犬皰疹病毒的分離鑒定及US6基因的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-05-06 15:40
犬皰疹病毒(Canine herpesvirus,CHV)感染僅存在于犬中,是新生幼犬的急性、非發(fā)熱型致死性疾病。由US6基因編碼的gD糖蛋白是皰疹病毒囊膜上的重要組成部分,它具有識(shí)別各自紅細(xì)胞的能力,使各個(gè)皰疹病毒都有自己的特征。因此,本研究根據(jù)自然發(fā)病犬的臨床癥狀、聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)、病毒的分離和純化、動(dòng)物回歸實(shí)驗(yàn)和基因生物信息學(xué)分析的實(shí)驗(yàn)手段證實(shí)了該疾病為CHV感染所致,另外,對(duì)US6基因編碼的gD糖蛋白的主要抗原區(qū)域進(jìn)行分析并構(gòu)建了表達(dá)載體。試驗(yàn)結(jié)果如下:1.從病犬肝臟中提取的DNA經(jīng)PCR擴(kuò)增,檢測(cè)出大小為357 bp的目的條帶,經(jīng)NCBI的Blast比對(duì)驗(yàn)證該病毒為CHV,毒株命名為CHV-JX株,并測(cè)得該病毒的TCID50為10-4.39/0.1mL;該病毒感染的犬腎細(xì)胞(Madin-Darby canine kidney,MDCK)在電鏡下可看到圓形的病毒粒子,細(xì)胞出現(xiàn)了空泡化;在顯微鏡下,可以看到24h內(nèi)細(xì)胞開(kāi)始出現(xiàn)圓縮、變暗,逐漸向周?chē)鷶U(kuò)散,最后細(xì)胞脫落。將CHV-J...
【文章來(lái)源】:江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省
【文章頁(yè)數(shù)】:53 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
英文縮寫(xiě)詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 皰疹病毒
1.1.1 皰疹病毒的形態(tài)特征
1.1.2 皰疹病毒基因編碼的蛋白
1.1.3 皰疹病毒的復(fù)制
1.2 犬皰疹病毒概述
1.2.1 病原學(xué)
1.2.2 流行病學(xué)
1.2.3 臨床癥狀
1.2.4 病理學(xué)特征
1.2.5 診斷方法
1.2.6 治控方案
1.3 研究的目的及意義
第二章 犬皰疹病毒的分離鑒定
2 實(shí)驗(yàn)方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 樣本來(lái)源
2.1.2 細(xì)胞
2.1.3 質(zhì)粒及菌株
2.1.4 引物
2.1.5 試劑與耗材
2.1.6 儀器設(shè)備
2.2 犬皰疹病毒的分離鑒定
2.2.1 病毒的分離培養(yǎng)
2.2.2 細(xì)胞的復(fù)蘇
2.2.3 MDCK傳代細(xì)胞培養(yǎng)法
2.2.4 細(xì)胞的凍存
2.2.5 細(xì)胞攻毒及病毒的繁殖
2.2.6 MDCK細(xì)胞半數(shù)感染量(TCID50)的測(cè)定
2.2.7 病毒的鑒定
2.3 幼犬回歸試驗(yàn)
2.4 犬皰疹病毒對(duì)MDCK細(xì)胞的影響
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 PCR檢測(cè)結(jié)果
3.2 犬腎細(xì)胞半數(shù)感染量(TCID50)結(jié)果
3.3 感染細(xì)胞電鏡結(jié)果
3.4 細(xì)胞病變結(jié)果
3.5 幼犬回歸試驗(yàn)結(jié)果
3.6 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞的影響
3.6.1 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞凋亡的影響
3.6.2 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞線粒體膜電位的影響
3.6.3 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞ROS的影響
3.6.4 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞p H值的影響
4 討論
4.1 犬皰疹病毒的流行病學(xué)特點(diǎn)
4.2 皰疹病毒對(duì)MDCK細(xì)胞的損傷
第三章 犬皰疹病毒US6基因的生物信息學(xué)分析
3.
