【摘要】：毒害艾美耳球蟲(Eimeria necatrix)是雞球蟲病中主要致病蟲種之一,常寄生于雞小腸和盲腸的上皮細(xì)胞內(nèi),導(dǎo)致受損腸道嚴(yán)重出血,病雞常表現(xiàn)腹瀉、血痢、生長緩慢等臨床癥狀,有較高發(fā)病率和死亡率,對雞的養(yǎng)殖造成嚴(yán)重威脅。目前,該病的防治主要依賴藥物和疫苗,藥物雖然具有較好的驅(qū)蟲效果,但易產(chǎn)生藥物殘留和耐藥性;疫苗在雞球蟲的預(yù)防控制中可有效避免化學(xué)藥物帶來的許多副作用,但其存在高成本、易散毒、免疫保護(hù)力不夠等缺點(diǎn)。近些年來的研究表明,非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)可在宿主與寄生蟲的相互作用中發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)作用,特別是長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、環(huán)狀RNA(Circular RNA,CircRNA)和微小RNA(microRNA,miRNA)參與了許多疾病的發(fā)生和發(fā)展過程,并已作為多種疾病防治的潛在靶標(biāo)和診斷、預(yù)后的生物標(biāo)志。基于此,本研究以E.necatrix感染雛雞為模型,利用高通量測序技術(shù)系統(tǒng)研究與E.necatrix感染相關(guān)的宿主小腸的全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜。1.獲得了E.necatrix感染雛雞小腸的mRNA和lncRNA表達(dá)譜:將8000個E.necatrix卵囊經(jīng)口感染10 d的雛雞,在感染后108 h取雛雞小腸中段進(jìn)行RNA-seq分析,共獲得1543個顯著差異表達(dá)的mRNA(707個上調(diào)mRNA和836個下調(diào)mRNA)和95個顯著差異表達(dá)的lncRNA(49個上調(diào)lncRNA和46個下調(diào)lncRNA)。共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析顯示,這些lncRNA和mRNA之間存在37134條共表達(dá)關(guān)系,其中38個lncRNA順式調(diào)節(jié)73個mRNA,而87個lncRNA反式調(diào)節(jié)1453個mRNA。GO功能和KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn),差異表達(dá)的lncRNA的靶基因顯著富集于E.necatrix感染相關(guān)的AMPK、PPAR和JAK-STAT等免疫通路。2.獲得了E.necatrix感染雛雞小腸的miRNA表達(dá)譜:在雛雞小腸中段組織中鑒定出1266個miRNA,包括663個已知的miRNA和603個新的miRNA。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),E.necatrix感染引起了雛雞小腸35個miRNA顯著差異表達(dá)(16個上調(diào)和19個下調(diào));功能分析發(fā)現(xiàn)其中的21個miRNA的4568個靶mRNA顯著富集于2047個GO條目(轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控和粘附分子連接等)和54個KEGG通路(鈣信號通路、MAPK信號通路和胰島素信號通路等)。3.獲得了E.necatrix感染雛雞小腸的CircRNA表達(dá)譜:在雛雞小腸中段組織中共鑒定出4153個CircRNA序列,E.necatrix感染引起了雛雞小腸13個CircRNA顯著差異表達(dá)(9個上調(diào)CircRNA和4個下調(diào)CircRNA)。功能分析發(fā)現(xiàn),這些CircRNAs來源基因主要參與正調(diào)控NF-κB信號通路、磷脂酰肌醇信號通路等。CircRNA-miRNAmRNA互做網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn),本研究中差異表達(dá)的CircRNAs可能通過吸附2個差異表達(dá)的miRNA,間接調(diào)控62個差異表達(dá)的靶mRNA,而這些靶mRNAs主要富集在MAPK、JAK-STAT等通路。綜上所述,本研究運(yùn)用RNA-seq技術(shù)對E.necatrix感染雛雞的小腸中段組織進(jìn)行測序分析發(fā)現(xiàn),E.necatrix感染改變了小腸中的mRNAs、lncRNAs、miRNAs和CircRNAs表達(dá)譜,功能分析發(fā)現(xiàn)這些RNA分子可能參與了E.necatrix與雛雞小腸的互作過程。這些研究結(jié)果為深入揭示E.necatrix與雛雞的互作機(jī)制提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：S858.31

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本文編號：2740077