IL-1β對奶牛乳腺上皮細胞緊密連接的影響及作用機制
【學位單位】:西北農(nóng)林科技大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:S858.23
【部分圖文】:
LTA1、 2、3 和 LPS1、 2、3 分別代表正常對照組、LTA 處理組和 LPS 處理組的三個生物學重復。Fig 2-1. Clustering analysis of DEGs(A)LPS vs Control(.B)LTAvs Control(.C)LPS vs LTA. The red color represents the up-regulatedexpression of genes, while the green color represents down-regulated expression of genes. Gradient colorbarcode at the right top indicates log2(FPKM) value. Each row represents a gene and each columnrepresents a sample. Genes with similar expression value are clustered both at row and column level.Control 1, 2 and 3, LPS1, 2, and 3, LTA1, 2, and 3 mean three different biological repeats for each group.在熱圖中,LPS 處理組和 LTA 處理組和對照組相比有 10 個基因發(fā)生差異表達。其中兩個差異表達基因LOC100297121 和LOC788523在LPS和LTA處理組均上調(diào)表達,沒有共同下調(diào)表達的基因。另外,與對照組相比,其中有 8 個基因 CCL2, CCL20, CXCL2,CXCL3, CXCL5, CXCL6, IL-1β, 和 IFIT2 在 LPS 處理組中上調(diào)表達而在 LTA 處理組下調(diào)表達(圖 2-2),這 8 個基因均為趨化因子或細胞因子。
圖 2-3 KEGG 富集分析散點圖ich factor 是在這一途徑項中標注的不同表達的基因數(shù)與在此路徑中標注的所有基因數(shù)的比意味著更強的強度。Q-value 代表優(yōu)化的 p 值,越小代表越集中富集。 符號代表在三個處組中均有富集。Fig 2-3 Scatter plots for KEGG enrichment results.he Rich factor is the ratio of differentially expressed gene numbers annotated in this pathway terme number annotated in this pathway term. Greater rich factor means greater intensiveness. Q-valucted p value ranging from 0 to 1, and less Q-value means greater intensiveness. The symbol of indicates the enriched pathways shared with three pairs.18
(3)用熒光酶標儀分別在 493nm 激發(fā)光和 518nm 發(fā)射光下測定 FITC-葡聚糖不同梯度濃度的熒光強度,每個濃度測定 3 次,取 3 次測量的平均值,繪制 FITC-葡聚糖濃度與熒光強度標準曲線。(4)根據(jù)標準曲線計算不同透過時間下熒光強度,將 30min 下的未處理組設(shè)定為對照組,結(jié)果以各組與對照組的倍數(shù)顯示。3.3.13 數(shù)據(jù)分析本章所涉及實驗均重復 3 次,按照統(tǒng)計分析軟件 SPSS 13.0 的單因素 ANOVA 和LSD 檢驗進行,結(jié)果以平均值±標準差(mean±SD)的格式呈現(xiàn)。并利用雙尾 T 檢驗檢測各組之間差異的顯著性,*P<0.05 表示差異顯著;**P<0.01 表示差異極顯著。3.4 結(jié)果3.4.1.LPS 處理 BMECs 差異表達基因的驗證為了驗證測序結(jié)果,我們隨機挑選了 20 個差異表達基因并用定量實時 PCR 驗證它們的 mRNA 表達水平并與測序結(jié)果一致。(圖 3-1)
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本文編號:2859130
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