第一部分:蘇太豬血常規(guī)全基因組關聯(lián)分析;為定位影響家豬血細胞以及其蛋白濃度等血液性狀的數(shù)量性狀位點（Quantitative trait loci, QTL），理解并解析血細胞生成與代謝的分子機理，我們測定了495頭蘇太豬群體的紅、白細胞數(shù)目、濃度等15個血液參數(shù)，并用Illumina60K芯片判定了所有個體的基因型。在此基礎上，采用單標記關聯(lián)分析（Single-marker association）以及單倍型關聯(lián)分析（Haplotype association）的模型，對所測定的血常規(guī)性狀進行了全基因數(shù)量性狀位點定位（whole genome QTLmapping）。我們總共定位到了651個顯著關聯(lián)的單核苷酸多態(tài)性位點（SNPs）,其中達到全基因組水平SNPs有198個。在2號以及7號染色體上檢測到4個一因多效的SNPs，它們同時影響平均紅細胞容積（MCV）,平均紅細胞血紅蛋白含量（MCH）和大血小板比率（P-LCR）等多個表型。在單標記全基因組關聯(lián)分析（singlemarkerGWAS）過程中，我們共鑒定到161個顯著SNPs，其中達到全基因組水平的SNPs44個，大部分位于2號染... 

【文章來源】：江西農(nóng)業(yè)大學江西省

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻綜述
    1.1 血液細胞
        1.1.1 血液細胞的組成及其功能
        1.1.2 血常規(guī)檢測及其意義
    1.2 全基因組關聯(lián)分析（GWAS）
    1.3 單倍型關聯(lián)分析
    1.4 家豬中血液性狀遺傳學的相關研究
    1.5 可視化的功能及意義
    1.6 對關聯(lián)分析結果可視化的相關工具
    1.7 本研究的目的及意義
第二章 蘇太豬血液性狀的全基因組關聯(lián)分析
    2.1 引言
    2.2 實驗材料與方法
        2.2.1 實驗動物
        2.2.2 血液性狀的測定
        2.2.3 基因分型和質(zhì)量控制
        2.2.4 統(tǒng)計分析
    2.3 結果
        2.3.1 表型統(tǒng)計分析和質(zhì)量控制后的 SNP 特征
        2.3.2 質(zhì)量控制結果
        2.3.3 全基因組關聯(lián)分析結果
            2.3.3.1 紅細胞性狀
            2.3.3.2 白細胞性狀
            2.3.3.3 血小板性狀
    2.4 分析與討論
        2.4.1 與前人報道的比較
        2.4.2 比較單標記 GWAS 與單倍型關聯(lián)分析的結果
        2.4.3 可能的一因多效 QTLs
        2.4.4 候選功能基因
第三章 RPARP：繪制關聯(lián)分析結果區(qū)域圖的 R 包
    3.1 引言
    3.2 實現(xiàn)
        3.2.1 數(shù)據(jù)庫
        3.2.2 默認參數(shù)
        3.2.3 可選參數(shù)
    3.3 結果
小結
參考文獻
致謝
附錄


【參考文獻】：
期刊論文
[1]豬2、7和8號染色體上影響血常規(guī)指標的數(shù)量性狀基因座（QTL）檢測[J]. 鞏元芳,盧昕,王志鵬,李珊,邱小田,張勤.  生物化學與生物物理進展. 2008(11)
[2]中國瘦肉型豬新品種——蘇太豬[J]. 莊慶士,梁偉東,叢樹發(fā),陳國福,師慶偉.  現(xiàn)代化農(nóng)業(yè). 2007(12)



本文編號：3109216