安義瓦灰雞(俗稱瓦灰雞)是江西省的一個(gè)重要地方雞種資源,具有“三灰”(灰羽、灰脛和灰喙)特征,是國內(nèi)少數(shù)現(xiàn)存以“灰羽”為特征的地方雞種。到目前為止,關(guān)于安義瓦灰雞“灰羽”形成的因果基因和因果突變尚未見報(bào)道,對(duì)于“灰羽”形成的分子機(jī)制還缺乏足夠的認(rèn)識(shí)。基于此,本研究以安義瓦灰雞和寧都黃雞為親本構(gòu)建的正反交F_1代資源群體為研究對(duì)象,選取F_1代群體中具有純黑羽(Black)、灰羽(Grey)和黃羽(Yellow)表型個(gè)體各3羽,利用Hiseq2500測(cè)序平臺(tái)對(duì)三種羽色共9個(gè)個(gè)體的新生羽毛毛囊組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,分析不同羽色毛囊組織中差異表達(dá)基因(DEGs),同時(shí)采用qRT-PCR驗(yàn)證測(cè)序準(zhǔn)確性,隨后利用GO和KEGG分析對(duì)DEGs進(jìn)行注釋和信號(hào)通路富集。主要研究結(jié)果如下:(1)RNA初始測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,平均在每個(gè)黑羽、灰羽和黃羽個(gè)體測(cè)序文庫中分別獲得了67,773,426、69,693,067和68,754,708條clean reads;其中,92.2%以上的reads可比對(duì)到雞參考基因組(galGal5.0)。(2)通過對(duì)reads的比對(duì)分析,三種羽色毛囊組織中共檢測(cè)出表達(dá)基因24293個(gè);其中黑羽、灰羽和黃羽毛囊組織中表達(dá)的基因數(shù)分別為18165個(gè)、17552個(gè)和17489個(gè);三種羽色毛囊組織中共表達(dá)基因16480個(gè),黑羽、灰羽和黃羽毛囊組織中特異表達(dá)基因分別為720個(gè)、351個(gè)和333個(gè)。隨機(jī)選取7個(gè)共表達(dá)基因進(jìn)行qRT-PCR檢測(cè),檢測(cè)結(jié)果和測(cè)序結(jié)果基本一致,表明測(cè)序結(jié)果準(zhǔn)確。(3)在黑羽和灰羽(Black_VS_Grey)、黑羽和黃羽(Black_VS_Yellow)和灰羽和黃羽(Grey_VS_Yellow)各對(duì)比組之間分別檢測(cè)到125個(gè)、290個(gè)和61個(gè)顯著的DEGs(P0.05),其中三個(gè)對(duì)比組中共有的DEGs有2個(gè),分別為TYR和CRYAB。與黑羽組相比,灰羽組有68個(gè)基因顯著上調(diào)表達(dá),57個(gè)基因顯著下調(diào)表達(dá),其中與羽色形成相關(guān)的功能基因有9個(gè),這些基因和“灰羽”形成有著密切的關(guān)系。(4)對(duì)上述DEGs進(jìn)行GO功能富集分析,發(fā)現(xiàn)有74個(gè)源自Black_VS_Grey和152個(gè)源自Black_VS_Yellow的DEGs被分別注釋到21條和33條GO terms中,而Grey_VS_Yellow對(duì)比組未發(fā)現(xiàn)顯著富集的GO terms和相關(guān)通路;被富集的GO terms主要與細(xì)胞組分、分子功能和生物學(xué)過程相關(guān);進(jìn)一步通過KEGG對(duì)上述DEGs進(jìn)行通路富集分析,發(fā)現(xiàn)一條由TYR、WNT16、WNT5B、EDNRB2等基因主導(dǎo)參與的黑色素生成通路與“灰羽”的形成顯著相關(guān)。本研究通過對(duì)F_1代群體中純黑羽、灰羽和黃羽新生羽毛毛囊組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,得到大量有用的轉(zhuǎn)錄本信息,通過對(duì)轉(zhuǎn)錄本信息進(jìn)行基因注釋和分析,篩選出9個(gè)可能與灰羽表型相關(guān)的功能候選基因,同時(shí)發(fā)現(xiàn)瓦灰雞“灰羽”的形成與黑色素生成的通路顯著相關(guān),上述結(jié)果將為進(jìn)一步鑒別安義瓦灰雞“灰羽”因果基因、因果突變及其分子機(jī)制提供轉(zhuǎn)錄水平的證據(jù)。
【學(xué)位單位】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S831
【部分圖文】：

