【摘要】：為探究雞的卵巢發(fā)育調(diào)控機(jī)制,本試驗(yàn)以濟(jì)寧百日雞不同發(fā)育階段的卵巢組織為材料,通過小RNA高通量測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序,找出不同發(fā)育階段之間的差異表達(dá)miRNA和差異表達(dá)基因,構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并對(duì)差異表達(dá)的miRNA和mRNA進(jìn)行定量驗(yàn)證。主要結(jié)果如下:(1)小RNA測(cè)序分析構(gòu)建了60日齡(S_A)、100日齡(S_B)、140日齡未開產(chǎn)(S_C)、140日齡已開產(chǎn)(S_D)四個(gè)發(fā)育階段的小RNA文庫,通過Hiseq高通量測(cè)序分別獲得8156581、6926412、8906171、10510049高質(zhì)量讀數(shù),各占其原始讀數(shù)的98.56%、97.67%、98.72%、98.00%。比對(duì)上已知miRNA前體的sRNA的個(gè)數(shù)分別為3181902、2751006、3107415、1459649,分別占所有比對(duì)上的sRNA的73.74%、72.56%、67.38%、30.12%。另外預(yù)測(cè)到新mi RNA 35個(gè)。差異表達(dá)miRNA分析發(fā)現(xiàn):S_A與S_B兩個(gè)文庫中有14個(gè)miRNA的表達(dá)量存在顯著差異(qvalue0.01,且|log2(foldchange)|1);S_A和S_C兩個(gè)文庫相比,有22個(gè)miRNA的表達(dá)量存在顯著差異;在S_B和S_C兩個(gè)文庫相比,有8個(gè)miRNA的表達(dá)量存在顯著差異;S_A和S_D兩個(gè)文庫顯著差異表達(dá)的miRNA共74個(gè);S_B與S_D兩個(gè)文庫相比,顯著差異表達(dá)的miRNA共78個(gè);140日齡開產(chǎn)前后顯著差異表達(dá)的mi RNA共51個(gè)。差異表達(dá)mi RNA的qRT-PCR驗(yàn)證情況:在選取的9個(gè)miRNA中,有7個(gè)miRNA同高通量測(cè)序得到的表達(dá)量變化趨勢(shì)基本吻合,線性擬合的相關(guān)系數(shù)為0.8878。對(duì)差異表達(dá)miRNA的靶基因進(jìn)行功能富集分析,靶基因主要富集到生物過程和細(xì)胞組分這兩類GOterm上;并且只在囊泡運(yùn)輸中SNARE的相互作用(SNARE interactions in vesicular transport)KEGG通路上顯著富集。(2)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析構(gòu)建了60日齡(T_A)、100日齡(T_B)、140日齡未開產(chǎn)(T_C)、140日齡已開產(chǎn)(T_D)四個(gè)發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄組文庫,通過Hiseq高通量測(cè)序分別獲得62285300、75609458、87655702、83921800個(gè)高質(zhì)量讀數(shù),分別占原始讀數(shù)的96.20%、95.96%、95.73%、95.80%。與參考基因組比對(duì)上的序列讀數(shù)分別為53248104、64794485、74926383、70651433,分別占高質(zhì)量讀數(shù)的85.49%、85.7%、85.48%、84.19%。差異基因分析發(fā)現(xiàn):T_A與T_B兩個(gè)文庫比較,有51個(gè)基因的表達(dá)量存在顯著差異(qvalue0.005,且|log2(FoldChange)|1);T_A與T_C兩個(gè)文庫比較,有118個(gè)基因的表達(dá)量存在顯著差異;T_B與T_C兩個(gè)文庫比較,有20個(gè)基因的表達(dá)量存在顯著差異;T_A與T_D兩個(gè)文庫比較,顯著差異表達(dá)的基因共2284個(gè);T_B與T_D兩個(gè)文庫比較,顯著差異表達(dá)的基因共2882個(gè);T_C與T_D兩個(gè)文庫比較,顯著差異表達(dá)的基因共2579個(gè)。差異表達(dá)基因進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證:在選取的9個(gè)差異基因中,有7個(gè)基因與高通量測(cè)序得到的表達(dá)量變化趨勢(shì)基本一致,線性擬合的相關(guān)系數(shù)為0.8662。對(duì)所有差異表達(dá)基因并集進(jìn)行功能富集分析,差異基因顯著富集到567個(gè)GOterm上;顯著富集的KEGG通路共7個(gè)。(3)差異miRNA與差異基因整合分析為進(jìn)一步探究差異表達(dá)miRNA與差異表達(dá)基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),對(duì)相同比較組合的差異miRNA和mRNA進(jìn)行整合分析。結(jié)果表明在所有組合中有99個(gè)差異表達(dá)miRNA對(duì)1656個(gè)差異基因進(jìn)行調(diào)控。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S831

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2298467