隨著人們消費觀念和文化結構的不斷改變,馬匹的作用已由過去的役用轉變?yōu)楝F(xiàn)在的健身休閑娛樂騎乘工具。培育具有良好的觀賞性且速度耐力兼具,并有良好的抗病力和適應性的馬匹品種,是馬匹育種工作的熱點。骨髓是研究免疫功能的典型器官,在機體起著造血和免疫細胞及免疫因子生成的功能。對骨髓表達譜的研究,有助于解析不同生物個體間免疫差異的分子機理。本實驗利用Illumina Miseq高通量測序技術,對構建的兩個蒙古馬和純血馬骨髓表達譜文庫進行測序,得到的數(shù)據(jù)用軟件處理后,在KO、KEGG、KOG等數(shù)據(jù)庫進行注釋,得到的結果如下：1.蒙古馬和純血馬骨髓表達譜文庫測序得到的原始數(shù)據(jù)經(jīng)過去雜和篩選后,分別獲得了7116170和7219956的有效reads。2.對測序得到的基因數(shù)據(jù)在染色體上進行注釋,兩個文庫注釋到1號、8號和11號染色體的reads最多,注釋到29號、30號和31號的reads最少。3.兩個文庫共篩出318差異表達基因,對比純血馬骨髓,蒙古馬骨髓表達量顯著上調的基因共有241個,表達量顯著下調的基因共有77,其中有21個差異表達基因與免疫相關。4.GO功能富集分析和KEGG功能富集分析中均顯... 

【文章來源】：內蒙古農(nóng)業(yè)大學內蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：52 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 引言
    1.1 免疫概述
        1.1.1 免疫系統(tǒng)的組成
        1.1.2 免疫應答反應
        1.1.3 骨髓的生理生化功能
    1.2 馬常見疾病及免疫相關基因的研究進展
    1.3 免疫相關基因研究技術
        1.3.1 基因表達譜
        1.3.2 轉錄組
        1.3.3 高通量測序
        1.3.4 Illumina/Solexa測序技術
    1.4 多樣本mRNA-seq數(shù)據(jù)的處理方法
        1.4.1 表達差異GO類別富集分析
        1.4.2 表達差異KOG富集分析
        1.4.3 表達差異KEGG富集分析
    1.5 蒙古馬與純血馬的體況特征
    1.6 本實驗的目的意義以及主要研究內容
        1.6.1 實驗的目的和意義
        1.6.2 實驗內容與方法
2 蒙古馬與純血馬骨髓表達譜文庫差異基因的研究
    2.1 實驗材料
        2.1.1 實驗動物
        2.1.2 實驗主要設備和儀器
        2.1.3 主要試劑
    2.2 實驗過程
        2.2.1 總RNA的提取和檢測
        2.2.2 測序文庫的制備
        2.2.3 文庫測序
        2.2.4 骨髓表達譜文庫數(shù)據(jù)的可靠性驗證
        2.2.5 數(shù)據(jù)的處理與分析
3 結果
    3.1 蒙古馬和純血馬骨髓表達譜文庫的建立
        3.1.1 實驗提取的總RNA質量檢測結果
        3.1.2 構建的cDNA文庫質量檢測結果
    3.2 測序數(shù)據(jù)處理和分析結果
        3.2.1 基因組注釋信息
        3.2.2 染色體上的注釋結果
        3.2.3 基因表達譜分析結果
        3.2.4 差異基因表達譜數(shù)據(jù)可靠性驗證
4 分析討論
    4.1 建庫所用RNA的質量評估
    4.2 染色體注釋結果分析
    4.3 差異表達基因結果分析
    4.4 差異表達基因GO富集分析
    4.5 差異表達基因KOG富集分析
    4.6 差異表達基因KEGG富集分析
5 結論、創(chuàng)新點與展望
    5.1 結論
    5.2 創(chuàng)新點
    5.3 論文的局限性
致謝
參考文獻
作者簡介


【參考文獻】：
期刊論文
[1]馬Toll樣受體表達水平SYBR Green Ⅰ熒光定量RT-PCR檢測方法的建立[J]. 趙一萍,白東義,李蓓,黃金龍,張宇宏,芒來.  畜牧獸醫(yī)學報. 2013(02)
[2]蒙古馬不同組織器官TLR1、TLR2、TLR4和TLR6 mRNA轉錄水平研究[J]. 趙一萍,黃金龍,白東義,陳建興,趙啟南,芒來.  中國獸醫(yī)學報. 2012(10)
[3]人骨髓和臍帶來源間充質干細胞體外支持造血能力的比較研究[J]. 劉蒙,楊少光,劉鵬霞,杜偉廷,顧東生,盧士紅,邢文,韓忠朝.  中國實驗血液學雜志. 2009(05)
[4]食管癌患者骨髓CK19 mRNA的表達及其臨床意義[J]. 陳少斌,林鵬,陳捷鑫,文靜,楊弘,解明然,張旭.  中國腫瘤臨床. 2009(19)
[5]成體骨髓間充質干細胞生物學特性及在組織工程和再生醫(yī)學中的作用[J]. 杜振宗,王海龍,宋劍非,鄭民,李牧.  中國組織工程研究與臨床康復. 2009(33)
[6]中國漢族人群人類白細胞抗原DRB1* 04等位基因多態(tài)性[J]. 羅廣平,葉欣,夏文杰,程良紅,鄒紅巖,丁浩強.  中國輸血雜志. 2009(04)
[7]鼻咽癌轉錄組學研究的現(xiàn)狀與進展[J]. 黃琛,武明花,李桂源.  生物化學與生物物理進展. 2007(11)
[8]不同年齡段人骨髓間充質干細胞生物學特性的研究[J]. 黃科,周敦華,黃紹良,梁舜華.  中國實驗血液學雜志. 2005(06)

博士論文
[1]蒙古馬免疫相關基因表達研究及脾臟表達譜分析[D]. 趙一萍.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2013
[2]梅花鹿鹿茸頂端組織轉錄組分析及不同生長期差異基因篩選[D]. 幺寶金.吉林大學 2012
[3]馬MHC-Ⅱ類分子遺傳多樣性的研究[D]. 孟青龍.內蒙古農(nóng)業(yè)大學 2005

碩士論文
[1]大黃魚脾臟轉錄組和表達譜分析以及過氧化物酶4結構與功能研究[D]. 母尹楠.國家海洋局第三海洋研究所 2011



本文編號：3156455