圖 1-1 安義瓦灰雞（左：母雞，右：公雞）Fig 1.1 Anyi Grey Chicken (Left: Hen, Right: Cock)獨(dú)特的“灰羽”外觀，安義瓦灰雞還具備肉嫩、汁鮮、味美，富含氨等營養(yǎng)物質(zhì)，脂肪和膽固醇含量低，是綠色保健食品的絕佳原料；還寒、小兒驚風(fēng)和婦女習(xí)慣性流產(chǎn)的功效，自古民間是作為驗(yàn)方流傳于有較好藥效的泰和烏雞相比，后者肌纖維的密度較大，其風(fēng)味、鮮美[4]。由此可見，安義瓦灰雞作為肉藥兼用型優(yōu)質(zhì)肉雞品種，具有較大經(jīng)

第一章 文獻(xiàn)綜色素細(xì)胞內(nèi)存在半胱氨酸（Cyteinyl）和谷胱甘肽等巰基化合物時(shí)，多巴醌會(huì)與其自發(fā)發(fā)生反應(yīng)，生成半胱氨酰多巴（Cyteinyl-DOPA）或谷氨酰胺多巴，隨后進(jìn)一步生成褐黑素[16]。這兩種黑色素的分布和比重決定了動(dòng)物毛色、膚色或羽色的形成[17-18]。

鳥苷（GDP）轉(zhuǎn)變?yōu)橛谢钚缘娜姿狲B苷（GTP），激活了腺苷酸環(huán)化酶系統(tǒng)，致使細(xì)胞內(nèi)環(huán)腺苷酸（cAMP）水平升高，進(jìn)一步激活酪氨酸酶的活性，繼而催化酪氨酸合成黑色素（圖1-3）。在這一過程中，agouti蛋白（ASP）與α-MSH和ACTH競(jìng)爭性結(jié)合MClR，導(dǎo)致cAMP水平降低，抑制黑色素的合成[21-22]。

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5 熊傳書;;安義瓦灰雞品牌建設(shè)情況調(diào)查與思考[J];江西畜牧獸醫(yī)雜志;2015年04期

6 許繼國;謝袖娟;林樹帶;詹惠娜;張細(xì)權(quán);;導(dǎo)致安義瓦灰雞“五灰”表型分子機(jī)制探討[J];江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2014年08期

7 謝明貴;劉林秀;杜方汗;謝東輝;黃禮木;謝金防;陳慰金;武艷平;儲(chǔ)怡士;季華員;唐維國;肖麗蘭;;安義瓦灰雞的發(fā)現(xiàn)、調(diào)查與保護(hù)[J];江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2013年01期

8 謝明貴;劉林秀;謝金防;武艷平;儲(chǔ)怡士;黃禮木;陳慰金;康昭風(fēng);唐維國;季華員;熊俊峰;楊錫城;;安義瓦灰雞的選育研究[J];江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2013年02期

9 謝明貴;謝金防;劉林秀;康昭風(fēng);武艷平;儲(chǔ)怡士;黃禮木;季華員;唐維國;鐘小軍;;安義瓦灰雞早期生長規(guī)律研究[J];中國家禽;2012年07期

10 黃禮木;;安義瓦灰雞的養(yǎng)殖效益分析[J];農(nóng)村百事通;2007年03期

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1 謝東輝;;安義瓦灰雞的形成、現(xiàn)狀與開發(fā)利用研究建議[A];全面建設(shè)小康社會(huì)：中國科技工作者的歷史責(zé)任——中國科協(xié)2003年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集（上）[C];2003年

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3 陳軍　記者 范嘉欣;瓦灰雞入選國家畜禽資源庫[N];南昌日?qǐng)?bào);2009年

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5 平昌縣畜牧食品局黨委副書記、紀(jì)委書記 張晉川;堅(jiān)持龍頭帶動(dòng) 引領(lǐng)產(chǎn)業(yè)發(fā)展[N];巴中日?qǐng)?bào);2014年

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2 王斯雯;三個(gè)江西不同品種雞apoA-Ⅰ、apoB基因表達(dá)與脂類代謝的相關(guān)性分析[D];江西農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

本文編號(hào)：2807820