本文選題：表達(dá)譜芯片 + 轉(zhuǎn)錄組差異��； 參考：《中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)》2017年14期

【摘要】：【目的】肌纖維類型的差異是直接影響肌肉生長(zhǎng)發(fā)育和肉品質(zhì)的重要因素,紅肌纖維比例高的肌肉肉品質(zhì)要顯著優(yōu)于白肌纖維比例高的肌肉,然而,目前對(duì)于雞骨骼肌纖維類型形成及轉(zhuǎn)換的分子調(diào)控機(jī)制尚不明確。本究以中國(guó)優(yōu)良的地方品種清遠(yuǎn)麻雞為研究對(duì)象,首次對(duì)其骨骼肌中不同類型肌肉的轉(zhuǎn)錄組差異進(jìn)行了研究,以期挖掘在雞肌纖維生成和類型轉(zhuǎn)換中發(fā)揮調(diào)控作用的關(guān)鍵因子。【方法】采用Agilent雞全基因組表達(dá)譜芯片對(duì)清遠(yuǎn)麻雞骨骼肌表型差異較大的比目魚肌和趾長(zhǎng)伸肌中與肌纖維類型組成和轉(zhuǎn)換相關(guān)的候選基因進(jìn)行系統(tǒng)篩查,采用熒光定量PCR對(duì)芯片篩選出的差異表達(dá)基因進(jìn)行驗(yàn)證,采用慢病毒質(zhì)粒包裝系統(tǒng)構(gòu)建特異靶向雞PPARGC1A基因的RNA干擾慢病毒載體進(jìn)行基因功能研究。【結(jié)果】芯片結(jié)果共發(fā)現(xiàn)差異倍數(shù)在2倍及以上的基因1 224個(gè)(P0.05,FC≥2),以趾長(zhǎng)伸肌作為參照,比目魚肌中上調(diào)基因?yàn)?54個(gè),下調(diào)基因?yàn)?70個(gè),盡管芯片和熒光定量PCR兩種方法得出的差異倍數(shù)并不完全一致,但所選基因的表達(dá)趨勢(shì)是一致的,表明芯片結(jié)果是可靠的。對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO(GO ontology)功能分類,共發(fā)現(xiàn)了74個(gè)顯著性GO,主要分為生物學(xué)過(guò)程、分子功能和細(xì)胞組分等3大類。基于KEGG Pathway分析發(fā)現(xiàn),一些已知的與肌纖維類型轉(zhuǎn)換、肌肉發(fā)育以及脂質(zhì)代謝相關(guān)的信號(hào)通路在兩種類型的肌肉中被顯著富集。綜合差異基因的GO、KEGG Pathway和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,推測(cè)PRKAG3,ATP2A2以及PPARGC1A可能是與肌纖維類型性狀緊密關(guān)聯(lián)的關(guān)鍵基因。進(jìn)一步對(duì)PPARGC1A基因進(jìn)行功能研究發(fā)現(xiàn),PPARGC1A基因的敲低,引起了PPP3CA,MEF2C以及SM等慢肌纖維標(biāo)志基因以及與肌纖維發(fā)育與轉(zhuǎn)換相關(guān)基因表達(dá)水平的顯著降低,而快肌纖維標(biāo)志基因FWM的表達(dá)水平則顯著上升。【結(jié)論】揭示了雞紅肌和白肌兩種不同類型肌肉間的轉(zhuǎn)錄組差異,證明了PPARGC1A基因能夠與鈣離子信號(hào)通路相關(guān)基因協(xié)同從而在雞肌纖維類型組成和轉(zhuǎn)換中發(fā)揮著重要作用,從而為中國(guó)地方雞肉品質(zhì)性狀的遺傳改良提供一定的理論依據(jù)。
[Abstract]:In this paper , we have found that the expression of PPARGC1A gene is more than 2 times and more than that of muscle fiber .
【作者單位】： 江蘇省家禽科學(xué)研究所江蘇省家禽遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31301967,31572358) 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)資金(CARS-42-G03) 江蘇省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(現(xiàn)代農(nóng)業(yè))(BE2015344) 江蘇省農(nóng)業(yè)自主創(chuàng)新資金(CX(15)1009) 江蘇省自然科學(xué)基金(BK20161322) 江蘇現(xiàn)代農(nóng)業(yè)(肉雞)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系集成創(chuàng)新中心(首席專家)(SXGC[2017]254)
【分類號(hào)】：S831

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前3條

1 束婧婷;章明;宋遲;單艷菊;徐文娟;宋衛(wèi)濤;李慧芳;;基于表達(dá)譜芯片挖掘清遠(yuǎn)麻雞和科寶肉雞比目魚肌差異表達(dá)基因[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);2016年01期

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【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前4條

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本文編號(hào)：1968470