福建黃兔是中國(guó)優(yōu)良的小型兼用品種,從線粒體水平分析福建黃兔在兔形目動(dòng)物中的系統(tǒng)發(fā)育地位,對(duì)探究其起源、進(jìn)化和種群分類具有重要意義。利用PCR高保真擴(kuò)增技術(shù)和生物信息學(xué)軟件對(duì)福建黃兔線粒體基因組進(jìn)行獲取、拼接與注釋。結(jié)果發(fā)現(xiàn)福建黃兔線粒體基因組全長(zhǎng)17 000 bp（GenbankNo.MN518689）,主要包括tRNA基因（22個(gè)）、rRNA基因（2個(gè)）、蛋白編碼基因（13個(gè)）和控制區(qū)（1個(gè)）4部分,基因排列緊密。除控制區(qū),共存在37個(gè)編碼基因,有9個(gè)基因由輕鏈（L鏈）編碼,其余28個(gè)編碼基因均由重鏈（H鏈）編碼。22個(gè)tRNA基因中,除 tRNA-Ser（AGY）基因由于缺失DHU臂不能形成三葉草結(jié)構(gòu)外,其余21種tRNA基因均可折疊形成經(jīng)典的三葉草結(jié)構(gòu)�？刂茀^(qū)含有3種結(jié)構(gòu)域:延長(zhǎng)終止序列區(qū)（ETAS1和ETAS2）、中央保守區(qū)、保守序列區(qū)（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2間存在200 bp的短重復(fù)序列,CSB3和tRNA-Phe間存在306 bp的長(zhǎng)重復(fù)序列�；诰�粒體基因組控制區(qū)序列構(gòu)建10種兔形目動(dòng)物的系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)果表明福建黃兔起源于穴兔,支持將福建... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,29(09)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

福建黃兔線粒體基因組控制區(qū)結(jié)構(gòu)

經(jīng)比對(duì)拼接,福建黃兔線粒體基因組全序列長(zhǎng)度為17 000 bp,包括tRNA基因22個(gè)、蛋白編碼基因13個(gè)、rRNA基因2個(gè)和控制區(qū)1個(gè),基因排列順序同其他兔種基本一致(圖1,表2),將序列提交至GenBank(No.MN518689)。蛋白編碼基因(長(zhǎng)度為11 391 bp)、tRNA基因(長(zhǎng)度為 1 505 bp)、rRNA基因(長(zhǎng)度為2 536 bp)和控制區(qū)(長(zhǎng)度為1 555 bp)分別占整個(gè)線粒體長(zhǎng)度的 67.00%、8.85%、14.92%和9.15%。37個(gè)編碼基因中的9個(gè)基因[ tRNA-Glu、 tRNA-Gln、 tRNA-Cys、 tRNA-Asn、 tRNA-Tyr、 tRNA-Ala、 tRNA-Ser(UCN)、tRNA-Pro]由輕鏈(L鏈)編碼,其余28個(gè)編碼基因由重鏈(H鏈)編碼。其堿基含量為:A(31.41%)>T(28.18%)>C (26.70%)>G(13.71%),A+T含量 (59.59%)高于C+G含量(40.41%)�；蜷g無(wú)內(nèi)含子,基因排列緊密,全序列共有12處間隔區(qū)域和5處重疊區(qū)域,最大間隔區(qū)域(8 bp)位于tRNA-Gln和tRNA-Met之間,最大重疊區(qū)域 (43 bp)位于 ATPase8和 ATPase6之間。表2 福建黃兔線粒體基因組結(jié)構(gòu)Table 2 Mitochondrial genome structure of Fujian Yellow Rabbit 基因Gene 長(zhǎng)度/bpSize 基因位置Gene position 間隔區(qū)/bpIGS 反密碼子Anticode 密碼子 Codons 編碼鏈Coding strand 起始密碼子Start 終止密碼子Stop tRNA-Phe 69 1～69 0 GAA H 12S rRNA 957 70～1 026 0 H tRNA-Val 66 1 027～1 092 0 TAC H 16S rRNA 1 579 1 093～2 671 0 H tRNA-Leu(UUR) 75 2 672～2 746 2 TAA H NADH1 955 2 749～3 703 0 ATG Taa H tRNA-Ile 70 3 704～3 773 -3 GAT H tRNA-Gln 72 3 771～3 842 8 TTG L tRNA-Met 69 3 851～3 919 0 GAT H NADH2 1 044 3 920～4 963 7 ATT TAA H tRNA-Trp 67 4 971～5 037 2 TCA H tRNA-Ala 67 5 040～5 107 -1 TGC L tRNA-Asn 73 5 107～5 179 GTT L Ori-L 35 5 180～5 214 3 H tRNA-Cys 69 5 212～5 280 0 GCA L tRNA-Tyr 66 5 281～5 346 7 GTA L COX1 1 542 5 354～6 895 2 ATG TAG H

