發(fā)布時間：2021-01-19 01:45

　　動物的性狀受到遺傳因素和環(huán)境因素的共同影響。為了探討動物性狀選育過程中的環(huán)境影響,本實驗選用從美國引進的同一批新西蘭兔,分別置于常規(guī)選育環(huán)境和SPF選育環(huán)境中連續(xù)培育十年。兩種環(huán)境下各選取6只45日齡的新西蘭兔,主要研究了腸道微生物菌群以及機體代謝等方面的差異,同時尋求兩種選育環(huán)境下的生長免疫性狀、基因表達、代謝產物和腸道微生物構成等存在的關聯(lián),分析探討選育環(huán)境對性狀形成的影響。本實驗首先比較了兩種不同環(huán)境下新西蘭兔生長、免疫等性狀的差異,然后進行了微生物組,非靶向代謝組和轉錄組測序的差異比較,最后,運用熒光定量PCR的方法進行驗證。主要研究結果如下:（1）從屠宰指標來看,SPF環(huán)境下的新西蘭兔胴體重等指標高于常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔（21.65±1.54 g）,但是器官重量從整體來說低于常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔。結合實驗室前期對兩種不同環(huán)境下新西蘭兔血液生理生化指標的測量,可以得出雖然SPF環(huán)境下的新西蘭兔生長速度較常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔快,但其免疫力卻低于常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔。（2）由16SrRNA測序結果可知,常規(guī)環(huán)境下的新西蘭兔腸道微生物多樣性顯著高于SPF環(huán)境下的新西蘭兔。分別對兩種不同... 

【文章來源】： 趙玉曉 山東農業(yè)大學

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1兩種不同環(huán)境下新西蘭兔的腸道菌群的門水平占比比較

新西蘭兔在SPF與常規(guī)選育環(huán)境下盲腸轉錄組與代謝組以及微生物菌群的比較30圖5兩種不同環(huán)境下新西蘭兔盲腸總RNA瓊脂糖凝膠電泳圖譜Fig5TotalRNAextractedfromcecumofNewZealandrabbits.由圖5可見，RNA的條帶清晰，亮度高，這說明RNA純度高，無明顯蛋白質等雜質污染，可以用于后續(xù)的測序實驗中。3.2.2.2轉錄組測序數(shù)據(jù)概述轉錄組測序使用BGISEQ-500平臺共測量6個樣本（常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔3只，SPF環(huán)境下新西蘭兔3只），平均每個樣本有21.39M數(shù)據(jù)�；蚪M比對的平均比率為85.6%，基因集比對的平均比率為74%，均符合數(shù)據(jù)比率的要求，總共檢測到17793個基因。3.2.2.3兩種不同環(huán)境下新西蘭兔的差異表達基因本研究基于“數(shù)字基因表達譜的意義”，采用嚴謹?shù)乃惴ㄗR別兩組樣本中差異表達的基因。結果顯示共發(fā)現(xiàn)差異表達基因1678個，根據(jù)Rawreads和TMP（每百萬cleantags中轉錄本數(shù)）的統(tǒng)計標準，與常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔相比，SPF環(huán)境下新西蘭兔的結果中總共顯示下調基因有1292個，上調基因有386個。最后，我們通過GO分析和KEGGPathway的綜合分析篩選出了13個差異表達基因，其中包括上調基因7個，下調基因6個。3.2.2.4差異基因功能GO分析對篩選的差異基因進行基因功能GO分析，結果顯示：在生物過程（BiologicalProcess）

山東農業(yè)大學碩士學位論文31層面，常規(guī)環(huán)境下新西蘭兔和SPF環(huán)境下新西蘭兔的差異基因主要涉及的生理生化過程包括：免疫應答（Immuneresponse）、腸平滑肌收縮（Intestinesmoothmusclecontraction）、防御反應（Defenseresponse）、白細胞遷移正調控（Positiveregulationofleukocytemigration）、淋巴細胞遷移正調控（Positiveregulationoflymphocytemigration）以及刺激反應（Responsetostimulus）等（如圖6所示）。圖6常規(guī)環(huán)境與SPF環(huán)境下新西蘭兔差異基因GO富集分析Fig6GOenrichmentanalysisofdifferentialgenesinNewZealandrabbitsoftwodifferentenvironments.3.2.2.5兩種不同環(huán)境下差異基因的KEGG通路富集分析將篩選得到的差異基因導入KEGG數(shù)據(jù)庫中，結果表明富集的通路（P<0.05）包括以下幾條：信號分子和相互作用（細胞因子受體相互作用以及刺激神經配體受體相互作用）、免疫疾�。ㄑ装Y性腸道疾并風濕性關節(jié)炎和移植物抗宿主�。┎《緜魅拘约膊。ū透窝�、甲型流感和麻疹）、細菌傳染性疾�。ㄉ抽T氏菌感染、百日咳和肺結核）、免疫系統(tǒng)（胞質DNA感應通路、趨化因子信號通路和NOD樣受體信號通路）以及信號轉導（第二信使信號通路和核因子B信號通路）等（如表8所示）。

【參考文獻】：
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