應用SNP遺傳標記鑒別蒙古狼和家犬的方法研究
發(fā)布時間:2020-07-11 10:29
【摘要】:半個世紀以來,狼(Canis lupus)在全球范圍內的種群數(shù)量嚴重下降,分布區(qū)也大大縮小,因而受到法律保護。同時狩獵并利用狼的產品也具有深遠的文化根源,因此,頻頻發(fā)生盜獵和走私狼及其產品的違法事件。然而,犯罪行為被查獲之后,嫌疑人為了逃避法律打擊往往聲稱所涉動物為家犬。因此,執(zhí)法上需要準確鑒別狼和家犬(C.l.familiar.s.的方法。因為家犬訓化歷史僅有1.5萬年,沒有特有的遺傳突變,因而基于mtDNA的傳統(tǒng)鑒別方法效果不佳。針對這一問題,本研究采用13個核基因組SNP標記,基于SNaPshot分型技術建立了復合擴增和分型體系,分別對97份蒙古狼(C.l.chanco)和108份家犬進行了分析,用R軟件中的assignPOP程序包分析并構建鑒別體系。結果顯示,有12個SNP位點分型可重復性高,在蒙古狼和家犬的頻率差異大,以此構建狼-犬鑒別體系。這一體系將蒙古狼和家犬正確回判的概率在0.97±0.05至1.00±0.03之間,蒙古狼的略高于家犬。以蒙古狼(n=17)和家犬(n=18)隨機樣本進行盲測,正確率達100%。特異性測試表明,只有犬科的北極狐(Vulpes lagopus)和赤狐(V.vulpes)可在一些位點成功分型,而在人類和鹿科、?、貓科動物均不能擴增分型,對跨種,尤其是人類DNA污染耐受力強。靈敏度測試表明,最低可靠檢出量為125pg總DNA。平均分析成本為60RMB/樣品。以上結果表明,本研究建立的方法對鑒別蒙古狼和家犬準確可靠,靈敏度高,特異性好,成本低廉。所建立的基因頻率數(shù)據(jù)庫可以支持實際執(zhí)法鑒定。
【學位授予單位】:東北林業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:S829.2;S865
【圖文】:
從而推斷該地區(qū)為家犬的起源地,但事實上,那些地區(qū)雖然馴化過一些動物,逡逑但并不是家犬的發(fā)源地。”另外,通過與狼基因的比較分析,他們認為1.5萬年前,幾種逡逑不同的狼分化出了多個品種的家犬(圖1-1)|4]。逡逑邐逡逑愛斯基摩狗逡逑北美狼^逡逑—邐f邋玩fS邋犬逡逑中國狼匕北京猜子狗逡逑松獅狗逡逑-X邋I邐斗牛犬逡逑澳洲野狗邐t逡逑_邐哈叭狗逡逑亞洲野狗邐波索犬逡逑^邋L邐紐芬蘭狗逡逑印度狼逡逑格U邐沙樂基&逡逑L邋^邋IniP逡逑\邋獵鹿犬r逡逑H:\irr逡逑牧羊犬丨#獄逡逑歐洲狼邐[獵鳥犬逡逑絲毛狗邐馬耳他犬逡逑>%逡逑爹利犬逡逑圖丨-1現(xiàn)代品種與4個可能祖先狼之間的關系111逡逑Fig.1-1邋Relationship邋between邋modem邋breeds邋and邋four邋possible邋ancestral邋wolves逡逑-2-逡逑
逡逑如直方圖所示,亞種內距離頻率分布與亞種間距離略有重疊(圖2-1)。但是分析數(shù)據(jù)逡逑可知,蒙古狼和家犬亞種內95%置信區(qū)間的范圍在0.92至3.468的區(qū)間內,而亞種間逡逑95%置信區(qū)間的范圍在4.421至4.951區(qū)間內,亞種內和亞種間的遺傳距離分別在這兩逡逑個區(qū)間內時,其可信程度高達95%。逡逑-15-逡逑
