【摘要】：蘭州大尾羊具有耐粗飼、飼料利用率高、適應(yīng)性強(qiáng)、肉質(zhì)鮮美等特點(diǎn),尤以尾大而著稱。本研究對3只蘭州大尾羊皮下脂肪組織、內(nèi)臟脂肪組織以及肌肉組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序和基因差異表達(dá)分析,利用生物信息學(xué)技術(shù)篩選出不同部位脂肪組織間的差異表達(dá)基因,并對其進(jìn)行功能注釋及通路分析,從轉(zhuǎn)錄組層面揭示蘭州大尾羊不同部位脂肪組織間的差異,進(jìn)一步挖掘出與肉品質(zhì)相關(guān)的基因,為綿羊育種提供參考。本研究主要結(jié)論如下:(1)構(gòu)建了三種不同部位脂肪組織9個cDNA文庫,并完成轉(zhuǎn)錄組測序。樣品的Clean ratio均在77.9%以上,GC含量均在49%左右,Mapping ratio均在74.43%以上。(2)蘭州大尾羊皮下脂肪組織與肌肉組織中共得到4620個差異表達(dá)基因,其中上調(diào)基因有3642個,下調(diào)基因有978個;內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織中共得到6214個差異表達(dá)基因,上調(diào)基因有5156個,下調(diào)基因有1058個;內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織共得到2504個差異表達(dá)基因,其中有1398個上調(diào)基因,1106個下調(diào)基因。(3)差異表達(dá)基因的功能注釋與統(tǒng)計(jì):蘭州大尾羊皮下脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因共分類到63個條目中,其中生物過程27個、細(xì)胞成分21個、分子功能15個;內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因共分類到63個條目中,其中生物過程27個、細(xì)胞成分21個、分子功能15個;內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織差異表達(dá)基因共分類到62個條目中,其中生物過程26個、細(xì)胞成分21個、分子功能15個。皮下脂肪組織、內(nèi)臟脂肪組織、肌肉組織的差異表達(dá)基因在生物過程、細(xì)胞成分和分子功能三個GO本體中所占比例最高的條目相同。在生物過程GO條目中,差異表達(dá)基因所占比例較高的條目為細(xì)胞過程、單一生物過程以及代謝過程等;在細(xì)胞成分GO條目中,細(xì)胞、細(xì)胞組分和細(xì)胞器等條目中差異表達(dá)基因的數(shù)目較高;在分子功能方面,結(jié)合以及催化活性等條目中差異表達(dá)基因的比例則較高。皮下脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中共有3968個被注釋到3434個GO條目中,內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中則有5395個被注釋到4258個GO條目中,而內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織差異表達(dá)基因中的2143個被注釋到2541個GO條目中。(4)通過KEGG富集分析,蘭州大尾羊皮下脂肪組織、肌肉組織和內(nèi)臟脂肪組織的差異表達(dá)基因主要富集到內(nèi)分泌系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)、碳水化合物代謝、脂質(zhì)代謝、氨基酸代謝、折疊分類和降解、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)以及運(yùn)輸分解等KEGG通路中。通過KEGG功能注釋,蘭州大尾羊皮下脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中有1156個富集到290個KEGG通路;內(nèi)臟脂肪組織與肌肉組織差異表達(dá)基因中有1739個富集到298個KEGG通路;內(nèi)臟脂肪組織與皮下脂肪組織差異表達(dá)基因中有729個富集到281個KEGG通路。(5)通過對差異表達(dá)基因進(jìn)GO功能分析和KEGG通路分析,篩選出了SCD、FASN、ACACA、AGPAT2、PCK、FABP5、CPT1B等與脂肪代謝相關(guān)的基因和與肉品質(zhì)性狀相關(guān)的脂類代謝、糖酵解途徑等通路,初步揭示了蘭州大尾羊不同部位脂肪組織間與肉質(zhì)性狀相關(guān)基因表達(dá)差異,為肉羊育種提供參考。
【學(xué)位授予單位】：西北民族大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S826
【圖文】：

西北民族大學(xué)生命科學(xué)與工程學(xué)院 2018 屆碩士研究生畢業(yè)論文第 3 章 結(jié)果與分析 提取與質(zhì)量檢測Aiso Plus 法對蘭州大尾羊的肌肉脂肪組織、內(nèi)臟脂 RNA 的提取，并通過 Agilent 2100 檢測樣品總 RN-2 可知，28S/18S 的值在 1.4 以上，RIN 值在 7.2 以上較好，可以用于測序。

圖 3-2 不同脂肪組織總 RNA 的 Agilent 2100 Bioanalyzer 檢測Figure 3-2 Ttotal RNA based on Agilent 2100 Bioanalyzer for different adipose tissues注：MVsle 為肌肉組織，S.C.fat 為皮下脂肪組織，V.C.fat 為內(nèi)臟脂肪組織。Notes: MVsle is muscle tissue, S.C.fat is subcutaneous fat tissue, V.C.fat is visceral fat tissue.對所建文庫使用 Qubit 2.0 Fluorometer 檢測濃度（表 3-1），Agilent 210檢測文庫的大�。▓D 3-3）。通過檢測，說明各樣品所建文庫符合上機(jī)測試要求

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 王樂樂;張燕軍;李曉燕;蘇蕊;王瑞軍;王志新;李金泉;;下一代測序技術(shù)在畜禽轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用[J];西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2015年09期

2 譚曉山;李冰;趙永聚;;我國綿、山羊育種工作現(xiàn)狀與發(fā)展前景[J];中國畜牧雜志;2015年16期

3 孟憲然;杜琛;王靜;付紹印;鄭竹清;張文廣;李金泉;;基于RNA-Seq識別山羊肉品質(zhì)候選基因[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);2015年08期

4 欒兆進(jìn);曲緒仙;賀建寧;柳楠;;羊肌內(nèi)脂肪調(diào)控研究進(jìn)展[J];家畜生態(tài)學(xué)報(bào);2014年09期

5 郎俠;王彩蓮;;中國綿山羊遺傳資源信息動態(tài)的研究[J];中國草食動物科學(xué);2014年S1期

6 王強(qiáng);王鋒;樊懿萱;;影響羊肉質(zhì)候選基因的研究進(jìn)展[J];中國草食動物科學(xué);2014年S1期

7 張長慶;劉婷;趙生國;雷趙民;王欣榮;李世歌;孫國虎;李耀東;吳建平;;PPARγ基因在荷斯坦公牛不同組織部位表達(dá)差異性研究[J];中國農(nóng)學(xué)通報(bào);2014年23期

8 李永能;楊明華;畢保良;孔令富;高士爭;趙素梅;蘇子峰;黃英;;日糧不同能量水平對烏金豬肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)基因表達(dá)的影響[J];中國畜牧雜志;2014年15期

9 韋璇;徐小春;楊雨鑫;王小龍;陳玉林;牛文智;寇啟芳;;CCAAT/增強(qiáng)子結(jié)合蛋白α(C/EBPα)與脂蛋白酯酶(LPL)基因在不同尾型綿羊品種尾部脂肪組織中的表達(dá)[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2014年05期

10 呂盈;徐國恒;;遺傳性脂肪營養(yǎng)不良癥與脂肪細(xì)胞分化障礙[J];生理科學(xué)進(jìn)展;2014年02期

本文編號：2719300