全基因組選擇受到了動植物育種界的廣泛關(guān)注,該方法是利用基因組范圍內(nèi)的大量遺傳標(biāo)記進行基因組育種值的估計,它具有縮短世代間隔、加快遺傳進展等多方面的優(yōu)勢。然而在肉牛育種實踐中,高昂的基因型分型費用限制了全基因組選擇的運用。為了降低基因分型費用,設(shè)計和開發(fā)一款低密度SNP芯片用于肉用西門塔爾牛全基因組選擇具有重要意義。本研究使用1346頭肉用西門塔爾牛資源群體的770K高密度芯片數(shù)據(jù)和13個生長發(fā)育、胴體和肉質(zhì)性狀的表型數(shù)據(jù),采用全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）、Bayes B分析、設(shè)置滑動窗口以及基因注釋4種方法進行SNP位點的篩選,旨在形成一個可以獲得較高基因組估計育種值準(zhǔn)確性的低密度SNP集合,并將其用于肉用西門塔爾牛的低成本全基因組選擇,以期節(jié)約育種成本和加快肉用西門塔爾牛全基因組選擇的應(yīng)用進程。本研究重要結(jié)論如下:1利用770K高密度芯片通過REML算法對肉用西門塔爾牛13個生長發(fā)育、胴體、肉質(zhì)性狀進行遺傳力估計,結(jié)果表明13個性狀的遺傳力估計值在0.11-0.56之間,其中大部分生長發(fā)育和胴體性狀屬于中高遺傳力性狀,肉質(zhì)性狀屬于中等遺傳力性狀,為肉用西門塔爾牛重要經(jīng)濟性狀的遺傳解析... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
英文縮略表
第一章 引言
    1.1 家畜選育方法概述
    1.2 全基因組選擇方法研究進展
    1.3 肉牛全基因組選擇應(yīng)用現(xiàn)狀
    1.4 基于高密度標(biāo)記的全基因組選擇的優(yōu)勢和局限性
    1.5 全基因組選擇的低密度SNP芯片設(shè)計研究進展
    1.6 本研究的目的和意義
第二章 材料與方法
    2.1 資源群體建立與基因型數(shù)據(jù)收集
        2.1.1 資源群體建立
        2.1.2 基因型數(shù)據(jù)
    2.2 表型數(shù)據(jù)
        2.2.1 表型數(shù)據(jù)測量
        2.2.2 表型數(shù)據(jù)校正
    2.3 遺傳力估計
    2.4 低密度SNP集合標(biāo)記篩選
        2.4.1 GWAS方法檢測與性狀顯著關(guān)聯(lián)位點
        2.4.2 BayesB方法檢測效應(yīng)位點
        2.4.3 滑動窗口篩選高MAF位點
        2.4.4 基因注釋篩選位點
    2.5 基因組育種值估計
        2.5.1 GBLUP方法
        2.5.2 貝葉斯方法方法
    2.6 基因組估計育種值準(zhǔn)確性評價
    2.7 基因組估計育種值的相關(guān)性評價
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 固定效應(yīng)和協(xié)變量的顯著性
    3.2 遺傳力估計值
    3.3 低密度SNP集合
        3.3.1 全基因關(guān)聯(lián)分析(GWAS)位點篩選
        3.3.2 BayesB分析位點篩選
        3.3.3 滑動窗口位點篩選
        3.3.4 基因注釋位點篩選
        3.3.5 低密度SNP集合的位點分布、MAF及間距
    3.4 低密度SNP集合連鎖不平衡(LD)評估
    3.5 使用低密度SNP集合評估的基因組估計育種值準(zhǔn)確性
        3.5.1 基于GBLUP方法的基因組估計育種值準(zhǔn)確性
        3.5.2 基于BayesA方法的基因組估計育種值準(zhǔn)確性
        3.5.3 基于BayesB方法的基因組估計育種值準(zhǔn)確性
        3.5.4 基于BayesCπ方法的基因組估計育種值準(zhǔn)確性
        3.5.5 四種方法的基因組估計育種值的準(zhǔn)確性比較
    3.6 基因組估計育種值間的相關(guān)性
第四章 討論
    4.1 低密度SNP集合的位點分布及MAF
    4.2 低密度SNP集合位點篩選方法
    4.3 低密度SNP集合基因組估計育種值準(zhǔn)確性
        4.3.1 標(biāo)記密度對基因組估計育種值準(zhǔn)確性影響
        4.3.2 連鎖不平衡(LD)對基因組估計育種值準(zhǔn)確性的影響
        4.3.3 最小等位基因頻率(MAF)對基因組估計育種值準(zhǔn)確性的影響
        4.3.4 不同統(tǒng)計模型對基因組估計育種值準(zhǔn)確性的影響
    4.4 低密度SNP集合的局限性
第五章 全文結(jié)論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡歷



本文編號：3180546