基因組選擇（genomic selection,GS）是動(dòng)植物遺傳育種的重要方法,該方法通過估計(jì)覆蓋全基因組的分子標(biāo)記效應(yīng)從而獲得個(gè)體的基因組估計(jì)育種值（genomic estimated breeding value,GEBV）,最終實(shí)現(xiàn)對(duì)候選個(gè)體進(jìn)行評(píng)定。同時(shí),對(duì)限行性狀、低遺傳力性狀和難以測(cè)定的性狀,基因組選擇相較于傳統(tǒng)育種技術(shù),其育種值估計(jì)準(zhǔn)確性更高。肉色、脂肪顏色和大理石紋評(píng)分等閾性狀是影響肉牛養(yǎng)殖效益的重要經(jīng)濟(jì)性狀,對(duì)這些性狀進(jìn)行準(zhǔn)確的遺傳評(píng)估是不斷提升群體養(yǎng)殖效益的基礎(chǔ)。評(píng)估模型是影響基因組選擇準(zhǔn)確性的重要因素之一,當(dāng)前多數(shù)遺傳評(píng)估模型的前提假設(shè)是性狀連續(xù)且符合正態(tài)分布。然而針對(duì)離散分布的閾性狀,常規(guī)線性模型的前提假設(shè)無法成立。為了提升閾性狀的育種值估計(jì)準(zhǔn)確性,本研究使用線性模型和閾性狀模型分別對(duì)模擬數(shù)據(jù)和西門塔爾牛離散性狀育種數(shù)據(jù)進(jìn)行遺傳參數(shù)和基因組育種值估計(jì)。隨后,又利用閾性狀模型對(duì)中國(guó)肉用西門塔爾牛群體的肉色、脂肪顏色和大理石花紋評(píng)分3個(gè)性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析。通過上述分析我們發(fā)現(xiàn):（1）在全部的模擬數(shù)據(jù)集中BayesTHB的準(zhǔn)確性最高,BayesA的準(zhǔn)確性最低... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：46 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

標(biāo)準(zhǔn)模擬方案數(shù)據(jù)基因組選擇的準(zhǔn)確性隨世代數(shù)的變化（性狀類別個(gè)數(shù)=2，發(fā)生率=30%，遺傳力=0.3）

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第三章結(jié)果與分析19表3-1在標(biāo)準(zhǔn)模擬下第2-6代中的八種方法獲得的GEBVs的準(zhǔn)確性Table3-1AccuraciesofGEBVsobtainedwiththeeightmethodsingeneration2–6inthestandardscenario.方法世代數(shù)23456BayesA0.3140.2740.2580.2160.174BayesTHA0.6080.5630.5170.4730.425BayesB0.6820.6250.5960.5560.516BayesTHB0.6970.6440.6080.5680.523BayesCπ0.6230.5830.5270.4730.425BayesTHCπ0.6910.6340.5970.5590.523GBLUP0.6320.5840.5430.5020.473GLMM0.6340.5930.5580.5190.4923.1.2不同QTL數(shù)目下GEBVs準(zhǔn)確性比較如圖3-2所示，BayesTHB、BayesTHCπ、BayesB、BayesCπ、GBLUP和GLMNET對(duì)QTL的數(shù)量敏感，當(dāng)模擬的QTL數(shù)量從20增加到50時(shí)，它們的準(zhǔn)確性下降。相反，BayesTHA和BayesA對(duì)QTL的數(shù)量不敏感，其準(zhǔn)確性不隨模擬QTL的數(shù)量而明顯變化。表3-2的準(zhǔn)確性比較顯示，BayesTHA、BayesTHB、BayesTHCπ和GLMM的準(zhǔn)確性高于BayesA、BayesB、BayesCπ和GBLUP，也就是說閾模型估計(jì)的準(zhǔn)確性高于傳統(tǒng)模型。同時(shí)，BayesTHB的準(zhǔn)確性最高，在QTL個(gè)數(shù)為20時(shí)，準(zhǔn)確性達(dá)到了0.825。圖3-2模擬數(shù)據(jù)基因組選擇的準(zhǔn)確性隨QTL個(gè)數(shù)的變化（性狀類別個(gè)數(shù)=2，發(fā)生率=30%，遺傳力=0.3）Figure3-2TheaccuracyofgenomicselectionofsimulationdatawiththenumberofQTL（numberofcategories=2,incidence=30%,h2=0.3）

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第三章結(jié)果與分析20表3-2不同QTL數(shù)目下模擬數(shù)據(jù)的基因組選擇準(zhǔn)確性的比較Table3-2ComparisonofgenomicselectionaccuracyofsimulationdataatdifferentnumberofQTL.方法QTL個(gè)數(shù)2050200500BayesA0.3180.3050.2930.274BayesTHA0.5760.5640.5610.558BayesB0.8030.6960.6770.582BayesTHB0.8250.7320.6810.594BayesCπ0.7740.6720.5230.498BayesTHCπ0.7820.7190.6730.573GBLUP0.7340.6130.4760.442GLMM0.7760.6530.5140.4833.1.3不同遺傳力下GEBVs準(zhǔn)確性比較圖3-3顯示了不同遺傳力下不同方法的GEBVs的準(zhǔn)確性。通過將遺傳力從0.5降低至0.05，所有方法的準(zhǔn)確性都有所下降。在所有情況下，三種BayesTH方法（BayesTHA、BayesTHB和BayesTHCπ）的估計(jì)準(zhǔn)確性都優(yōu)于對(duì)應(yīng)的Bayes方法（BayesA、BayesB和BayesCπ），GLMNET的準(zhǔn)確性低于BayesTHB和BayesTHCπ，但比BayesTHA高。然而，在低遺傳力情況下（h2=0.05），BayesTHB、BayesTHCπ和GLMM之間的差別增大。表3-3表示了各個(gè)方法的準(zhǔn)確性比較。其中，準(zhǔn)確性最大出現(xiàn)在遺傳力為0.5時(shí)BayesTHB的方法。圖3-3模擬數(shù)據(jù)基因組選擇的準(zhǔn)確性隨遺傳力的變化（性狀類別個(gè)數(shù)=2，發(fā)生率=30%，QTL個(gè)數(shù)=50）Figure3-3Theaccuracyofgenomicselectionofsimulationdatawiththeheritabilities（numberofcategories=2,incidence=30%,numberofQTL=50）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]家畜轉(zhuǎn)基因育種研究進(jìn)展[J]. 余大為,朱化彬,杜衛(wèi)華.  遺傳. 2011(05)

碩士論文
[1]肉用綿羊基因組選擇方法的模擬研究[D]. 王景霖.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]通過預(yù)選標(biāo)記法進(jìn)行基因組選擇[D]. 董林松.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3325334