3.1 試劑準(zhǔn)備
3.2 US6全基因擴(kuò)增
3.3 PCR產(chǎn)物的膠回收純化
3.4 構(gòu)建重組質(zhì)粒
3.4.1 連接
3.4.2 轉(zhuǎn)化
3.4.3 提取重組質(zhì)粒
3.5 犬皰疹病毒US6基因的序列分析
3.6 US6基因的核苷酸序列的同源性分析
3.7 US6基因推導(dǎo)的氨基酸序列分析
3.8 gD蛋白的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.9 gD蛋白的抗原性分析
3.10 犬皰疹病毒gD蛋白主要抗原區(qū)域的原核表達(dá)載體的制備
4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.1 US6全基因凝膠電泳結(jié)果
4.2 gD蛋白保守區(qū)域分析結(jié)果
4.3 US6基因遺傳進(jìn)化樹(shù)和同源性分析結(jié)果
4.4 US6基因的核苷酸序列校對(duì)后ORF預(yù)測(cè)結(jié)果
4.5 gD蛋白氨基酸序列的信號(hào)肽預(yù)測(cè)
4.6 gD蛋白氨基酸序列的跨膜區(qū)域預(yù)測(cè)
4.7 gD蛋白氨基酸序列的N糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)
4.8 gD蛋白氨基酸序列抗原性分析
4.9 犬皰疹病毒主要抗原區(qū)域的表達(dá)
4.9.1 犬皰疹病毒CHV-JX株US6基因主要抗原區(qū)域的全基因合成
4.9.2 主要抗原區(qū)域的全基因合成及表達(dá)載體的構(gòu)建與鑒定
5 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
文章的創(chuàng)新與不足
攻讀碩士期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
附錄
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]α皰疹病毒潛伏感染研究進(jìn)展[J]. 向廣韜,吳紅霞,仇華吉,孫元. 中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(10)
[2]鎘通過(guò)引發(fā)氧化應(yīng)激和線粒體損傷誘導(dǎo)PK-15細(xì)胞凋亡[J]. 董峰,楊佳,李向陽(yáng),吳瓊,張少英,王蘭. 中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2018(11)
[3]BRD7對(duì)過(guò)氧化氫處理的心肌細(xì)胞線粒體膜電位和胞漿中Cyt C蛋白水平影響研究[J]. 李春曉,李艷,張靜靜,張勇濤,楊杰書(shū). 中國(guó)循證心血管醫(yī)學(xué)雜志. 2018(10)
[4]魚(yú)類(lèi)病毒誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 周廣舟,孫彥鶴,郭爽爽. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2018(09)
[5]pH值對(duì)人退變椎間盤(pán)髓核細(xì)胞凋亡的影響[J]. 楊召,苑珍珍,張楊,郭悅,馬劍雄,馬信龍. 中國(guó)矯形外科雜志. 2018(01)
[6]貓皰疹病毒1型部分糖蛋白的研究進(jìn)展[J]. 張繼一,王竹,劉寶山. 養(yǎng)殖技術(shù)顧問(wèn). 2013(05)
[7]貓皰疹病毒Ⅰ型的分離與鑒定[J]. 張碩,李純玲,汪葆玥,劉金華,田克恭. 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物科學(xué). 2010(02)
[8]蛋白質(zhì)糖基化修飾研究進(jìn)展[J]. 李軍,杜鑫,Hosseini Moghaddam S.H.,陳玉銀. 科技通報(bào). 2009(06)
[9]皰疹病毒gC基因及其編碼蛋白研究進(jìn)展[J]. 練蓓,程安春,汪銘書(shū). 中國(guó)動(dòng)物傳染病學(xué)報(bào). 2009(02)
