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野外增溫施氮條件下短花針茅花期轉(zhuǎn)錄組差異基因的篩選和分析

發(fā)布時(shí)間:2020-09-25 22:18
   氣候變化對(duì)草地生態(tài)系統(tǒng)有明顯的影響,牧草作為草地生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分,對(duì)氣候變化十分敏感。短花針茅(Stipa brevifloa)是荒漠草原區(qū)優(yōu)質(zhì)牧草,也是我國(guó)草原區(qū)面積分布較為廣闊的針茅屬植物之一。研究增溫施氮下短花針茅花期相關(guān)基因的表達(dá)差異對(duì)揭示氣候變化下短花針茅的分子響應(yīng)機(jī)制有重要意義。本研究以野外人工控制增溫、施氮處理下的短花針茅為材料,在不同花期對(duì)其生殖枝進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,篩選并分析出與花期相關(guān)的差異表達(dá)基因,同時(shí)對(duì)這些基因進(jìn)行了表達(dá)模式的分析,主要研究結(jié)果如下:1.測(cè)序共產(chǎn)生4.39G的高質(zhì)量數(shù)據(jù),91.5Mb的clean reads及126583個(gè)Unigene序列,序列總長(zhǎng)94542261bp,平均長(zhǎng)度747bp,N50長(zhǎng)度789bp。2.Blast同源比對(duì)共有77584個(gè)Unigene與已知的基因匹配成功,其中有67279個(gè)Unigene注釋到NR數(shù)據(jù)庫(kù)中;52991個(gè)Unigene可歸劃于56個(gè)GO功能條目中;27436個(gè)Unigene歸劃于25個(gè)COG蛋白族中;26585個(gè)Unigene注釋到KEGG代謝途徑中。有48999個(gè)Unigene沒(méi)有匹配序列,其中多數(shù)為短花針茅中特有的基因。3.差異代謝通路富集及差異基因RPKM分析得出植物-晝夜節(jié)律途徑上13個(gè)差異表達(dá)基因(PRR7-1、PRR7-2、COP1-1、COP1-2、FT-1、FT-2、HY5-1、HY5-2、CH5-2、CHS-3、LHY、PHY4、ELF3)均與植物花期發(fā)育相關(guān),經(jīng)過(guò)RT-qPCR驗(yàn)證分析,其表達(dá)趨勢(shì)均與測(cè)序結(jié)果一致。4.增溫下FT-2、PRR7-2基因高表達(dá),可能由于短花針茅生殖枝在增溫下提前進(jìn)入枯黃期有關(guān);PRR7-1、LHY、ELF3基因在施氮處理下開(kāi)花前期至中期表達(dá)下調(diào),可能與施氮處理下花期延后有關(guān);PRR7-1、PRR7-2、COP1-1、LHY在增溫施氮交互作用下表達(dá)也發(fā)生較大的變化,可能在短花針茅花期的中后期促進(jìn)花期相關(guān)基因的表達(dá)。
【學(xué)位單位】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S812
【部分圖文】:

技術(shù)路線圖,短花針茅,成花,施氮


內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文邐1_中期Z、后期H)的短花針茅進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。逡逑2)根據(jù)轉(zhuǎn)錄測(cè)序數(shù)據(jù),結(jié)合GO、KEGG富集分析結(jié)果及RPKM值(轉(zhuǎn)錄達(dá)豐度),篩選模擬增溫施氮處理下調(diào)控野外短花針茅成花途徑上的差異表達(dá)基因。逡逑3)驗(yàn)證并分析成花途徑上相關(guān)差異基因,明確差異基因表達(dá)動(dòng)態(tài)變化趨勢(shì),歸逡逑納總結(jié)人工模擬增溫施氮處理短花針茅開(kāi)花發(fā)育過(guò)程中差異基因表達(dá)模式。逡逑1.4.2研究路線逡逑

野外增溫施氮條件下短花針茅花期轉(zhuǎn)錄組差異基因的篩選和分析


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樣地,實(shí)驗(yàn)小區(qū),全景圖,試驗(yàn)區(qū)


野外增溫施氮條件下短花針茅花期轉(zhuǎn)錄組差異基因的篩選和分析方法逡逑樣地簡(jiǎn)介逡逑驗(yàn)樣地概況逡逑宄試驗(yàn)區(qū)位于內(nèi)蒙古四子王旗格根塔拉草原區(qū)附近的“內(nèi)蒙古農(nóng)牧實(shí)驗(yàn)基地”地理坐標(biāo)為41°邋47”7"邋N,111°邋53'邋46"邋E,試驗(yàn)為短花針茅、冷蒿、無(wú)芒隱子草等,均為荒漠草原具有代表性的草本稀疏矮小,年平均氣溫在3-5°C,年平均降水在110-350_,年平82.5h,淡栗I丐土為該地區(qū)主要土壤類別(圖2、3)。逡逑

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

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相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

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本文編號(hào):2827140

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