基于線粒體基因組D-loop區(qū)采用鄰接(NJ)法構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]福建黃兔15個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記的遺傳多態(tài)性研究[J]. 俞春英,周建華,楊燕燕,謝金東,王訓(xùn)立.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2019(05)
[2]基于線粒體DNA 4個(gè)基因/區(qū)域的矮小梅花鹿群體結(jié)構(gòu)與起源進(jìn)化分析[J]. 王洪亮,郭肖蘭,張然然,王磊,李婷,邢秀梅.  西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(12)
[3]不同來(lái)源飼糧纖維對(duì)福建黃兔盲腸發(fā)酵參數(shù)及菌群數(shù)量的影響[J]. 黃鼎瑞,王建烽,張麗萍,李真真,劉慶華.  動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào). 2019(01)
[4]黑白花兔與福建黃兔生長(zhǎng)發(fā)育及肉質(zhì)特性的比較研究[J]. 陳巖鋒,孫世坤,桑雷,謝喜平,陳冬金,許建書.  畜牧與獸醫(yī). 2018(01)
[5]斑海豹線粒體基因組序列分析及比較研究[J]. 高祥剛,鹿志創(chuàng),田甲申,韓家波,赫崇波,宋新然.  水產(chǎn)科學(xué). 2017(04)
[6]三江黃牛mtDNA D-Loop區(qū)遺傳多樣性及系統(tǒng)進(jìn)化[J]. 汪琦,鐘金城,柴志欣,李鍵,陳智華,何世明,吳錦波,蹇尚林,冉強(qiáng).  西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2016(09)
[7]蛋氨酸羥基類似物異丙酯（HMBi）對(duì)福建黃兔屠宰性能、腸道黏膜形態(tài)和腸道酶活的影響[J]. 鄭秦文,陳思戀,林欣,劉慶華.  中國(guó)畜牧獸醫(yī). 2015(07)
[8]福建黃兔的品種特性及飼養(yǎng)管理[J]. 卞吉.  特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)植物. 2015(02)
[9]動(dòng)物線粒體遺傳系統(tǒng)理論與應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 陳念,賴小平.  生物技術(shù)通報(bào). 2010(03)
[10]藏雞線粒體全基因組序列的測(cè)定和分析[J]. 童曉梅,梁羽,王威,徐樹青,鄭曉光,汪建,于軍.  遺傳. 2006(07)

碩士論文
[1]可溶性纖維日糧對(duì)福建黃兔生產(chǎn)性能、免疫機(jī)能以及腸道內(nèi)環(huán)境的影響[D]. 王建烽.福建農(nóng)林大學(xué) 2018
[2]基于RAD測(cè)序技術(shù)的6個(gè)中國(guó)家兔地方品種的遺傳地位研究[D]. 趙紀(jì)萍.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[3]雪兔線粒體全基因組結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性及其系統(tǒng)進(jìn)化分析[D]. 符淵.東北林業(yè)大學(xué) 2015
[4]三個(gè)封閉群實(shí)驗(yàn)兔遺傳多樣性研究[D]. 申幸嬌.中國(guó)食品藥品檢定研究院 2013
[5]不同訓(xùn)練強(qiáng)度對(duì)大鼠心肌線粒體呼吸鏈功能及自由基代謝的影響[D]. 黃彩云.西北師范大學(xué) 2013
[6]海南兔的線粒體基因組結(jié)構(gòu)特征與系統(tǒng)演化初探[D]. 王曉明.山東大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3228384