利用蒙特卡洛交叉驗證計算分配準確性,設置三個等級的訓練集與四個等級的訓練逡逑位點的交叉驗證。圖中共分為三個假設種群,箱線圖結果分別代表總體,蒙古狼和家犬逡逑的蒙特卡洛交叉驗證結果(圖3-1)。x軸所示數(shù)值代表每個模塊中分別選。担埃ァⅲ罚埃ュ义虾停梗埃ト齻等級的隨機個體,y軸代表分配準確性概率,粉色、綠色、藍色和紫色四種逡逑箱線顏色分別代表前10%、25%、50%和100%高尸57 ̄的四個等級的訓練位點。逡逑結果表明,在僅選取前25%高位點對50%個體的訓練集進行驗證的條件下,即逡逑可達到很高的鑒定準確率。但為達到最高的準確率,本研究主要研宄以全部12個位點逡逑對樣本個體水平的訓練集進行驗證的分配結果。逡逑overall邐wolf邐dog逡逑T邋M邐T邐TV*邐Prop邋of逡逑^邋a邋?邐*邐train邋loci逡逑0.9邐?邐?逡逑?邋?邋丫??邋_邋1逡逑?邋?逡逑?邐?邐_邋0.5逡逑?邐"邐白邋0.25逡逑??邐白邋0.1逡逑0.邋8邋-邋?逡逑S緬義?眷辶x希埃靛澹埃峰危埃瑰危埃靛
本文編號:2750281
【學位授予單位】:東北林業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:S829.2;S865
【圖文】:
從而推斷該地區(qū)為家犬的起源地,但事實上,那些地區(qū)雖然馴化過一些動物,逡逑但并不是家犬的發(fā)源地。”另外,通過與狼基因的比較分析,他們認為1.5萬年前,幾種逡逑不同的狼分化出了多個品種的家犬(圖1-1)|4]。逡逑邐逡逑愛斯基摩狗逡逑北美狼^逡逑—邐f邋玩fS邋犬逡逑中國狼匕北京猜子狗逡逑松獅狗逡逑-X邋I邐斗牛犬逡逑澳洲野狗邐t逡逑_邐哈叭狗逡逑亞洲野狗邐波索犬逡逑^邋L邐紐芬蘭狗逡逑印度狼逡逑格U邐沙樂基&逡逑L邋^邋IniP逡逑\邋獵鹿犬r逡逑H:\irr逡逑牧羊犬丨#獄逡逑歐洲狼邐[獵鳥犬逡逑絲毛狗邐馬耳他犬逡逑>%逡逑爹利犬逡逑圖丨-1現(xiàn)代品種與4個可能祖先狼之間的關系111逡逑Fig.1-1邋Relationship邋between邋modem邋breeds邋and邋four邋possible邋ancestral邋wolves逡逑-2-逡逑
逡逑如直方圖所示,亞種內距離頻率分布與亞種間距離略有重疊(圖2-1)。但是分析數(shù)據(jù)逡逑可知,蒙古狼和家犬亞種內95%置信區(qū)間的范圍在0.92至3.468的區(qū)間內,而亞種間逡逑95%置信區(qū)間的范圍在4.421至4.951區(qū)間內,亞種內和亞種間的遺傳距離分別在這兩逡逑個區(qū)間內時,其可信程度高達95%。逡逑-15-逡逑
利用蒙特卡洛交叉驗證計算分配準確性,設置三個等級的訓練集與四個等級的訓練逡逑位點的交叉驗證。圖中共分為三個假設種群,箱線圖結果分別代表總體,蒙古狼和家犬逡逑的蒙特卡洛交叉驗證結果(圖3-1)。x軸所示數(shù)值代表每個模塊中分別選。担埃ァⅲ罚埃ュ义虾停梗埃ト齻等級的隨機個體,y軸代表分配準確性概率,粉色、綠色、藍色和紫色四種逡逑箱線顏色分別代表前10%、25%、50%和100%高尸57 ̄的四個等級的訓練位點。逡逑結果表明,在僅選取前25%高位點對50%個體的訓練集進行驗證的條件下,即逡逑可達到很高的鑒定準確率。但為達到最高的準確率,本研究主要研宄以全部12個位點逡逑對樣本個體水平的訓練集進行驗證的分配結果。逡逑overall邐wolf邐dog逡逑T邋M邐T邐TV*邐Prop邋of逡逑^邋a邋?邐*邐train邋loci逡逑0.9邐?邐?逡逑?邋?邋丫??邋_邋1逡逑?邋?逡逑?邐?邐_邋0.5逡逑?邐"邐白邋0.25逡逑??邐白邋0.1逡逑0.邋8邋-邋?逡逑S緬義?眷辶x希埃靛澹埃峰危埃瑰危埃靛
本文編號:2750281
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