｅａｄｓ）如表５所示。兩組樣本的總ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ的??
圖３候選ＩｎｃＲＮＡ篩選結果圖??Ｆｉｇｕｒｅ．３?Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ｃａｎｄｉｄａｔｅ?ＩｎｃＲＮＡ??
【參考文獻】：
期刊論文
[1]F17大腸桿菌在湖羊羔羊個體脾臟中LncRNA表達譜變化[J]. 黃賽男,金澄艷,鮑建軍,王悅,陳煒昊,吳天弋,王利宏,呂曉陽,高雯,王步忠,朱國強,戴國俊,孫偉. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2019(07)
[2]蘇博美利奴羊毛囊發(fā)育不同時期皮膚組織LncRNAs及其靶基因的差異表達[J]. 朱樺,黃錫霞,田可川,何軍敏,付雪峰,趙冰茹,徐新明,田月珍,阿布來提·蘇來曼,陳華峰. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2018(12)
[3]腺苷酸活化蛋白激酶與膿毒癥心功能不全的研究進展[J]. 李亞敏,喬建峰,張雯瑄,彭振宇. 中南大學學報(醫(yī)學版). 2018(12)
博士論文
[1]Lnc-SEMT促進綿羊肌肉分化生成的功能研究[D]. 吳明明.中國農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]利用條件性敲除小鼠模型對mTOR在肌肉和脂肪發(fā)育中的功能研究[D]. 張朋朋.華中農(nóng)業(yè)大學 2015
碩士論文
[1]綿羊骨骼肌lncRNA的表達分析及l(fā)ncRNA-MRLN蛋白編碼能力的分析[D]. 劉芝瑾.石河子大學 2019
[2]蘇尼特羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因與多胎性狀關聯(lián)性分析及BMP15基因突變檢測[D]. 楊艷影.內蒙古大學 2017
[3]綿羊GV期和MⅡ期卵母細胞差異mRNA和lncRNA的篩選[D]. 牛夢涵.安徽農(nóng)業(yè)大學 2017
[4]肉用綿羊IncRNA特征分析及細胞水平功能驗證[D]. 劉瑞鑿.中國農(nóng)業(yè)科學院 2015
[5]鴨MyoD1和Myf5基因CDS區(qū)克隆及其在肌肉組織中發(fā)育差異性表達研究[D]. 魏園丁.四川農(nóng)業(yè)大學 2009
[6]骨骼肌在興奮收縮偶聯(lián)過程中超微結構形態(tài)變化實時研究[D]. 李霆.第二軍醫(yī)大學 2004
本文編號：3330426
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