為探討豬活化白細胞黏附分子（Activated Leukocyte Cell Adhesion Molecule,ALCAM）基因的結(jié)構(gòu)與功能,本研究運用EMBOSS和Codon W軟件分析豬ALCAM基因密碼子使用偏好性,運用生物信息學(xué)相關(guān)軟件分析ALCAM蛋白的理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)功能并預(yù)測與其存在互作關(guān)系的蛋白,運用實時熒光定量的方法檢測ALCAM基因在梅山豬不同組織中的表達水平。結(jié)果表明:ALCAM基因偏好使用以A/U結(jié)尾的密碼子,存在28個偏好性較強的密碼子（RSCU值>1）,其中CGG、AGA、GGA、GCU、ACA這5個密碼子的偏好性最強,豬ALCAM基因與小鼠和酵母基因組的密碼子使用差異小于大腸桿菌基因組,表明小鼠和酵母更適合作為ALCAM基因的外源表達系統(tǒng);豬ALCAM基因CDS區(qū)序列全長1 713 bp,編碼570個氨基酸,為脂溶性、不穩(wěn)定的親水性蛋白,存在一個跨膜結(jié)構(gòu)域（515～537 aa）和信號肽區(qū)域（1～27 aa）;該蛋白存在5個潛在的N-糖基化位點和96個特異性蛋白激酶結(jié)合位點,二級結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲和延伸鏈為主,可能與CD6、CD44、PTPRC和CNT... 

【文章來源】：中國畜牧雜志. 2020,56(11)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實驗材料
    1.2引物設(shè)計與合成
    1.3 總RNA提取、c DNA合成和熒光定量反應(yīng)
    1.4豬ALCAM基因密碼子偏好性分析
    1.5 生物信息學(xué)分析
    1.6 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 ALCAM基因組、m RNA和蛋白結(jié)構(gòu)分析
    2.2 豬ALCAM基因密碼子偏好性分析
        2.2.1 豬ALCAM基因堿基組成及相關(guān)參數(shù)分析
        2.2.2 豬ALCAM基因RSCU值分析
        2.2.3 與模式生物基因組密碼子使用頻率比較分析
    2.3 豬ALCAM基因蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能位點分析
    2.4 進化分析
    2.5 梅山豬ALCAM基因組織表達譜分析
3 討論
4 結(jié)論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]草原紅牛FABP7基因克隆、生物信息學(xué)及組織表達差異分析[J]. 呂陽,曹陽,高一,劉理想,薛佳佳,張國梁.  中國畜牧雜志. 2019(09)
[2]類烏齊牦牛SIRT3基因克隆與生物信息學(xué)及差異表達分析[J]. 楊玉梅,柴志欣,王會,王吉坤,信金偉,姬秋梅,鐘金城.  中國畜牧雜志. 2019(06)
[3]蛋白質(zhì)糖基化修飾的研究進展[J]. 王曉龍,王秀然,盧天成.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(10)
[4]豬miR-192對DLG5和ALCAM基因的靶向作用關(guān)系驗證[J]. 孫麗,吳森,吳嘉韻,趙呈祥,吳圣龍,包文斌.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2017(09)



本文編號：3149410