[10]單純皰疹病毒的復(fù)制組裝機(jī)制[J]. 黎庶,胡福泉. 微生物學(xué)免疫學(xué)進(jìn)展. 2009(01)
碩士論文
[1]新疆伊犁地區(qū)馬皰疹病毒1型的分離鑒定及其gB和gD基因的序列分析[D]. 楊永龍.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]皰疹病毒通過(guò)抑制組蛋白H1.2的表達(dá)來(lái)阻止宿主細(xì)胞的凋亡[D]. 高海霞.安徽大學(xué) 2014
[3]雞傳染性喉氣管炎病毒抗體間接ELISA檢測(cè)方法的建立和亞單位疫苗研制[D]. 郭建友.揚(yáng)州大學(xué) 2014
[4]基于主成分分析和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)糖基化位點(diǎn)的預(yù)測(cè)[D]. 何偉.中南林業(yè)科技大學(xué) 2010
[5]偽狂犬病毒Ea株主要衣殼蛋白之間的相互作用研究[D]. 薛念波.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
本文編號(hào):3172183
【文章來(lái)源】:江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省
【文章頁(yè)數(shù)】:53 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
英文縮寫(xiě)詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 皰疹病毒
1.1.1 皰疹病毒的形態(tài)特征
1.1.2 皰疹病毒基因編碼的蛋白
1.1.3 皰疹病毒的復(fù)制
1.2 犬皰疹病毒概述
1.2.1 病原學(xué)
1.2.2 流行病學(xué)
1.2.3 臨床癥狀
1.2.4 病理學(xué)特征
1.2.5 診斷方法
1.2.6 治控方案
1.3 研究的目的及意義
第二章 犬皰疹病毒的分離鑒定
2 實(shí)驗(yàn)方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 樣本來(lái)源
2.1.2 細(xì)胞
2.1.3 質(zhì)粒及菌株
2.1.4 引物
2.1.5 試劑與耗材
2.1.6 儀器設(shè)備
2.2 犬皰疹病毒的分離鑒定
2.2.1 病毒的分離培養(yǎng)
2.2.2 細(xì)胞的復(fù)蘇
2.2.3 MDCK傳代細(xì)胞培養(yǎng)法
2.2.4 細(xì)胞的凍存
2.2.5 細(xì)胞攻毒及病毒的繁殖
2.2.6 MDCK細(xì)胞半數(shù)感染量(TCID50)的測(cè)定
2.2.7 病毒的鑒定
2.3 幼犬回歸試驗(yàn)
2.4 犬皰疹病毒對(duì)MDCK細(xì)胞的影響
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 PCR檢測(cè)結(jié)果
3.2 犬腎細(xì)胞半數(shù)感染量(TCID50)結(jié)果
3.3 感染細(xì)胞電鏡結(jié)果
3.4 細(xì)胞病變結(jié)果
3.5 幼犬回歸試驗(yàn)結(jié)果
3.6 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞的影響
3.6.1 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞凋亡的影響
3.6.2 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞線粒體膜電位的影響
3.6.3 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞ROS的影響
3.6.4 CHV對(duì)MDCK細(xì)胞p H值的影響
4 討論
4.1 犬皰疹病毒的流行病學(xué)特點(diǎn)
4.2 皰疹病毒對(duì)MDCK細(xì)胞的損傷
第三章 犬皰疹病毒US6基因的生物信息學(xué)分析
3.
