鵝等級前卵泡組織轉(zhuǎn)錄組測序分析
發(fā)布時間:2018-06-24 19:28
本文選題:鵝 + 等級前卵泡。 參考:《中國畜牧雜志》2017年06期
【摘要】:為研究鵝等級前卵泡組織的轉(zhuǎn)錄組差異,豐富鵝卵泡轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)信息,實驗選用3只經(jīng)產(chǎn)處于高峰期的籽鵝等級前卵泡,通過Illumina Hi Seq 2500測序平臺進行測序,并進行序列分析和注釋。經(jīng)測序質(zhì)檢后共得到224 929214條序列,31 722 729 162 bp堿基,且質(zhì)量大于20的堿基比例高于95%,從頭拼裝后得到114 486條Unigenes序列和145 020條Transcripts序列,通過比對分析共有42 453條序列注釋到NR數(shù)據(jù)庫,并進行物種同源性比對,發(fā)現(xiàn)綠頭鴨與其同源性最高,通過GO數(shù)據(jù)庫比對,發(fā)現(xiàn)共有1 045條Unigenes注釋到GO數(shù)據(jù)上,主要涉及生物過程、分子功能和細(xì)胞組分。結(jié)果表明,共有11 949條Unigenes比對到KEGG數(shù)據(jù)庫,共涉及到341條通路,其中癌癥通路、PI3K-AKT信號通路和MAPK信號通路顯著富集。為驗證基因表達差異,以FPKM值作為基因的表達量,FDR0.05,,
本文編號:2062670
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