沙門氏菌屬腸桿菌科，為革蘭氏染色陰性桿菌，對蛋雞生產(chǎn)和食品安全造成重大影響。蛋雞沙門氏菌病主要是由沙門氏菌引起的一種以蛋雞出現(xiàn)零星死亡，產(chǎn)蛋率下降的慢性消耗疾病，時間一長，容易引起蛋雞消化道功能紊亂，雞群抗病力下降，繼發(fā)感染其它疾病。一些沙門氏菌含有攜帶耐藥因子的遺傳質(zhì)粒，耐藥因子傳遞的對多種抗生素的耐藥性，給治療沙門氏菌污染造成困難。從雞本身出發(fā)，研究其對沙門氏菌感染抗性的分子機制是緩解沙門氏菌病對蛋雞生產(chǎn)危害的有效途徑之一。本研究以開產(chǎn)蛋雞為研究對象，用腸炎沙門氏菌感染后，采集血液，用全血自動分析儀分析腸炎沙門氏菌對血液生理指標的影響，利用Agilent雞4*44K V2全基因組表達芯片檢測感染后8天和16天脾臟組織的基因表達，篩選出由沙門氏菌感染引起表達差異的基因，并對篩選出來的差異表達基因進行聚類分析，同時利用DAVID數(shù)據(jù)庫對其進行生物學功能分析。此外，我們利用QRT-PCR方法對芯片結(jié)果做了驗證，同時把篩選出來的差異表達基因與免疫相關(guān)基因進行關(guān)聯(lián)分析，并把兩個時間點篩選出來的差異基因進行了對比。結(jié)果顯示：（1）對照組和試驗組的血液樣品中白細胞的數(shù)量都普遍高于正常值，但同一時... 

【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學山東省

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

目前主要的基因芯片制作方法

Ontology）數(shù)據(jù)庫基因功能分類的分析和生物學通路以及生物學相互作用的分析。GO功能分類和 Pathway 分析是常見的基因分析方法，是一種專門用于分析芯片數(shù)據(jù)的工具。GO 數(shù)據(jù)庫（http://www.geneontology.org/）存在各種不同的子數(shù)據(jù)庫。GO 功能注釋有三個分類：分子功能（MF）、細胞組分（CC）和生物學過程（BP）。KEGG、Bicoastal和 GenMAPP 數(shù)據(jù)庫是 Pathway 分析中最為常用的 3 個數(shù)據(jù)庫。 其中 KEGG 數(shù)據(jù)庫（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）是向公眾開放的最為著名的數(shù)據(jù)庫，主要包括基因部分、化學部分和蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)。而 Bicoastal 數(shù)據(jù)庫是信號傳導通路（signaltransduction pathways）中最全面的數(shù)據(jù)庫，這個數(shù)據(jù)庫是由 Bicoastal 公司創(chuàng)建的一個公共網(wǎng)站，到目前為止，它囊括了不同物種的 120,000 個基因及在生物功能調(diào)節(jié)中 136條調(diào)控通路。GenMAPP（gene microarray pathway profiler）數(shù)據(jù)庫，是目前比較常用的用來分析芯片結(jié)果的一種數(shù)據(jù)庫，分析得到的結(jié)果能體現(xiàn)出機體的某些生物學過程。

圖 3 QRT-PCR 反應(yīng)條件Fig.3 Thermal cycler protocol of QRT-PCR熒光定量 PCR 的首要步驟是標準曲線的制作，標準曲線的制作過程如下：取試驗組和對照組的模板 cDNA 各 10 個，每個 2μl，依次進行 2 倍稀釋（常用的倍比稀釋有 2 倍稀釋，5 倍稀釋和 10 倍稀釋），制成 8 個濃度梯度即（原倍濃度、2×、4×、8×、16×、32×、64×、128×）。根據(jù)斜率計算出擴增效率，公式為 e=101/(-k)-1，當目的基因的擴增效率和持家基因相同時，可以計算基因的相對表達量。

【參考文獻】：
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