3.1 試劑準(zhǔn)備
3.2 US6全基因擴(kuò)增
3.3 PCR產(chǎn)物的膠回收純化
3.4 構(gòu)建重組質(zhì)粒
3.4.1 連接
3.4.2 轉(zhuǎn)化
3.4.3 提取重組質(zhì)粒
3.5 犬皰疹病毒US6基因的序列分析
3.6 US6基因的核苷酸序列的同源性分析
3.7 US6基因推導(dǎo)的氨基酸序列分析
3.8 gD蛋白的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.9 gD蛋白的抗原性分析
3.10 犬皰疹病毒gD蛋白主要抗原區(qū)域的原核表達(dá)載體的制備
4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.1 US6全基因凝膠電泳結(jié)果
4.2 gD蛋白保守區(qū)域分析結(jié)果
4.3 US6基因遺傳進(jìn)化樹(shù)和同源性分析結(jié)果
4.4 US6基因的核苷酸序列校對(duì)后ORF預(yù)測(cè)結(jié)果
4.5 gD蛋白氨基酸序列的信號(hào)肽預(yù)測(cè)
4.6 gD蛋白氨基酸序列的跨膜區(qū)域預(yù)測(cè)
4.7 gD蛋白氨基酸序列的N糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)
4.8 gD蛋白氨基酸序列抗原性分析
4.9 犬皰疹病毒主要抗原區(qū)域的表達(dá)
4.9.1 犬皰疹病毒CHV-JX株US6基因主要抗原區(qū)域的全基因合成
4.9.2 主要抗原區(qū)域的全基因合成及表達(dá)載體的構(gòu)建與鑒定
5 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
文章的創(chuàng)新與不足
攻讀碩士期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
附錄
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]α皰疹病毒潛伏感染研究進(jìn)展[J]. 向廣韜,吳紅霞,仇華吉,孫元. 中國(guó)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(10)
[2]鎘通過(guò)引發(fā)氧化應(yīng)激和線粒體損傷誘導(dǎo)PK-15細(xì)胞凋亡[J]. 董峰,楊佳,李向陽(yáng),吳瓊,張少英,王蘭. 中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2018(11)
[3]BRD7對(duì)過(guò)氧化氫處理的心肌細(xì)胞線粒體膜電位和胞漿中Cyt C蛋白水平影響研究[J]. 李春曉,李艷,張靜靜,張勇濤,楊杰書(shū). 中國(guó)循證心血管醫(yī)學(xué)雜志. 2018(10)
[4]魚(yú)類(lèi)病毒誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 周廣舟,孫彥鶴,郭爽爽. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2018(09)
[5]pH值對(duì)人退變椎間盤(pán)髓核細(xì)胞凋亡的影響[J]. 楊召,苑珍珍,張楊,郭悅,馬劍雄,馬信龍. 中國(guó)矯形外科雜志. 2018(01)
[6]貓皰疹病毒1型部分糖蛋白的研究進(jìn)展[J]. 張繼一,王竹,劉寶山. 養(yǎng)殖技術(shù)顧問(wèn). 2013(05)
[7]貓皰疹病毒Ⅰ型的分離與鑒定[J]. 張碩,李純玲,汪葆玥,劉金華,田克恭. 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物科學(xué). 2010(02)
[8]蛋白質(zhì)糖基化修飾研究進(jìn)展[J]. 李軍,杜鑫,Hosseini Moghaddam S.H.,陳玉銀. 科技通報(bào). 2009(06)
[9]皰疹病毒gC基因及其編碼蛋白研究進(jìn)展[J]. 練蓓,程安春,汪銘書(shū). 中國(guó)動(dòng)物傳染病學(xué)報(bào). 2009(02)
[10]單純皰疹病毒的復(fù)制組裝機(jī)制[J]. 黎庶,胡福泉. 微生物學(xué)免疫學(xué)進(jìn)展. 2009(01)
碩士論文
[1]新疆伊犁地區(qū)馬皰疹病毒1型的分離鑒定及其gB和gD基因的序列分析[D]. 楊永龍.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]皰疹病毒通過(guò)抑制組蛋白H1.2的表達(dá)來(lái)阻止宿主細(xì)胞的凋亡[D]. 高海霞.安徽大學(xué) 2014
[3]雞傳染性喉氣管炎病毒抗體間接ELISA檢測(cè)方法的建立和亞單位疫苗研制[D]. 郭建友.揚(yáng)州大學(xué) 2014
[4]基于主成分分析和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)糖基化位點(diǎn)的預(yù)測(cè)[D]. 何偉.中南林業(yè)科技大學(xué) 2010
[5]偽狂犬病毒Ea株主要衣殼蛋白之間的相互作用研究[D]. 薛念波.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
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